Monosentrisk retrospektiv observasjonsstudie for validering av meta-analyse av metatrascryptomet og transkriptomet av eosynophyl esofagitt

Eosinofil øsofagitt (EoE) er en kronisk esophageal inflammatorisk sykdom, primært aktivert av matantigener, med samtidig akkumulering av eosinofiler i esophageal mucosal lag der Th2-respons-spesifikke interleukin (IL) 5 og IL13 spiller en nøkkelrolle under dets patogenese. . EoE posisjonerer seg som en uvanlig sykdom, med en foreslått genetisk basis og en mannlig overvekt på 3:1. Insidensraten varierer mellom 0,1 og 1,2 tilfeller per 10 0009 og øker årlig. EoE-symptomer inkluderer problemer med å spise, svikt i å trives, oppkast, bryst- og/eller magesmerter, dysfagi og matpåvirkning, histologisk assosiert med esophageal lineære furer med tap av vaskularitet, slimhinneringer, et lite kaliber lumen, strikturer, slimhinneeksudater , og, mindre vanlig, polypper og sårdannelser. De for tiden vedtatte terapiene er hovedsakelig basert på protonpumpehemming, topisk administrering av glukokortikoider og endringer i kostholdsvaner. Men hos de fleste pasienter forblir eosinofil øsofagitt en kronisk sykdom, og hvis behandlingen stoppes, oppstår betennelse og symptomene kommer tilbake. Dette kan hemme livskvaliteten, inkludert vitalitet og generelle helsepoeng, og komplikasjoner kan utvikle seg. Derfor er den fullstendige forståelsen av mekanismene som oppstår under EoE-patogenesen fortsatt av avgjørende betydning for å implementere og forbedre de terapeutiske intervensjonslinjene, og forbedre den generelle pasientens velvære.

En enkel og tilrettelagt EoE klinisk diagnose mangler fortsatt, siden EoE provoserer hos pasienter symptomer som overlapper med andre sykdomsmanifestasjoner, slik som gastroøsofageal reflukssykdom (GERD), eosinofil gastrointestinal sykdom og achalasia. Sammen med slimhinneimmunitetsendringene forblir svekkelsen av epitelbarrierefunksjonen et kjennetegn på EoE, når det gjelder både økt permeabilitet og antigenføling og EoE TaMMA.

Faktisk, på slimhinnenivå, er EoE kjennetegnet av et slående mønster av utvidede interepiteliale rom, med nedregulering av proteiner assosiert med barrierefunksjon og adhesjonsmolekyler, på sin side modulert via en IL13-avhengig mekanisme. Som en konsekvens kan endret epitelpermeabilitet føre til et permissivt miljø som forbedrer antigenpresentasjonen, som igjen fører til vedvarende kronisk betennelse.

Til tross for noen anatomiske og molekylære karakteriseringer brukt som en slags gullstandard for definisjonen av EoE-patogenesen, kan en metaanalyse av de molekylære studiene forbedre forståelsen av sykdommens fysiopatologi og definere molekylære markører som er nyttige for en enkel diagnose av EoE er ikke utført ennå. Vi har nylig utviklet og gitt ut Inflammatory Bowel Disease (IBD) Transcriptome and Metatranscriptome Meta-Analysis web-appen (IBD TaMMA, https://ibd-meta-analysis.herokuapp.com/), en fullstendig undersøkelse av alle offentlige datasett generert for IBD-relaterte studier. TaMMA har bidratt til metaanalyse av omics-data ved å tilby et rammeverk med åpen kildekode som vil gjøre det mulig for fellesskapet å enkelt få tilgang til, spørre og "leke" med dataene gjennom en brukervennlig nettapplikasjon og tilby en enestående mulighet til å definere nye hypoteser og innsikt for bedre å forstå patogenesen av IBD.

Med tanke på nytten som IBD TaMMA i økende grad har vist de siste månedene, utviklet vi en lignende metaanalyse av EoE-relaterte offentlige datasett visualisert i en interaktiv nettapp, EoE TaMMA, som inkluderer studier som analyserer EoE, GERD og kontroller ( uten EoE og GERD). EoE-relaterte fenotyper ble bekreftet i hele nettappen. For ytterligere å konsolidere plattformen, foreslår vi validering av EoE TaMMA-resultater i en uavhengig kohort av EoE- og GERD-pasienter, ved å dra nytte av EoE og GERD.