Połączony zestaw do wykrywania metylacji genów KCNA3 i OTOP2 (metoda fluorescencyjnej PCR)

Rak przełyku jest spowodowany nieprawidłowym rozrostem nabłonka płaskonabłonkowego lub gruczołowego, główne typy patologiczne to rak płaskonabłonkowy i gruczolakorak. Na całym świecie rak przełyku zajmuje siódme miejsce pod względem częstości występowania i szóstą najczęstszą przyczynę zgonów z powodu raka. Statystyki wykazały, że w 2020 roku odnotowano 604 000 nowych przypadków raka przełyku i 54,4 zgonów.

Wskaźniki 5-letnich przeżyć były istotnie różne w rakach przełyku w różnych stadiach, np. 84,9% dla stadium Ia, 70,9% dla stadium Ib, 56,2% dla stadium IIa, 43,3% dla stadium IIb, 37,9% dla stadium IIIa, 23,3% dla stopnia IIIb, 12,9% dla stopnia IIIc i 3,4% dla stopnia IV. Dlatego wczesna diagnoza i leczenie jest najskuteczniejszą strategią zmniejszania częstości występowania i śmiertelności z powodu raka przełyku.

Endoskopia i biopsja patologiczna są obecnie „złotym standardem” w diagnostyce raka przełyku, jednak ograniczone zasobami medycznymi, tolerancją i innymi problemami, badania przesiewowe populacji za pomocą endoskopii nie są opłacalne i nie mają zastosowania. Nie ma uznanego i skutecznego markera serologicznego do wykrywania wczesnego raka przełyku i zmian przedrakowych, efekt połączonego wykrywania wielu markerów serologicznych jest lepszy niż pojedynczych markerów, a dokładność wynosiła 74% ~ 85%, ale nadal jest suboptymalna .

Metylacja regionu promotora genu supresorowego guza wyspa CpG jest najczęstszą zmianą podczas powstawania nowotworów, badania wykazały, że zdarzenia metylacji mogą wystąpić we wczesnych stadiach raka przełyku.

Krążące DNA guza (ctDNA) pochodzi z fragmentów DNA powstających w wyniku apoptozy, martwicy lub wydzielania komórek nowotworowych, które wchodzą w skład krążącego wolnego (cfDNA). CtDNA zawiera te same defekty genów, co jego źródłowy DNA guza, takie jak mutacja punktowa, rearanżacja, amplifikacja, zmiana mikrosatelitarna, modyfikacja epigenetyczna itp.

KCNA3 należy do rodziny białek, które kodują kanały potasowe i wpływają głównie na lepkość komórek. OTOP2 jest członkiem rodziny białek kodujących kanały transportu protonów, niektóre badania wykazały, że poziomy metylacji dwóch genów w tkankach raka przełyku były znacznie wyższe niż w tkankach sąsiednich i mogą być użyte jako potencjalny marker do diagnozy rak przełyku.

Ten zestaw jest oparty na technologii fluorescencyjnej reakcji PCR w czasie rzeczywistym w celu jakościowego wykrywania metylacji KCNA3 i OTOP2 w próbkach osocza. Przed amplifikacją PCR cfDNA transformowano wodorosiarczynem, a gen ACTB (β-aktyna) jest używany jako wewnętrzne odniesienie.