Monocentrisk retrospektiv observationsstudie för validering av metaanalys av metatraskryptomet och transkriptomet av eosynofylesofagit

Eosinofil esofagit (EoE) är en kronisk matstrupsinflammatorisk sjukdom, primärt aktiverad av födoämnesantigener, med åtföljande ackumulering av eosinofiler i esofagusslemhinnan där det Th2-responsspecifika interleukinet (IL) 5 och IL13 spelar en nyckelroll under dess patogenes. . EoE positionerar sig som en ovanlig sjukdom, med en föreslagen genetisk grund och en 3:1 manlig övervikt. Dess incidensfrekvens varierar mellan 0,1 och 1,2 fall per 10 0009 och ökar årligen. EoE-symtom inkluderar ätsvårigheter, oförmåga att trivas, kräkningar, bröst- och/eller buksmärtor, dysfagi och matpåverkan, histologiskt förknippade med esofagus linjära fåror med förlust av vaskularitet, slemhinneringar, en liten kaliber lumen, strikturer, slemhinneutsöndringar , och, mindre vanligt, polyper och sår. De för närvarande antagna terapierna är huvudsakligen baserade på protonpumpshämning, topisk administrering av glukokortikoider och förändringar i kostvanor. Men hos de flesta patienter förblir eosinofil esofagit en kronisk sjukdom, och om behandlingen avbryts uppstår inflammation och symtomen återkommer. Detta kan hämma livskvaliteten, inklusive vitalitet och allmänna hälsoresultat, och komplikationer kan utvecklas. Därför är den fullständiga förståelsen av mekanismerna som inträffar under EoE-patogenesen fortfarande av yttersta vikt för att implementera och förbättra de terapeutiska interventionslinjerna, vilket förbättrar patienternas övergripande välbefinnande.

En enkel och underlättad klinisk EoE-diagnos saknas fortfarande, eftersom EoE hos patienter framkallar symtom som överlappar andra sjukdomsmanifestationer, såsom gastroesofageal refluxsjukdom (GERD), eosinofil gastrointestinal sjukdom och achalasia. Tillsammans med förändringar i slemhinneimmunitet förblir försämringen av epitelbarriärfunktionen ett kännetecken för EoE, både vad gäller ökad permeabilitet och antigenavkänning och EoE TaMMA.

På slemhinnenivå kännetecknas faktiskt EoE av ett slående mönster av vidgade interepiteliala utrymmen, med nedreglering av proteiner associerade med barriärfunktion och adhesionsmolekyler, i sin tur modulerade via en IL13-beroende mekanism. Som en konsekvens kan förändrad epitelpermeabilitet leda till en tillåtande miljö som förbättrar antigenpresentationen, vilket i sin tur leder till ihållande kronisk inflammation.

Trots vissa anatomiska och molekylära karakteriseringar som används som ett slags guldstandard för definitionen av EoE-patogenesen, kan en metaanalys av de molekylära studierna förbättra förståelsen av sjukdomens fysiopatologi och definiera molekylära markörer som är användbara för en enkel diagnos av EoE har inte utförts ännu. Vi har nyligen utvecklat och släppt webbappen Inflammatory Bowel Disease (IBD) Transcriptome and Metatranscriptome Meta-Analysis (IBD TaMMA, https://ibd-meta-analysis.herokuapp.com/), en komplett undersökning av alla offentliga datauppsättningar som genereras för IBD-relaterade studier. TaMMA har bidragit till området omics datametaanalys genom att tillhandahålla ett ramverk med öppen källkod som gör det möjligt för gemenskapen att enkelt komma åt, fråga och "leka" med data genom en användarvänlig webbapplikation och erbjuder en oöverträffad möjlighet att definiera nya hypoteser och insikter för att bättre förstå patogenesen av IBD.

Med tanke på användbarheten som IBD TaMMA har visat allt mer under de senaste månaderna, utvecklade vi en liknande metaanalys av EoE-relaterade offentliga datauppsättningar visualiserade i en interaktiv webbapp, EoE TaMMA, som inkluderar studier som analyserar EoE, GERD och kontroller ( utan EoE och GERD). EoE-relaterade fenotyper bekräftades i hela webbappen. För att ytterligare konsolidera plattformen, föreslår vi att valideringen av EoE TaMMA resulterar i en oberoende kohort av EoE- och GERD-patienter, genom att dra fördel av EoE och GERD.