Transkriptomisk analyse for å få slutt på feildiagnose hos pasienter med sjeldne muskelsykdommer (ARNseq-Musc)
Siden 2017 har mer enn 250 analyser utført på Molecular Genetics Laboratory på Timone Enfant Hospital gitt negative resultater hos pasienter med sjeldne genetiske muskelsykdommer. Forskerne antyder at noen av disse feildiagnostiserte pasientene bærer patogent RNA (transkripsjon) som forstyrrer varianter som ikke ble identifisert ved DNA -sekvensering. Faktisk kan DNA -sekvenseringsanalyser være negative til tross for tilstedeværelsen av en patogen variant som forstyrrer RNA -spleising eller uttrykk, noe som forårsaker en genetisk sykdom. Av denne grunn kan RNA -sekvensering gi en diagnose hos pasienter som ikke har blitt diagnostisert ved DNA -sekvensering, og dermed få slutt på diagnostisk vandring. Som en beskrivende prevalensstudie er målene først å bestemme frekvensen av positive diagnoser stilt av RNASEQ -tilnærmingen hos pasienter med muskelsykdommer som ennå ikke er diagnostisert, og deretter for å identifisere de genomiske egenskapene til de patogene variantene identifisert hos pasienter ved RNASEQ -analyse, for å lette identifiseringen av denne typen variant hos fremtidige pasienter.
50 pasienter vil bli inkludert i denne studien i løpet av 2 år.
Studieoversikt
Status
Forhold
Intervensjon / Behandling
Studietype
Registrering (Antatt)
Fase
- Ikke aktuelt
Kontakter og plasseringer
Studiekontakt
- Navn: Svetlana GOROKHOVA Dr
- Telefonnummer: +33491381927
- E-post: promotion.interne@ap-hm.fr
Studiesteder
-
-
-
Marseille, Frankrike, 13005
- Rekruttering
- Hôpital Timone
-
Ta kontakt med:
- Svetlana GOROKHOVA Dr
- Telefonnummer: +33491381927
- E-post: promotion.interne@ap-hm.fr
-
-
Deltakelseskriterier
Kvalifikasjonskriterier
Alder som er kvalifisert for studier
- Barn
- Voksen
- Eldre voksen
Tar imot friske frivillige
Beskrivelse
Inkluderingskriterier:
- Pasienter med sjeldne genetiske muskelsykdommer som har hatt fordel av sekvenseringsanalyse med høy gjennomstrømning (panel på 200 gener definert av Filnemus Rare Neuromuskular Disease Network) utført på Molecular Genetics Laboratory, Medical Genetics Department, Timone Enfant Hospital siden 2017.
Dette kriteriet er nødvendig for å begrense analysen til pasienter med muskelsykdommer blant alle pasientene som er analysert av molekylærgenetikklaboratoriet.
- Denne genetiske analysen identifiserte ikke patogene varianter som forklarer pasientens fenotype Dette kriteriet er nødvendig for bare å inkludere pasienter i diagnostisk feil.
- En muskelbiopsi av pasienten er tilgjengelig i Biological Resources Center (CRB) ved AP-HM.
Eksklusjonskriterier:
- Pasienter uten muskelbiopsi tilgjengelig i CRB.
- Pasienter med en etablert molekylær diagnose.
- Pasienter som RNA -ekstraksjon fra en muskelbiopsiprøve ikke ga RNA med tilstrekkelig kvalitet (INR> 7) vil bli ekskludert fra studien. Maksimalt to utvinningsforsøk vil bli utført.
Studieplan
Hvordan er studiet utformet?
Designdetaljer
- Primært formål: Diagnostisk
- Tildeling: N/A
- Intervensjonsmodell: Enkeltgruppeoppdrag
- Masking: Ingen (Open Label)
Våpen og intervensjoner
Deltakergruppe / Arm |
Intervensjon / Behandling |
|---|---|
|
Eksperimentell: Sekvensering av RNASEQ -biblioteker
Det vil ikke være noen besøk fra deltakere, så vi bruker prøver allerede i Biological Resources Center (CRB). RNA vil bli trukket ut fra muskelbiopsier tatt som en del av behandlingen. RNASEQ -biblioteker vil bli sekvensert av Genomics and Bioinformatics Platform (GBIM) ved Marseille Medical Genetics (MMG, U1251, AMU). Sekvensering vil bli utført i sammenkoblet ende (2*100 bp) på Illuminas Novaseq 6000-system (50 millioner klynger per prøve, 100 m sammenkoblede avlesninger) og deretter analysert med bioinformatikk. |
Det vil ikke være noen besøk fra deltakere, så vi bruker prøver allerede i Biological Resources Center (CRB). RNA vil bli trukket ut fra muskelbiopsier tatt som en del av behandlingen. RNASEQ -biblioteker vil bli sekvensert av Genomics and Bioinformatics Platform (GBIM) ved Marseille Medical Genetics (MMG, U1251, AMU). Sekvensering vil bli utført i sammenkoblet ende (2*100 bp) på Illuminas Novaseq 6000-system (50 millioner klynger per prøve, 100 m sammenlede avlesninger) og deretter analysert med bioinformatikk. |
Hva måler studien?
Primære resultatmål
Resultatmål |
Tiltaksbeskrivelse |
Tidsramme |
|---|---|---|
|
Rate av positive diagnoser ved bruk av RNASEQ -tilnærmingen
Tidsramme: Fra påmelding til slutten av studien etter 24 måneder
|
For å bestemme frekvensen av positive diagnoser tatt ved bruk av RNASEQ -tilnærmingen hos pasienter med muskelsykdommer som ennå ikke er diagnostisert.
En pasient anses å være i diagnostisk limbo hvis DNA -sekvensering av 200 gener som er ansvarlige for muskelsykdommer ikke har identifisert patogene varianter som er ansvarlige for pasientens fenotype.
Etterforskere kommer til å bruke transkriptomisk analyse (RNA -sekvensering) i kombinasjon med innovative bioinformatikkverktøy for å identifisere varianter med en skadelig effekt på RNA -nivå hos pasienter med udiagnostiserte muskelsykdommer.
Dette vil gjøre det mulig å etablere en molekylær diagnose og få slutt på feildiagnose hos mange pasienter.
|
Fra påmelding til slutten av studien etter 24 måneder
|
Sekundære resultatmål
Resultatmål |
Tiltaksbeskrivelse |
Tidsramme |
|---|---|---|
|
Identifisering av genomiske egenskaper
Tidsramme: Fra påmelding til slutten av studien etter 24 måneder
|
Identifiser de genomiske egenskapene til patogene varianter identifisert ved RNASEQ -tilnærmingen.
Denne analysen kan potensielt avdekke visse egenskaper som er spesifikke for denne typen varianter, noe som gjør det mulig å antyde deres tilstedeværelse hos andre udiagnostiserte pasienter i fremtiden.
|
Fra påmelding til slutten av studien etter 24 måneder
|
Samarbeidspartnere og etterforskere
Studierekorddatoer
Studer hoveddatoer
Studiestart (Antatt)
Primær fullføring (Antatt)
Studiet fullført (Antatt)
Datoer for studieregistrering
Først innsendt
Først innsendt som oppfylte QC-kriteriene
Først lagt ut (Faktiske)
Oppdateringer av studieposter
Sist oppdatering lagt ut (Faktiske)
Siste oppdatering sendt inn som oppfylte QC-kriteriene
Sist bekreftet
Mer informasjon
Begreper knyttet til denne studien
Ytterligere relevante MeSH-vilkår
- Muskel- og skjelettsykdommer
- Hjernesykdommer
- Sykdommer i sentralnervesystemet
- Sykdommer i nervesystemet
- Nevromuskulære sykdommer
- Metabolisme, medfødte feil
- Genetiske sykdommer, medfødte
- Metabolske sykdommer
- Genetiske sykdommer, X-linked
- Muskellidelser, atrofisk
- Karbohydratmetabolisme, medfødte feil
- Lysosomale lagringssykdommer
- Hjernesykdommer, metabolske, medfødte
- Hjernesykdommer, metabolske
- Lysosomale lagringssykdommer, nervesystemet
- Glykogenlagringssykdom
- Muskeldystrofier
- Muskelsykdommer
- Muskeldystrofi, Duchenne
- Glykogenlagringssykdom Type II
Andre studie-ID-numre
- RCAPHM22_0420
- 2024-A01079-38 (Annen identifikator: RCB)
Legemiddel- og utstyrsinformasjon, studiedokumenter
Studerer et amerikansk FDA-regulert medikamentprodukt
Studerer et amerikansk FDA-regulert enhetsprodukt
Denne informasjonen ble hentet direkte fra nettstedet clinicaltrials.gov uten noen endringer. Hvis du har noen forespørsler om å endre, fjerne eller oppdatere studiedetaljene dine, vennligst kontakt register@clinicaltrials.gov. Så snart en endring er implementert på clinicaltrials.gov, vil denne også bli oppdatert automatisk på nettstedet vårt. .