Моноцентрическое ретроспективное наблюдательное исследование для проверки метаанализа метатракриптома и транскриптома эозинофильного эзофагита

Эозинофильный эзофагит (ЭоЭ) — хроническое воспалительное заболевание пищевода, активируемое преимущественно пищевыми антигенами, с сопутствующим накоплением эозинофилов в слизистой оболочке пищевода, где Th2-специфический интерлейкин (IL) 5 и IL13 играют ключевую роль в его патогенезе. . ЭоЭ позиционируется как редкое заболевание с предполагаемой генетической основой и преобладанием мужчин 3:1. Заболеваемость ее колеблется от 0,1 до 1,2 случаев на 10 0009 и ежегодно увеличивается. Симптомы ЭоЭ включают трудности с приемом пищи, задержку в развитии, рвоту, боль в груди и/или животе, дисфагию и задержку пищи, гистологически связанные с линейными бороздами пищевода с потерей васкуляризации, кольцами слизистой оболочки, просветом малого калибра, стриктурами, экссудатом слизистой оболочки. и, реже, полипы и изъязвления. Принятые в настоящее время методы лечения в основном основаны на ингибировании протонной помпы, местном применении глюкокортикоидов и изменении привычек питания. Однако у большинства пациентов эозинофильный эзофагит остается хроническим заболеванием, и при прекращении лечения возникает воспаление и симптомы рецидивируют. Это может ухудшить качество жизни, включая жизненные силы и общее состояние здоровья, а также могут развиться осложнения. Таким образом, полное понимание механизмов, происходящих во время патогенеза ЭоЭ, остается первостепенным для реализации и совершенствования терапевтических направлений, улучшающих общее самочувствие пациентов.

Простой и упрощенный клинический диагноз ЭоЭ до сих пор отсутствует, поскольку ЭоЭ провоцирует у пациентов симптомы, перекрывающиеся с проявлениями других заболеваний, таких как гастроэзофагеальная рефлюксная болезнь (ГЭРБ), эозинофильные заболевания желудочно-кишечного тракта и ахалазия. Наряду с изменениями иммунитета слизистой оболочки, нарушение барьерной функции эпителия остается отличительной чертой ЭоЭ с точки зрения как повышенной проницаемости, так и чувствительности к антигенам, а также ЭоЭ TaMMA.

Действительно, на уровне слизистой оболочки EoE характеризуется поразительным паттерном расширенных межэпителиальных пространств с подавлением белков, связанных с барьерной функцией, и молекул адгезии, в свою очередь, модулируемых посредством IL13-зависимого механизма. Как следствие, измененная проницаемость эпителия может привести к созданию благоприятной среды, которая усиливает презентацию антигена, что, в свою очередь, приводит к стойкому хроническому воспалению.

Несмотря на некоторые анатомические и молекулярные характеристики, используемые в качестве своего рода золотого стандарта для определения патогенеза ЭоЭ, метаанализ молекулярных исследований может улучшить понимание физиопатологии заболевания и определить молекулярные маркеры, полезные для прямой диагностики ЭоЭ. еще не исполнено. Недавно мы разработали и выпустили веб-приложение «Транскриптом и метатранскриптом метаанализа воспалительных заболеваний кишечника» (IBD TaMMA, https://ibd-meta-anaлиз.herokuapp.com/), полное исследование всех общедоступных наборов данных, созданных для Исследования, связанные с ВЗК. TaMMA внесла свой вклад в область метаанализа данных омики, предоставив структуру с открытым исходным кодом, которая позволит сообществу легко получать доступ, запрашивать и «играть» с данными через удобное веб-приложение и предлагая беспрецедентную возможность определить новые гипотезы и идеи для лучшего понимания патогенеза ВЗК.

Учитывая полезность, которую IBD TaMMA все чаще демонстрирует в последние месяцы, мы разработали аналогичный метаанализ наборов общедоступных данных, связанных с EoE, визуализированных в интерактивном веб-приложении EoE TaMMA, который включает исследования, анализирующие EoE, ГЭРБ и контроль ( без ЭоЭ и ГЭРБ). Фенотипы, связанные с EoE, были подтверждены во всем веб-приложении. Для дальнейшей консолидации платформы мы предлагаем проверить результаты EoE TaMMA в независимой когорте пациентов с EoE и ГЭРБ, воспользовавшись преимуществами EoE и ГЭРБ.