Monozentrische retrospektive Beobachtungsstudie zur Validierung der Metaanalyse des Metatrascryptoms und Transkriptoms der Eosynophyl-Ösophagitis

Die eosinophile Ösophagitis (EoE) ist eine chronische entzündliche Erkrankung der Speiseröhre, die hauptsächlich durch Nahrungsmittelantigene aktiviert wird und mit der gleichzeitigen Ansammlung von Eosinophilen in der Schleimhautschicht der Speiseröhre einhergeht, wo die Th2-Antwort-spezifischen Interleukine (IL) 5 und IL13 während ihrer Pathogenese eine Schlüsselrolle spielen . EoE gilt als seltene Erkrankung mit vermuteter genetischer Grundlage und einem 3:1-Übergewicht bei Männern. Die Inzidenzrate schwankt zwischen 0,1 und 1,2 Fällen pro 10.0009 und steigt jährlich an. Zu den EoE-Symptomen zählen Schwierigkeiten beim Essen, Gedeihstörung, Erbrechen, Brust- und/oder Bauchschmerzen, Dysphagie und Nahrungsstau, histologisch verbunden mit linearen Furchen der Speiseröhre mit Verlust der Vaskularität, Schleimhautringen, einem kleinkalibrigen Lumen, Strikturen und Schleimhautexsudaten und seltener Polypen und Geschwüre. Die derzeit angewandten Therapien basieren hauptsächlich auf der Hemmung der Protonenpumpe, der topischen Verabreichung von Glukokortikoiden und einer Änderung der Ernährungsgewohnheiten. Bei den meisten Patienten bleibt die eosinophile Ösophagitis jedoch eine chronische Erkrankung, und wenn die Behandlung abgebrochen wird, kommt es zu einer Entzündung und erneuten Symptomen. Dies kann die Lebensqualität, einschließlich der Vitalität und des allgemeinen Gesundheitszustands, beeinträchtigen und es können Komplikationen auftreten. Daher bleibt das vollständige Verständnis der Mechanismen, die während der EoE-Pathogenese ablaufen, von größter Bedeutung für die Umsetzung und Verbesserung der therapeutischen Interventionslinien und die Verbesserung des allgemeinen Wohlbefindens des Patienten.

Eine einfache und erleichterte klinische EoE-Diagnose fehlt immer noch, da EoE bei Patienten Symptome hervorruft, die sich mit anderen Krankheitsmanifestationen wie der gastroösophagealen Refluxkrankheit (GERD), der eosinophilen gastrointestinalen Erkrankung und der Achalasie überschneiden. Neben den Veränderungen der Schleimhautimmunität bleibt die Beeinträchtigung der epithelialen Barrierefunktion ein Kennzeichen von EoE, sowohl im Hinblick auf eine erhöhte Permeabilität und Antigenerkennung als auch auf EoE TaMMA.

Tatsächlich ist EoE auf Schleimhautebene durch ein auffälliges Muster erweiterter interepithelialer Räume gekennzeichnet, wobei die Herunterregulierung von Proteinen, die mit der Barrierefunktion und Adhäsionsmolekülen verbunden sind, wiederum über einen IL13-abhängigen Mechanismus moduliert wird. Infolgedessen kann eine veränderte Epithelpermeabilität zu einer permissiven Umgebung führen, die die Antigenpräsentation verbessert, was wiederum zu einer anhaltenden chronischen Entzündung führt.

Obwohl einige anatomische und molekulare Charakterisierungen als eine Art Goldstandard für die Definition der EoE-Pathogenese herangezogen werden, kann eine Metaanalyse der molekularen Studien das Verständnis der Physiopathologie der Krankheit verbessern und molekulare Marker definieren, die für eine einfache Diagnose von EoE hilfreich sind wurde noch nicht durchgeführt. Wir haben kürzlich die Web-App „Inflammatory Bowel Disease (IBD) Transcriptome and Metatranscriptome Meta-Analysis“ (IBD TaMMA, https://ibd-meta-analysis.herokuapp.com/) entwickelt und veröffentlicht, eine vollständige Übersicht über alle öffentlichen Datensätze, die für generiert wurden IBD-bezogene Studien. TaMMA hat zum Bereich der Omics-Daten-Metaanalyse beigetragen, indem es ein Open-Source-Framework bereitgestellt hat, das es der Community ermöglicht, über eine benutzerfreundliche Webanwendung einfach auf die Daten zuzugreifen, sie abzufragen und mit ihnen zu „spielen“, und eine beispiellose Möglichkeit zur Definition bietet neue Hypothesen und Erkenntnisse zum besseren Verständnis der Pathogenese von IBD.

Angesichts des Nutzens, den IBD TaMMA in den letzten Monaten zunehmend gezeigt hat, haben wir eine ähnliche Metaanalyse von EoE-bezogenen öffentlichen Datensätzen entwickelt, die in einer interaktiven Web-App, dem EoE TaMMA, visualisiert werden und Studien zur Analyse von EoE, GERD und Kontrollen umfassen ( ohne EoE und GERD). EoE-bezogene Phänotypen wurden in der gesamten Web-App bestätigt. Um die Plattform weiter zu konsolidieren, schlagen wir die Validierung der EoE-TaMMA-Ergebnisse in einer unabhängigen Kohorte von EoE- und GERD-Patienten vor, indem wir die Vorteile von EoE und GERD nutzen.