Studio osservazionale retrospettivo monocentrico per la convalida della meta-analisi del metatrascrittoma e del trascrittoma dell'esofagite eosinofila

L'esofagite eosinofila (EoE) è una malattia infiammatoria cronica dell'esofago, attivata principalmente da antigeni alimentari, con il concomitante accumulo di eosinofili all'interno dello strato della mucosa esofagea dove l'interleuchina Th2-specifica (IL) 5 e IL13 svolgono un ruolo chiave durante la sua patogenesi . L'EoE si posiziona come una malattia rara, con una base genetica suggerita e una preponderanza maschile di 3:1. Il suo tasso di incidenza varia tra 0,1 e 1,2 casi su 10.0009 e aumenta ogni anno. I sintomi dell'EoE includono difficoltà a mangiare, ritardo della crescita, vomito, dolore toracico e/o addominale, disfagia e occlusione da cibo, istologicamente associati a solchi lineari esofagei con perdita di vascolarizzazione, anelli della mucosa, lume di piccolo calibro, stenosi, essudati della mucosa e, meno comunemente, polipi e ulcerazioni. Le terapie attualmente adottate si basano principalmente sull'inibizione della pompa protonica, sulla somministrazione topica di glucocorticoidi e sui cambiamenti delle abitudini alimentari. Tuttavia, nella maggior parte dei pazienti, l’esofagite eosinofila rimane una malattia cronica e, se il trattamento viene interrotto, si verifica un’infiammazione e i sintomi si ripresentano. Ciò potrebbe compromettere la qualità della vita, compresi i punteggi di vitalità e salute generale, e potrebbero svilupparsi complicazioni. Pertanto, la completa comprensione dei meccanismi che si verificano durante la patogenesi dell'EoE rimane di fondamentale importanza per implementare e migliorare le linee terapeutiche di intervento, migliorando il benessere generale dei pazienti.

Manca ancora una diagnosi clinica semplice e facilitata dell'EoE, poiché l'EoE provoca nei pazienti sintomi che si sovrappongono ad altre manifestazioni patologiche, come la malattia da reflusso gastroesofageo (GERD), la malattia gastrointestinale eosinofila e l'acalasia. Insieme alle alterazioni dell'immunità della mucosa, la compromissione della funzione della barriera epiteliale rimane un segno distintivo dell'EoE, in termini sia di aumento della permeabilità che del rilevamento dell'antigene e dell'EoE TaMMA.

Infatti, a livello della mucosa, l’EoE è caratterizzato da un sorprendente pattern di spazi interepiteliali dilatati, con down-regulation delle proteine ​​associate alla funzione di barriera e delle molecole di adesione, a loro volta modulate attraverso un meccanismo IL13-dipendente. Di conseguenza, la permeabilità epiteliale alterata può portare a un ambiente permissivo che migliora la presentazione dell’antigene, che a sua volta porta a un’infiammazione cronica persistente.

Nonostante alcune caratterizzazioni anatomiche e molecolari utilizzate come una sorta di gold standard per la definizione della patogenesi dell'EoE, una meta-analisi degli studi molecolari potrebbe migliorare la comprensione della fisiopatologia della malattia e definire marcatori molecolari utili per una diagnosi semplice dell'EoE non è stato ancora eseguito. Recentemente abbiamo sviluppato e rilasciato l'app web Transcriptome and Metatranscriptome Meta-Analysis della malattia infiammatoria intestinale (IBD) (IBD TaMMA, https://ibd-meta-analysis.herokuapp.com/), un sondaggio completo di tutti i set di dati pubblici generati per Studi relativi alle IBD. TaMMA ha contribuito al campo della meta-analisi dei dati omici fornendo un framework open source che consentirà alla comunità di accedere, interrogare e "giocare" facilmente con i dati attraverso un'applicazione web intuitiva e offrendo un'opportunità senza precedenti di definire nuove ipotesi e intuizioni per comprendere meglio la patogenesi delle IBD.

Considerando l’utilità che IBD TaMMA ha mostrato sempre più negli ultimi mesi, abbiamo sviluppato una meta-analisi simile di set di dati pubblici relativi a EoE visualizzati in un’app web interattiva, EoE TaMMA, che include studi che analizzano EoE, GERD e controlli ( senza EoE e GERD). I fenotipi correlati a EoE sono stati confermati in tutta l'app Web. Per consolidare ulteriormente la piattaforma, stiamo proponendo la validazione dei risultati EoE TaMMA in una coorte indipendente di pazienti EoE e GERD, sfruttando EoE e GERD.