Monocentrická retrospektivní observační studie pro validaci metaanalýzy metatraskryptomu a transkriptomu eosynofilní ezofagitidy

Eozinofilní ezofagitida (EoE) je chronické zánětlivé onemocnění jícnu, primárně aktivované potravinovými antigeny, se současnou akumulací eozinofilů ve vrstvě sliznice jícnu, kde klíčovou roli při jeho patogenezi hrají interleukin (IL) 5 a IL13 specifický pro Th2. . EoE se řadí mezi neobvyklé onemocnění s navrhovaným genetickým základem a mužskou převahou 3:1. Jeho incidence se pohybuje mezi 0,1 a 1,2 případu na 10 0009 a každoročně se zvyšuje. Příznaky EoE zahrnují potíže s jídlem, neprospívání, zvracení, bolest na hrudi a/nebo břicho, dysfagii a zachycování potravy, histologicky spojené s jícnovými lineárními rýhami se ztrátou vaskularity, slizniční prstence, lumen malého kalibru, striktury, slizniční exsudáty a méně často polypy a ulcerace. V současnosti používané terapie jsou založeny především na inhibici protonové pumpy, lokálním podávání glukokortikoidů a změnách dietních návyků. U většiny pacientů však zůstává eozinofilní ezofagitida chronickým onemocněním, a pokud je léčba ukončena, dochází k zánětu a symptomům se opakují. To může zhoršit kvalitu života, včetně vitality a celkového zdravotního skóre, a mohou se vyvinout komplikace. Úplné pochopení mechanismů vyskytujících se během patogeneze EoE proto zůstává prvořadým významem pro implementaci a zlepšení terapeutických linií intervence, což zlepší celkovou pohodu pacientů.

Přímá a usnadněná klinická diagnóza EoE stále chybí, protože EoE vyvolává u pacientů symptomy překrývající se s jinými projevy onemocnění, jako je gastroezofageální refluxní choroba (GERD), eozinofilní gastrointestinální onemocnění a achalázie. Spolu se změnami slizniční imunity zůstává porucha funkce epiteliální bariéry charakteristickým znakem EoE, pokud jde o zvýšenou permeabilitu a snímání antigenu a EoE TaMMA.

Na slizniční úrovni se EoE skutečně vyznačuje nápadným vzorem dilatovaných interepiteliálních prostorů, s down-regulací proteinů spojených s bariérovou funkcí a adhezivními molekulami, naopak modulovanými prostřednictvím mechanismu závislého na IL13. V důsledku toho může změněná permeabilita epitelu vést k permisivnímu prostředí, které zvyšuje prezentaci antigenu, což zase vede k přetrvávajícímu chronickému zánětu.

Navzdory některým anatomickým a molekulárním charakteristikám používaným jako jakýsi zlatý standard pro definici patogeneze EoE, metaanalýza molekulárních studií může zlepšit pochopení fyziopatologie onemocnění a definovat molekulární markery užitečné pro přímou diagnózu EoE. dosud nebyla provedena. Nedávno jsme vyvinuli a vydali webovou aplikaci Inflammatory Bowel Disease (IBD) Transscriptome and Metatransscriptome Meta-Analysis (IBD TaMMA, https://ibd-meta-analysis.herokuapp.com/), kompletní přehled všech veřejných datových souborů generovaných pro Studie související s IBD. TaMMA přispěla k oblasti metaanalýzy omických dat poskytnutím rámce s otevřeným zdrojovým kódem, který komunitě umožní snadný přístup k datům, jejich dotazování a „hrát si“ s daty prostřednictvím uživatelsky přívětivé webové aplikace a nabízí bezprecedentní příležitost definovat nové hypotézy a poznatky pro lepší pochopení patogeneze IBD.

Vzhledem k užitečnosti, kterou IBD TaMMA v posledních měsících stále více ukazuje, vyvinuli jsme podobnou metaanalýzu souborů veřejných dat souvisejících s EoE vizualizovaných v interaktivní webové aplikaci EoE TaMMA, která zahrnuje studie analyzující EoE, GERD a kontroly ( bez EoE a GERD). Fenotypy související s EoE byly potvrzeny v celé webové aplikaci. Pro další konsolidaci platformy navrhujeme validaci výsledků EoE TaMMA v nezávislé kohortě pacientů s EoE a GERD s využitím výhod EoE a GERD.