Monocentryczne retrospektywne badanie obserwacyjne w celu walidacji metaanalizy metatraskryptomu i transkryptomu eozynofilowego zapalenia przełyku

Eozynofilowe zapalenie przełyku (EoE) to przewlekła choroba zapalna przełyku, aktywowana głównie przez antygeny pokarmowe, z towarzyszącym gromadzeniem się eozynofili w warstwie błony śluzowej przełyku, gdzie kluczową rolę w patogenezie odgrywają interleukina (IL) 5 i IL13 specyficzna dla odpowiedzi Th2 . EoE jest rzadką chorobą, z sugerowanym podłożem genetycznym i przewagą mężczyzn w stosunku 3:1. Częstość występowania tej choroby waha się od 0,1 do 1,2 przypadków na 10 0009 osób i wzrasta z roku na rok. Objawy EoE obejmują trudności w jedzeniu, brak prawidłowego rozwoju, wymioty, ból w klatce piersiowej i/lub brzuchu, dysfagię i zatrzymanie pokarmu, histologicznie związane z liniowymi bruzdami przełyku z utratą unaczynienia, krążkami błony śluzowej, światłem małego kalibru, zwężeniami, wysiękiem z błony śluzowej oraz rzadziej polipy i owrzodzenia. Obecnie stosowane terapie opierają się głównie na hamowaniu pompy protonowej, miejscowym podawaniu glikokortykosteroidów i zmianie nawyków żywieniowych. Jednakże u większości pacjentów eozynofilowe zapalenie przełyku pozostaje chorobą przewlekłą i w przypadku przerwania leczenia następuje zapalenie i nawrót objawów. Może to pogorszyć jakość życia, w tym witalność i ogólny stan zdrowia, a także mogą wystąpić powikłania. Dlatego pełne zrozumienie mechanizmów zachodzących podczas patogenezy EoE pozostaje sprawą najwyższej wagi we wdrażaniu i ulepszaniu terapeutycznych linii interwencji, poprawiających ogólny stan zdrowia pacjentów.

Nadal brakuje prostej i łatwej diagnozy klinicznej EoE, ponieważ EoE wywołuje u pacjentów objawy nakładające się na inne objawy chorobowe, takie jak refluks żołądkowo-przełykowy (GERD), eozynofilowa choroba przewodu pokarmowego i achalazja. Wraz ze zmianami odporności błony śluzowej, upośledzenie funkcji bariery nabłonkowej pozostaje cechą charakterystyczną EoE, zarówno pod względem zwiększonej przepuszczalności, jak i wykrywania antygenu oraz EoE TaMMA.

Rzeczywiście, na poziomie błony śluzowej EoE charakteryzuje się uderzającym wzorem rozszerzonych przestrzeni międzynabłonkowych, z regulacją w dół białek związanych z funkcją bariery i cząsteczkami adhezyjnymi, z kolei modulowanymi poprzez mechanizm zależny od IL13. W konsekwencji zmieniona przepuszczalność nabłonka może prowadzić do powstania sprzyjającego środowiska, które zwiększa prezentację antygenu, co z kolei prowadzi do trwałego przewlekłego stanu zapalnego.

Pomimo pewnych cech anatomicznych i molekularnych stosowanych jako swego rodzaju złoty standard w definicji patogenezy EoE, metaanaliza badań molekularnych może poprawić zrozumienie fizjopatologii choroby i zdefiniować markery molekularne pomocne w prostej diagnozie EoE nie zostało jeszcze wykonane. Niedawno opracowaliśmy i udostępniliśmy aplikację internetową do analizy transkryptomu i metatranskryptomu metatranskryptomu choroby zapalnej jelit (IBD TaMMA, https://ibd-meta-analytic.herokuapp.com/), pełną ankietę obejmującą wszystkie publiczne zestawy danych wygenerowane dla Badania związane z IBD. TaMMA wniosła wkład w dziedzinę metaanalizy danych omicznych, udostępniając platformę open source, która umożliwi społeczności łatwy dostęp do danych, wysyłanie zapytań i „bawienie się” nimi za pośrednictwem przyjaznej dla użytkownika aplikacji internetowej oraz oferując bezprecedensową możliwość zdefiniowania nowe hipotezy i spostrzeżenia umożliwiające lepsze zrozumienie patogenezy IBD.

Biorąc pod uwagę użyteczność, jaką IBD TaMMA w coraz większym stopniu wykazywała w ciągu ostatnich miesięcy, opracowaliśmy podobną metaanalizę publicznych zbiorów danych związanych z EoE wizualizowanych w interaktywnej aplikacji internetowej EoE TaMMA, która obejmuje badania analizujące EoE, GERD i kontrole ( bez EoE i GERD). Fenotypy związane z EoE zostały potwierdzone w całej aplikacji internetowej. Aby jeszcze bardziej skonsolidować platformę, proponujemy walidację wyników EoE TaMMA w niezależnej kohorcie pacjentów z EoE i GERD, wykorzystując EoE i GERD.