Monocentrisk retrospektiv observationsundersøgelse til validering af meta-analyse af metatrascryptomet og transkriptomet af eosynophyl esophagitis

Eosinofil esophagitis (EoE) er en kronisk esophageal inflammatorisk sygdom, primært aktiveret af fødevareantigener, med den samtidige ophobning af eosinofiler i esophageal slimhindelaget, hvor det Th2-respons-specifikke interleukin (IL) 5 og IL13 spiller en nøglerolle under dets patogenese. . EoE positionerer sig som en ualmindelig sygdom med et foreslået genetisk grundlag og en 3:1 mandlig overvægt. Dens incidensrate varierer mellem 0,1 og 1,2 tilfælde pr. 10.0009 og stiger årligt. EoE-symptomer omfatter problemer med at spise, manglende trives, opkastning, bryst- og/eller mavesmerter, dysfagi og fødevarepåvirkning, histologisk forbundet med esophageal lineære furer med tab af vaskularitet, slimhinderinge, en lille kaliber lumen, strikturer, slimhindeeksudater , og, mindre almindeligt, polypper og sårdannelser. De aktuelt vedtagne behandlinger er hovedsageligt baseret på protonpumpehæmning, topisk administration af glukokortikoider og ændringer i kostvaner. Men hos de fleste patienter forbliver eosinofil øsofagitis en kronisk sygdom, og hvis behandlingen stoppes, opstår der betændelse, og symptomerne opstår igen. Dette kan hæmme livskvaliteten, herunder vitalitet og generelle sundhedsresultater, og komplikationer kan udvikle sig. Derfor er den fuldstændige forståelse af de mekanismer, der opstår under EoE-patogenese, fortsat af afgørende betydning for implementering og forbedring af de terapeutiske interventionslinjer, hvilket forbedrer de overordnede patienters velvære.

En ligetil og faciliteret EoE klinisk diagnose mangler stadig, da EoE hos patienter fremkalder symptomer, der overlapper med andre sygdomsmanifestationer, såsom gastroøsofageal reflukssygdom (GERD), eosinofil gastrointestinal sygdom og achalasia. Sammen med slimhindeimmunitetsændringerne forbliver svækkelsen af ​​epitelbarrierefunktionen et kendetegn for EoE, hvad angår både øget permeabilitet og antigen-sensing og EoE TaMMA.

På slimhindeniveau er EoE faktisk kendetegnet ved et slående mønster af udvidede interepitheliale rum, med nedregulering af proteiner forbundet med barrierefunktion og adhæsionsmolekyler, der igen moduleres via en IL13-afhængig mekanisme. Som en konsekvens kan ændret epitelpermeabilitet føre til et permissivt miljø, der forbedrer antigenpræsentationen, hvilket igen fører til vedvarende kronisk inflammation.

På trods af nogle anatomiske og molekylære karakteriseringer, der er brugt som en slags guldstandard for definitionen af ​​EoE-patogenesen, kan en meta-analyse af de molekylære undersøgelser forbedre forståelsen af ​​sygdommens fysiopatologi og definere molekylære markører, der er nyttige til en ligetil diagnose af EoE er ikke udført endnu. Vi har for nylig udviklet og frigivet Inflammatory Bowel Disease (IBD) Transcriptome and Metatranscriptome Meta-Analysis web-appen (IBD TaMMA, https://ibd-meta-analysis.herokuapp.com/), en komplet undersøgelse af alle offentlige datasæt genereret for IBD-relaterede undersøgelser. TaMMA har bidraget til metaanalyse af omics-data ved at levere en open source-ramme, der gør det muligt for fællesskabet nemt at få adgang til, forespørge og 'lege' med dataene gennem en brugervenlig webapplikation og tilbyde en hidtil uset mulighed for at definere nye hypoteser og indsigter for bedre at forstå patogenesen af ​​IBD.

I betragtning af den nytte, som IBD TaMMA i stigende grad har vist i løbet af de sidste måneder, udviklede vi en lignende metaanalyse af EoE-relaterede offentlige datasæt visualiseret i en interaktiv web-app, EoE TaMMA, der inkluderer undersøgelser, der analyserer EoE, GERD og kontroller ( uden EoE og GERD). EoE-relaterede fænotyper blev bekræftet i hele webappen. For yderligere at konsolidere platformen foreslår vi validering af EoE TaMMA-resultater i en uafhængig kohorte af EoE- og GERD-patienter ved at drage fordel af EoE og GERD.