Monocentrische retrospectieve observationele studie voor validatie van meta-analyse van het metatrascryptoom en transcriptoom van eosynophyl-oesofagitis

Eosinofiele oesofagitis (EoE) is een chronische slokdarmontstekingsziekte, voornamelijk geactiveerd door voedselantigenen, met de gelijktijdige accumulatie van eosinofielen in de slokdarmslijmvlieslaag, waar de Th2-respons-specifieke interleukine (IL) 5 en IL13 een sleutelrol spelen tijdens de pathogenese ervan. . EoE positioneert zich als een zeldzame ziekte, met een veronderstelde genetische basis en een mannelijk overwicht van 3:1. De incidentie varieert tussen 0,1 en 1,2 gevallen per 10.0009 en neemt jaarlijks toe. EoE-symptomen zijn onder meer problemen met eten, groeiachterstand, braken, borst- en/of buikpijn, dysfagie en voedselimpact, histologisch geassocieerd met slokdarm lineaire groeven met verlies van vasculariteit, slijmvliesringen, een lumen van klein kaliber, vernauwingen, slijmvliesafscheidingen en, minder vaak, poliepen en zweren. De momenteel toegepaste therapieën zijn voornamelijk gebaseerd op protonpompremming, plaatselijke toediening van glucocorticoïden en veranderingen in voedingsgewoonten. Bij de meeste patiënten blijft eosinofiele oesofagitis echter een chronische ziekte, en als de behandeling wordt stopgezet, ontstaat er een ontsteking en keren de symptomen terug. Dit kan de kwaliteit van leven belemmeren, inclusief de vitaliteits- en algemene gezondheidsscores, en er kunnen zich complicaties voordoen. Daarom blijft het volledige begrip van de mechanismen die optreden tijdens EoE-pathogenese van het grootste belang voor het implementeren en verbeteren van de therapeutische interventielijnen, waardoor het algehele welzijn van de patiënt wordt verbeterd.

Een eenvoudige en gefaciliteerde klinische EoE-diagnose ontbreekt nog steeds, omdat EoE bij patiënten symptomen veroorzaakt die overlappen met andere ziekteverschijnselen, zoals gastro-oesofageale refluxziekte (GERD), eosinofiele gastro-intestinale ziekte en achalasie. Samen met de veranderingen in de mucosale immuniteit blijft de verslechtering van de epitheliale barrièrefunctie een kenmerk van EoE, in termen van zowel verhoogde permeabiliteit als antigeendetectie en EoE TaMMA.

Op mucosaal niveau wordt EoE inderdaad gekenmerkt door een opvallend patroon van verwijde interepitheliale ruimtes, met neerwaartse regulatie van eiwitten geassocieerd met barrièrefunctie en adhesiemoleculen, op zijn beurt gemoduleerd via een IL13-afhankelijk mechanisme. Als gevolg hiervan kan een veranderde epitheliale permeabiliteit leiden tot een tolerante omgeving die de antigeenpresentatie verbetert, wat op zijn beurt leidt tot aanhoudende chronische ontstekingen.

Ondanks enkele anatomische en moleculaire karakteriseringen die worden gebruikt als een soort gouden standaard voor de definitie van de EoE-pathogenese, kan een meta-analyse van de moleculaire studies het begrip van de fysiopathologie van de ziekte verbeteren en moleculaire markers definiëren die nuttig zijn voor een eenvoudige diagnose van EoE. is nog niet uitgevoerd. We hebben onlangs de webapp Inflammatory Bowel Disease (IBD) Transcriptome en Metatranscriptome Meta-Analysis ontwikkeld en uitgebracht (IBD TaMMA, https://ibd-meta-analysis.herokuapp.com/), een compleet overzicht van alle openbare datasets die zijn gegenereerd voor IBD-gerelateerde onderzoeken. TaMMA heeft bijgedragen aan de meta-analyse van omics-gegevens door een open source-framework te bieden dat de gemeenschap in staat stelt de gegevens gemakkelijk te raadplegen, te bevragen en ermee te 'spelen' via een gebruiksvriendelijke webapplicatie en een ongekende mogelijkheid te bieden om de gegevens te definiëren nieuwe hypothesen en inzichten voor een beter begrip van de pathogenese van IBD.

Gezien het nut dat IBD TaMMA de afgelopen maanden steeds meer heeft laten zien, hebben we een soortgelijke meta-analyse ontwikkeld van EoE-gerelateerde openbare datasets, gevisualiseerd in een interactieve webapp, de EoE TaMMA, die onderzoeken omvat die EoE, GORZ en controles analyseren ( zonder EoE en GERD). EoE-gerelateerde fenotypes werden overal in de webapp bevestigd. Om het platform verder te consolideren, stellen we de validatie voor van EoE TaMMA-resultaten in een onafhankelijk cohort van EoE- en GERD-patiënten, door gebruik te maken van de EoE en GERD.