Étude observationnelle rétrospective monocentrique pour la validation de la méta-analyse du métatrascryptome et du transcriptome de l'œsophagite à éosynophyle

L'œsophagite à éosinophiles (EoE) est une maladie inflammatoire chronique de l'œsophage, principalement activée par des antigènes alimentaires, avec une accumulation concomitante d'éosinophiles dans la couche muqueuse de l'œsophage où les interleukines (IL) 5 et IL13 spécifiques de la réponse Th2 jouent un rôle clé au cours de sa pathogenèse. . L’EoE se positionne comme une maladie rare, avec une base génétique suggérée et une prépondérance masculine de 3 : 1. Son taux d'incidence varie entre 0,1 et 1,2 cas pour 10 0009 et augmente chaque année. Les symptômes de l'EoE comprennent des difficultés à manger, un retard de croissance, des vomissements, des douleurs thoraciques et/ou abdominales, une dysphagie et un impaction alimentaire, associés histologiquement à des sillons linéaires œsophagiens avec perte de vascularisation, des anneaux muqueux, une lumière de petit calibre, des sténoses, des exsudats muqueux. et, plus rarement, des polypes et des ulcérations. Les thérapies actuellement adoptées reposent principalement sur l’inhibition de la pompe à protons, l’administration topique de glucocorticoïdes et la modification des habitudes alimentaires. Cependant, chez la plupart des patients, l’œsophagite à éosinophiles reste une maladie chronique et si le traitement est arrêté, une inflammation s’ensuit et les symptômes réapparaissent. Cela peut nuire à la qualité de vie, notamment à la vitalité et à l’état de santé général, et des complications peuvent survenir. Par conséquent, la compréhension complète des mécanismes se produisant au cours de la pathogenèse de l'EoE reste d'une importance primordiale pour mettre en œuvre et améliorer les lignes d'intervention thérapeutiques, améliorant ainsi le bien-être global des patients.

Un diagnostic clinique simple et facilité de l'EoE fait toujours défaut, car l'EoE provoque chez les patients des symptômes qui se chevauchent avec d'autres manifestations de la maladie, telles que le reflux gastro-œsophagien (RGO), la maladie gastro-intestinale à éosinophiles et l'achalasie. Parallèlement aux altérations de l'immunité muqueuse, la déficience de la fonction de barrière épithéliale reste une caractéristique de l'EoE, en termes d'augmentation de la perméabilité et de détection des antigènes et de l'EoE TaMMA.

En effet, au niveau de la muqueuse, l'EoE se caractérise par un motif frappant d'espaces interépithéliaux dilatés, avec une régulation négative des protéines associées à la fonction barrière et aux molécules d'adhésion, elles-mêmes modulées via un mécanisme dépendant de l'IL13. En conséquence, une perméabilité épithéliale altérée peut conduire à un environnement permissif qui améliore la présentation des antigènes, ce qui conduit à son tour à une inflammation chronique persistante.

Malgré certaines caractérisations anatomiques et moléculaires utilisées comme une sorte de référence pour la définition de la pathogenèse de l'EoE, une méta-analyse des études moléculaires peut améliorer la compréhension de la physiopathologie de la maladie et définir des marqueurs moléculaires utiles pour un diagnostic simple de l'EoE. n'a pas encore été réalisé. Nous avons récemment développé et publié l'application Web de méta-analyse du transcriptome et du métatranscriptome des maladies inflammatoires de l'intestin (IBD) (IBD TaMMA, https://ibd-meta-analysis.herokuapp.com/), une enquête complète de tous les ensembles de données publiques générés pour Études liées aux MII. TaMMA a contribué au domaine de la méta-analyse des données omiques en fournissant un cadre open source qui permettra à la communauté d'accéder, d'interroger et de « jouer » facilement avec les données via une application Web conviviale et en offrant une opportunité sans précédent de définir de nouvelles hypothèses et connaissances pour mieux comprendre la pathogenèse des MII.

Compte tenu de l'utilité croissante qu'IBD TaMMA a démontrée au cours des derniers mois, nous avons développé une méta-analyse similaire d'ensembles de données publiques liées à l'EoE, visualisées dans une application Web interactive, l'EoE TaMMA, qui comprend des études analysant l'EoE, le RGO et les contrôles ( sans EoE et RGO). Les phénotypes liés à l'EoE ont été confirmés dans l'ensemble de l'application Web. Pour consolider davantage la plateforme, nous proposons la validation des résultats EoE TaMMA dans une cohorte indépendante de patients EoE et RGO, en profitant de l'EoE et du RGO.