Monosentrinen retrospektiivinen havainnointitutkimus eosynofyyliesofagiitin metaraskriptomin ja transkriptomin meta-analyysin validoimiseksi

Eosinofiilinen esofagiitti (EoE) on krooninen ruokatorven tulehdussairaus, jonka ensisijaisesti aktivoivat ruoka-antigeenit. Samanaikainen eosinofiilien kerääntyminen ruokatorven limakalvokerrokseen, jossa Th2-vaste-spesifisellä interleukiinilla (IL) 5 ja IL13:lla on keskeinen rooli sen patogeenisyyden aikana. . EoE on harvinainen sairaus, jolla on ehdotettu geneettinen perusta ja 3:1 miesten valtaosa. Sen ilmaantuvuus vaihtelee 0,1–1,2 tapausta 10 0009 kohden ja lisääntyy vuosittain. EoE-oireita ovat syömisvaikeudet, menestymisen epäonnistuminen, oksentelu, rinta- ja/tai vatsakipu, dysfagia ja ruoansulatushäiriöt, jotka liittyvät histologisesti ruokatorven lineaarisiin uurteisiin, joihin liittyy verisuonisuuden menetys, limakalvorenkaita, pienikaliiperinen luumen, ahtaumat, limakalvoeritteet ja harvemmin polyypit ja haavaumat. Tällä hetkellä käyttöön otetut hoidot perustuvat pääasiassa protonipumpun estämiseen, glukokortikoidien paikalliseen antamiseen ja ruokailutottumusten muutoksiin. Useimmilla potilailla eosinofiilinen esofagiitti on kuitenkin edelleen krooninen sairaus, ja jos hoito lopetetaan, seurauksena on tulehdus ja oireet uusiutuvat. Tämä voi heikentää elämänlaatua, mukaan lukien elinvoimaa ja yleisiä terveyspisteitä, ja komplikaatioita voi kehittyä. Siksi EoE-patogeneesin aikana esiintyvien mekanismien täydellinen ymmärtäminen on edelleen ensiarvoisen tärkeää terapeuttisten interventiolinjojen toteuttamisessa ja parantamisessa, mikä parantaa potilaiden yleistä hyvinvointia.

Selkeä ja helpotettu EoE:n kliininen diagnoosi puuttuu edelleen, koska EoE aiheuttaa potilailla oireita, jotka ovat päällekkäisiä muiden sairauden ilmentymien, kuten gastroesofageaalisen refluksitaudin (GERD), eosinofiilisen maha-suolikanavan sairauden ja akalasian kanssa. Limakalvon immuniteetin muutosten ohella epiteelin estetoiminnan heikkeneminen on edelleen EoE:n tunnusmerkki sekä lisääntyneen läpäisevyyden ja antigeenin havaitsemisen että EoE TaMMA:n osalta.

Itse asiassa, limakalvotasolla EoE:lle on ominaista silmiinpistävä kuvio laajennetuista epiteelinvälisistä tiloista, jolloin estetoimintoon ja adheesiomolekyyleihin liittyvä proteiinien säätely puolestaan ​​​​moduloituu IL13-riippuvaisen mekanismin kautta. Tämän seurauksena muuttunut epiteelin läpäisevyys voi johtaa sallivaan ympäristöön, joka parantaa antigeenin esittelyä, mikä puolestaan ​​​​johtaa jatkuvaan krooniseen tulehdukseen.

Huolimatta joistakin anatomisista ja molekyylisistä karakterisoinneista, joita käytetään eräänlaisena kultastandardina EoE:n patogeneesin määrittelyssä, molekyylitutkimusten meta-analyysi voi parantaa ymmärrystä taudin fysiopatologiasta ja määrittää molekyylimarkkereita, jotka ovat hyödyllisiä EoE:n yksinkertaisessa diagnoosissa. ei ole vielä suoritettu. Kehitimme ja julkaisimme äskettäin Inflammatory Bowel Disease (IBD) Transcriptome and Metatranscriptome Meta-Analysis -verkkosovelluksen (IBD TaMMA, https://ibd-meta-analysis.herokuapp.com/), joka on täydellinen tutkimus kaikista julkisista tiedoista, jotka on luotu IBD:hen liittyvät tutkimukset. TaMMA on osallistunut omics-datan meta-analyysin alalla tarjoamalla avoimen lähdekoodin kehyksen, jonka avulla yhteisö voi helposti käyttää, kyselyitä ja "leikkiä" dataa käyttäjäystävällisen verkkosovelluksen kautta ja tarjoaa ennennäkemättömän mahdollisuuden määrittää uusia hypoteeseja ja oivalluksia IBD:n patogeneesin ymmärtämiseksi paremmin.

Ottaen huomioon hyödyllisyyden, jota IBD TaMMA on osoittanut yhä enemmän viime kuukausina, kehitimme samanlaisen meta-analyysin EoE:hen liittyvistä julkisista tietojoukoista, jotka visualisoitiin interaktiivisessa verkkosovelluksessa EoE TaMMA, joka sisältää tutkimuksia, joissa analysoidaan EoE:tä, GERD:tä ja kontrolleja ( ilman EoE:tä ja GERD:tä). EoE:hen liittyvät fenotyypit vahvistettiin koko verkkosovelluksessa. Alustan vahvistamiseksi edelleen ehdotamme EoE TaMMA -tulosten validointia riippumattomaan EoE- ja GERD-potilaiden kohorttiin hyödyntämällä EoE:tä ja GERD:tä.