Estudio observacional retrospectivo monocéntrico para la validación del metanálisis del metatrascriptoma y el transcriptoma de la esofagitis eosinofila

La esofagitis eosinofílica (EoE) es una enfermedad inflamatoria esofágica crónica, activada principalmente por antígenos alimentarios, con la acumulación concomitante de eosinófilos dentro de la capa mucosa esofágica donde la interleucina (IL) 5 e IL13 específica de la respuesta Th2 desempeñan un papel clave durante su patogénesis. . La EEo se posiciona como una enfermedad poco común, con una base genética sugerida y una preponderancia masculina de 3:1. Su tasa de incidencia varía entre 0,1 y 1,2 casos por 10.0009 y aumenta anualmente. Los síntomas de EEo incluyen dificultad para comer, retraso del crecimiento, vómitos, dolor torácico y/o abdominal, disfagia e impactación de alimentos, histológicamente asociados con surcos lineales esofágicos con pérdida de vascularidad, anillos mucosos, luz de pequeño calibre, estenosis, exudados mucosos. y, con menos frecuencia, pólipos y ulceraciones. Las terapias adoptadas actualmente se basan principalmente en la inhibición de la bomba de protones, la administración tópica de glucocorticoides y cambios en los hábitos alimentarios. Sin embargo, en la mayoría de los pacientes, la esofagitis eosinofílica sigue siendo una enfermedad crónica y, si se interrumpe el tratamiento, se produce inflamación y los síntomas reaparecen. Esto puede obstaculizar la calidad de vida, incluidas las puntuaciones de vitalidad y salud general, y pueden desarrollarse complicaciones. Por lo tanto, la comprensión completa de los mecanismos que ocurren durante la patogénesis de la EEo sigue siendo de suma importancia para implementar y mejorar las líneas terapéuticas de intervención, mejorando el bienestar general de los pacientes.

Todavía falta un diagnóstico clínico sencillo y facilitado de la EEo, ya que la EEo provoca en los pacientes síntomas que se superponen con otras manifestaciones de la enfermedad, como la enfermedad por reflujo gastroesofágico (ERGE), la enfermedad gastrointestinal eosinofílica y la acalasia. Junto con las alteraciones de la inmunidad de la mucosa, el deterioro de la función de barrera epitelial sigue siendo un sello distintivo de la EoE, en términos tanto de aumento de la permeabilidad como de detección de antígenos y EoE TaMMA.

De hecho, a nivel de la mucosa, la EEo se caracteriza por un patrón sorprendente de espacios interepiteliales dilatados, con una regulación negativa de las proteínas asociadas con la función de barrera y las moléculas de adhesión, a su vez, moduladas mediante un mecanismo dependiente de IL13. Como consecuencia, la permeabilidad epitelial alterada puede dar lugar a un entorno permisivo que mejora la presentación de antígenos, lo que a su vez conduce a una inflamación crónica persistente.

A pesar de algunas caracterizaciones anatómicas y moleculares empleadas como una especie de estándar de oro para la definición de la patogénesis de la EEo, un metanálisis de los estudios moleculares puede mejorar la comprensión de la fisiopatología de la enfermedad y definir marcadores moleculares útiles para un diagnóstico sencillo de la EEo. aún no se ha realizado. Recientemente desarrollamos y lanzamos la aplicación web de metaanálisis de transcriptoma y metatranscriptoma de la enfermedad inflamatoria intestinal (IBD) (IBD TaMMA, https://ibd-meta-analysis.herokuapp.com/), una encuesta completa de todos los conjuntos de datos públicos generados para Estudios relacionados con la EII. TaMMA ha contribuido al campo del metanálisis de datos ómicos proporcionando un marco de código abierto que permitirá a la comunidad acceder, consultar y "jugar" fácilmente con los datos a través de una aplicación web fácil de usar y ofreciendo una oportunidad sin precedentes para definir nuevas hipótesis y conocimientos para comprender mejor la patogénesis de la EII.

Teniendo en cuenta la utilidad que IBD TaMMA ha ido mostrando cada vez más en los últimos meses, desarrollamos un metanálisis similar de conjuntos de datos públicos relacionados con EoE visualizados en una aplicación web interactiva, EoE TaMMA, que incluye estudios que analizan EoE, GERD y controles ( sin EEo ni ERGE). Los fenotipos relacionados con la EoE se confirmaron en toda la aplicación web. Para consolidar aún más la plataforma, proponemos la validación de los resultados de EoE TaMMA en una cohorte independiente de pacientes con EoE y ERGE, aprovechando la EoE y ERGE.