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Analyse transcriptomique pour mettre fin à un diagnostic erroné chez les patients atteints de maladies musculaires rares (ARNseq-Musc)

17 février 2025 mis à jour par: Assistance Publique Hopitaux De Marseille

Depuis 2017, plus de 250 analyses effectuées au laboratoire de génétique moléculaire de l'hôpital Timone Enfant ont donné des résultats négatifs chez des patients atteints de maladies musculaires génétiques rares. Les chercheurs ont émis l'hypothèse que certains de ces patients mal diagnostiqués portent des variantes perturbantes de l'ARN pathogène (transcription) qui n'ont pas été identifiées par séquençage d'ADN. En fait, les analyses de séquençage de l'ADN peuvent être négatives malgré la présence d'une variante pathogène qui perturbe l'épissage ou l'expression de l'ARN, provoquant une maladie génétique. Pour cette raison, le séquençage de l'ARN peut fournir un diagnostic chez les patients qui n'ont pas été diagnostiqués par le séquençage de l'ADN, mettant ainsi fin à l'errance diagnostique. Ainsi, en tant qu'étude de prévalence descriptive, les objectifs visent d'abord à déterminer le taux de diagnostics positifs posés par l'approche RNASEQ chez les patients atteints de maladies musculaires qui n'ont pas encore été diagnostiquées, puis à identifier les caractéristiques génomiques des variantes pathogènes identifiées chez les patients par analyse RNASEQ, afin de faciliter l'identification de ce type de variante chez les futurs patients.

50 patients seront inclus dans cette étude pendant 2 ans.

Aperçu de l'étude

Statut

Recrutement

Les conditions

Intervention / Traitement

Type d'étude

Interventionnel

Inscription (Estimé)

50

Phase

  • N'est pas applicable

Contacts et emplacements

Cette section fournit les coordonnées de ceux qui mènent l'étude et des informations sur le lieu où cette étude est menée.

Coordonnées de l'étude

Lieux d'étude

  • France
      • Marseille, France, 13005
        • Recrutement
        • Hôpital Timone
        • Contact:

Critères de participation

Les chercheurs recherchent des personnes qui correspondent à une certaine description, appelée critères d'éligibilité. Certains exemples de ces critères sont l'état de santé général d'une personne ou des traitements antérieurs.

Critère d'éligibilité

Âges éligibles pour étudier

  • Enfant
  • Adulte
  • Adulte plus âgé

Accepte les volontaires sains

Non

La description

Critères d'inclusion:

  • Les patients atteints de maladies musculaires génétiques rares qui ont bénéficié d'une analyse de séquençage à haut débit (panel de 200 gènes définie par le Filnemus Rare Neuromusculaire Disease Network) réalisée au Laboratoire de génétique médicale moléculaire, Département de génétique médicale, Timone Enfant Hospital depuis 2017.

Ce critère est nécessaire pour limiter l'analyse aux patients atteints de maladies musculaires chez tous les patients analysés par le laboratoire de génétique moléculaire.

  • Cette analyse génétique n'a pas identifié de variantes pathogènes expliquant le phénotype du patient Ce critère est nécessaire afin d'inclure uniquement les patients en erreur de diagnostic.
  • Une biopsie musculaire du patient est disponible dans le centre de ressources biologiques (CRB) à l'AP-HM.

Critères d'exclusion:

  • Patients sans biopsie musculaire disponible dans le CRB.
  • Patients avec un diagnostic moléculaire établi.
  • Les patients pour lesquels l'extraction d'ARN d'un échantillon de biopsie musculaire n'ont pas produit l'ARN de qualité suffisante (INR> 7) seront exclus de l'étude. Un maximum de deux tentatives d'extraction seront effectuées.

Plan d'étude

Cette section fournit des détails sur le plan d'étude, y compris la façon dont l'étude est conçue et ce que l'étude mesure.

Comment l'étude est-elle conçue ?

Détails de conception

  • Objectif principal: Diagnostique
  • Répartition: N / A
  • Modèle interventionnel: Affectation à un seul groupe
  • Masquage: Aucun (étiquette ouverte)

Armes et Interventions

Groupe de participants / Bras
Intervention / Traitement
Expérimental: Séquençage des bibliothèques RNASEQ

Il n'y aura pas de visites des participants, nous utiliserons donc des échantillons déjà dans le Biological Resources Center (CRB).

L'ARN sera extrait des biopsies musculaires prises dans le cadre du traitement. Les bibliothèques RNASEQ seront séquencées par la plate-forme génomique et bioinformatique (GBIM) à Marseille Medical Genetics (MMG, U1251, AMU). Le séquençage sera effectué dans une extrémité appariée (2 * 100 pb) sur le système Novaseq 6000 d'Illumina (50 millions de clusters par échantillon, 100 m de lectures à extrémité appariée), puis analysées par bioinformatique.
Autre: Extraction ARN à partir de biopsies musculaires

Il n'y aura pas de visites des participants, nous utiliserons donc des échantillons déjà dans le Biological Resources Center (CRB).

L'ARN sera extrait des biopsies musculaires prises dans le cadre du traitement. Les bibliothèques RNASEQ seront séquencées par la plate-forme génomique et bioinformatique (GBIM) à Marseille Medical Genetics (MMG, U1251, AMU). Le séquençage sera effectué dans une extrémité appariée (2 * 100 pb) sur le système Novaseq 6000 d'Illumina (50 millions de clusters par échantillon, 100 m de lectures à extrémité appariée), puis analysées par bioinformatique.

Que mesure l'étude ?

Principaux critères de jugement

Mesure des résultats
Description de la mesure
Délai
Taux de diagnostics positifs en utilisant l'approche RNASEQ
Délai: De l'inscription à la fin de l'étude à 24 mois
Pour déterminer le taux de diagnostics positifs posés à l'aide de l'approche RNASEQ chez les patients atteints de maladies musculaires qui n'ont pas encore été diagnostiquées. Un patient est considéré comme dans les limbes de diagnostic si le séquençage de l'ADN de 200 gènes responsables des maladies musculaires n'a pas identifié de variantes pathogènes responsables du phénotype du patient. Les chercheurs vont utiliser une analyse transcriptomique (séquençage de l'ARN) en combinaison avec des outils bioinformatiques innovants pour identifier les variantes ayant un effet délétère au niveau de l'ARN chez les patients atteints de maladies musculaires non diagnostiquées. Cela permettra d'établir un diagnostic moléculaire et de mettre fin à un diagnostic erroné chez de nombreux patients.
De l'inscription à la fin de l'étude à 24 mois

Mesures de résultats secondaires

Mesure des résultats
Description de la mesure
Délai
Identification des caractéristiques génomiques
Délai: De l'inscription à la fin de l'étude à 24 mois
Identifiez les caractéristiques génomiques des variantes pathogènes identifiées par l'approche RNASEQ. Cette analyse pourrait potentiellement découvrir certaines caractéristiques spécifiques à ce type de variante, ce qui permet de suggérer leur présence chez d'autres patients non diagnostiqués à l'avenir.
De l'inscription à la fin de l'étude à 24 mois

Collaborateurs et enquêteurs

C'est ici que vous trouverez les personnes et les organisations impliquées dans cette étude.

Parrainer

Assistance Publique Hopitaux De Marseille

Dates d'enregistrement des études

Ces dates suivent la progression des dossiers d'étude et des soumissions de résultats sommaires à ClinicalTrials.gov. Les dossiers d'étude et les résultats rapportés sont examinés par la Bibliothèque nationale de médecine (NLM) pour s'assurer qu'ils répondent à des normes de contrôle de qualité spécifiques avant d'être publiés sur le site Web public.

Dates principales de l'étude

Début de l'étude (Estimé)

1 mars 2025

Achèvement primaire (Estimé)

1 septembre 2026

Achèvement de l'étude (Estimé)

1 mars 2027

Dates d'inscription aux études

Première soumission

13 février 2025

Première soumission répondant aux critères de contrôle qualité

17 février 2025

Première publication (Réel)

25 mars 2025

Mises à jour des dossiers d'étude

Dernière mise à jour publiée (Réel)

25 mars 2025

Dernière mise à jour soumise répondant aux critères de contrôle qualité

17 février 2025

Dernière vérification

1 février 2025

Plus d'information

Termes liés à cette étude

Termes MeSH pertinents supplémentaires

Autres numéros d'identification d'étude

  • RCAPHM22_0420
  • 2024-A01079-38 (Autre identifiant: RCB)

Informations sur les médicaments et les dispositifs, documents d'étude

Étudie un produit pharmaceutique réglementé par la FDA américaine

Non

Étudie un produit d'appareil réglementé par la FDA américaine

Non

Ces informations ont été extraites directement du site Web clinicaltrials.gov sans aucune modification. Si vous avez des demandes de modification, de suppression ou de mise à jour des détails de votre étude, veuillez contacter register@clinicaltrials.gov. Dès qu'un changement est mis en œuvre sur clinicaltrials.gov, il sera également mis à jour automatiquement sur notre site Web .

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