Transcriptomická analýza ukončit nesprávnou diagnózu u pacientů se vzácnými svalovými chorobami (ARNseq-Musc)
Od roku 2017 přineslo více než 250 analýz prováděných v molekulární genetické laboratoři nemocnice Timone Enfant Hospital u pacientů se vzácnými genetickými svalovými chorobami. Vědci předpokládají, že někteří z těchto nesprávně diagnostikovaných pacientů nesou patogenní RNA (transkript) narušující varianty, které nebyly identifikovány sekvenováním DNA. Ve skutečnosti mohou být analýzy sekvenování DNA negativní navzdory přítomnosti patogenní varianty, která narušuje sestřih nebo expresi RNA, což způsobuje genetické onemocnění. Z tohoto důvodu může sekvenování RNA poskytnout diagnózu u pacientů, kteří nebyli diagnostikováni sekvenováním DNA, čímž ukončili diagnostické putování. Jako popisná studie prevalence jsou tedy nejprve stanoveny míry pozitivních diagnóz provedených přístupem RNASEQ u pacientů se svalovými chorobami, které dosud nebyly diagnostikovány, a poté identifikovat genomické charakteristiky patogenních variant identifikovaných u pacientů Analýzou RNASEQ, aby se usnadnila identifikace tohoto typu varianty u budoucích pacientů.
50 pacientů bude do této studie zahrnuto během 2 let.
Přehled studie
Postavení
Podmínky
Intervence / Léčba
Typ studie
Zápis (Odhadovaný)
Fáze
- Nelze použít
Kontakty a umístění
Studijní kontakt
- Jméno: Svetlana GOROKHOVA Dr
- Telefonní číslo: +33491381927
- E-mail: promotion.interne@ap-hm.fr
Studijní místa
-
-
-
Marseille, Francie, 13005
- Nábor
- Hôpital Timone
-
Kontakt:
- Svetlana GOROKHOVA Dr
- Telefonní číslo: +33491381927
- E-mail: promotion.interne@ap-hm.fr
-
-
Kritéria účasti
Kritéria způsobilosti
Věk způsobilý ke studiu
- Dítě
- Dospělý
- Starší dospělý
Přijímá zdravé dobrovolníky
Popis
Kritéria pro zařazení:
- Pacienti se vzácnými onemocněními genetických svalů, kteří měli prospěch z vysoce výkonné sekvenční analýzy (panel 200 genů definovaných síti neuromuskulárních chorob FILNEMUS), provedli od roku 2017 v molekulární genetické laboratoři, lékařské genetické nemocnici, nemocnice Timone Enfant Hospital.
Toto kritérium je nezbytné k omezení analýzy na pacienty se svalovými chorobami u všech pacientů analyzovaných molekulární laboratoří.
- Tato genetická analýza neidentifikovala patogenní varianty vysvětlující fenotyp pacienta toto kritérium je nezbytné pro zahrnutí pouze pacientů do diagnostické chyby.
- Svalová biopsie pacienta je k dispozici v Centru biologických zdrojů (CRB) v AP-HM.
Kritéria pro vyloučení:
- Pacienti bez svalové biopsie v CRB.
- Pacienti se zavedenou molekulární diagnózou.
- Pacienti, u kterých extrakce RNA ze vzorku svalové biopsie nepřinesla RNA dostatečné kvality (INR> 7) ze studie. Budou provedeny maximálně dva pokusy o extrakci.
Studijní plán
Jak je studie koncipována?
Detaily designu
- Primární účel: Diagnostický
- Přidělení: N/A
- Intervenční model: Přiřazení jedné skupiny
- Maskování: Žádné (otevřený štítek)
Zbraně a zásahy
Skupina účastníků / Arm |
Intervence / Léčba |
|---|---|
|
Experimentální: Sekvenování knihoven RNAseq
Účastníci nebudou k dispozici žádné návštěvy, takže již v centru biologických zdrojů (CRB) používáme vzorky. RNA bude extrahována ze svalových biopsií odebraných v rámci léčby. Knihovny RNASEQ budou sekvenovány platformou Genomics and Bioinformatics (GBIM) v Marseille Medical Genetics (MMG, U1251, AMU). Sekvenování bude provedeno v párově konci (2*100 bp) na systému Illumina Novaseq 6000 (50 milionů klastrů na vzorek, 100 m párově end čtení) a poté analyzováno bioinformatikou. |
Účastníci nebudou k dispozici žádné návštěvy, takže již v centru biologických zdrojů (CRB) používáme vzorky. RNA bude extrahována ze svalových biopsií odebraných v rámci léčby. Knihovny RNASEQ budou sekvenovány platformou Genomics and Bioinformatics (GBIM) v Marseille Medical Genetics (MMG, U1251, AMU). Sekvenování bude provedeno v párově konci (2*100 bp) na systému Illumina Novaseq 6000 (50 milionů klastrů na vzorek, 100 m párově end čtení) a poté analyzováno bioinformatikou. |
Co je měření studie?
Primární výstupní opatření
Měření výsledku |
Popis opatření |
Časové okno |
|---|---|---|
|
míra pozitivních diagnóz pomocí přístupu RNAseq
Časové okno: Od zápisu do konce studie po 24 měsících
|
K určení míry pozitivních diagnóz provedených pomocí přístupu RNASEQ u pacientů se svalovými onemocněními, kteří dosud nebyli diagnostikováni.
Pacient je považován za diagnostické limbo, pokud DNA sekvenování 200 genů odpovědných za svalová onemocnění neidentifikovala patogenní varianty odpovědné za fenotyp pacienta.
Vyšetřovatelé budou používat transkriptomickou analýzu (sekvenování RNA) v kombinaci s inovativními bioinformatickými nástroji k identifikaci variant s škodlivým účinkem na hladině RNA u pacientů s nediagnostikovanými svalovými chorobami.
To umožní vytvořit molekulární diagnózu a ukončit nesprávnou diagnózu u mnoha pacientů.
|
Od zápisu do konce studie po 24 měsících
|
Sekundární výstupní opatření
Měření výsledku |
Popis opatření |
Časové okno |
|---|---|---|
|
Identifikace genomických charakteristik
Časové okno: Od zápisu do konce studia po 24 měsících
|
Identifikujte genomické charakteristiky patogenních variant identifikovaných přístupem RNASEQ.
Tato analýza by mohla potenciálně odhalit určité vlastnosti, které jsou specifické pro tento typ varianty, což umožňuje v budoucnu navrhnout jejich přítomnost u jiných nediagnostikovaných pacientů.
|
Od zápisu do konce studia po 24 měsících
|
Spolupracovníci a vyšetřovatelé
Termíny studijních záznamů
Hlavní termíny studia
Začátek studia (Odhadovaný)
Primární dokončení (Odhadovaný)
Dokončení studie (Odhadovaný)
Termíny zápisu do studia
První předloženo
První předloženo, které splnilo kritéria kontroly kvality
První zveřejněno (Aktuální)
Aktualizace studijních záznamů
Poslední zveřejněná aktualizace (Aktuální)
Odeslaná poslední aktualizace, která splnila kritéria kontroly kvality
Naposledy ověřeno
Více informací
Termíny související s touto studií
Další relevantní podmínky MeSH
- Nemoci pohybového aparátu
- Onemocnění mozku
- Onemocnění centrálního nervového systému
- Nemoci nervového systému
- Neuromuskulární onemocnění
- Metabolismus, vrozené chyby
- Genetické choroby, vrozené
- Metabolické choroby
- Genetická onemocnění, vázaná na X
- Svalové poruchy, atrofické
- Metabolismus sacharidů, vrozené chyby
- Lysozomální střádavá onemocnění
- Nemoci mozku, metabolické, vrozené
- Nemoci mozku, Metabolické
- Lysozomální střádavá onemocnění, nervový systém
- Onemocnění z ukládání glykogenu
- Svalové dystrofie
- Svalová onemocnění
- Svalová dystrofie, Duchenne
- Onemocnění z hromadění glykogenu typu II
Další identifikační čísla studie
- RCAPHM22_0420
- 2024-A01079-38 (Jiný identifikátor: RCB)
Informace o lécích a zařízeních, studijní dokumenty
Studuje lékový produkt regulovaný americkým FDA
Studuje produkt zařízení regulovaný americkým úřadem FDA
Tyto informace byly beze změn načteny přímo z webu clinicaltrials.gov. Máte-li jakékoli požadavky na změnu, odstranění nebo aktualizaci podrobností studie, kontaktujte prosím register@clinicaltrials.gov. Jakmile bude změna implementována na clinicaltrials.gov, bude automaticky aktualizována i na našem webu .