Análisis transcriptómico para poner fin al diagnóstico erróneo en pacientes con enfermedades musculares raras (ARNseq-Musc)
Desde 2017, más de 250 análisis realizados en el Laboratorio de Genética Molecular del Hospital Timone Enfant han arrojado resultados negativos en pacientes con enfermedades musculares genéticas raras. Los investigadores plantean la hipótesis de que algunos de estos pacientes diagnosticados mal llevan variantes que interrumpen el ARN patógeno (transcripción) que no se identificaron mediante secuenciación de ADN. De hecho, los análisis de secuenciación de ADN pueden ser negativos a pesar de la presencia de una variante patógena que interrumpe el empalme o la expresión de ARN, causando una enfermedad genética. Por esta razón, la secuenciación de ARN puede proporcionar un diagnóstico en pacientes que no han sido diagnosticados mediante secuenciación de ADN, lo que pone fin a la deambulación diagnóstica. Por lo tanto, como un estudio de prevalencia descriptiva, los objetivos son los primeros en determinar la tasa de diagnósticos positivos realizados por el enfoque RNASEQ en pacientes con enfermedades musculares que aún no se han diagnosticado, y luego identificar las características genómicas de las variantes patógenas identificadas en pacientes por análisis RNASEQ, para facilitar la identificación de este tipo de variante en futuros pacientes.
Se incluirán 50 pacientes en este estudio durante 2 años.
Descripción general del estudio
Estado
Condiciones
Intervención / Tratamiento
Tipo de estudio
Inscripción (Estimado)
Fase
- No aplica
Contactos y Ubicaciones
Estudio Contacto
- Nombre: Svetlana GOROKHOVA Dr
- Número de teléfono: +33491381927
- Correo electrónico: promotion.interne@ap-hm.fr
Ubicaciones de estudio
-
-
-
Marseille, Francia, 13005
- Reclutamiento
- Hôpital Timone
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Contacto:
- Svetlana GOROKHOVA Dr
- Número de teléfono: +33491381927
- Correo electrónico: promotion.interne@ap-hm.fr
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Criterios de participación
Criterio de elegibilidad
Edades elegibles para estudiar
- Niño
- Adulto
- Adulto Mayor
Acepta Voluntarios Saludables
Descripción
Criterios de inclusión:
- Los pacientes con enfermedades musculares genéticas raras que se han beneficiado del análisis de secuenciación de alto rendimiento (panel de 200 genes definidos por la red de enfermedades neuromusculares raromusculares de Filnemus) se llevaron a cabo en el Laboratorio de Genética Molecular, Departamento de Genética Médica, Timone Enfant Hospital desde 2017.
Este criterio es necesario para limitar el análisis a pacientes con enfermedades musculares entre todos los pacientes analizados por el Laboratorio de Genética Molecular.
- Este análisis genético no identificó variantes patógenas que explican el fenotipo del paciente, este criterio es necesario para incluir solo pacientes en error de diagnóstico.
- Una biopsia muscular del paciente está disponible en el Centro de Recursos Biológicos (CRB) en el AP-HM.
Criterios de exclusión:
- Pacientes sin biopsia muscular disponible en el CRB.
- Pacientes con un diagnóstico molecular establecido.
- Los pacientes para quienes la extracción de ARN de una muestra de biopsia muscular no produjo ARN de calidad suficiente (INR> 7) serán excluidos del estudio. Se realizarán un máximo de dos intentos de extracción.
Plan de estudios
¿Cómo está diseñado el estudio?
Detalles de diseño
- Propósito principal: Diagnóstico
- Asignación: N / A
- Modelo Intervencionista: Asignación de un solo grupo
- Enmascaramiento: Ninguno (etiqueta abierta)
Armas e Intervenciones
Grupo de participantes/brazo |
Intervención / Tratamiento |
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Experimental: Secuenciación de las bibliotecas RNASEQ
No habrá visitas de los participantes, por lo que utilizaremos muestras que ya estaremos en el Centro de Recursos Biológicos (CRB). El ARN se extraerá de las biopsias musculares tomadas como parte del tratamiento. Las bibliotecas RNASEQ estarán secuenciadas por la Plataforma Genómica y Bioinformática (GBIM) en Marsella Medical Genetics (MMG, U1251, AMU). La secuenciación se realizará en el sistema de extremo pareado (2*100 pb) en el sistema NovaseQ 6000 de Illumina (50 millones de grupos por muestra, lecturas de extremo emparejado de 100 m) y luego analizado por bioinformática. |
No habrá visitas de los participantes, por lo que utilizaremos muestras que ya estaremos en el Centro de Recursos Biológicos (CRB). El ARN se extraerá de las biopsias musculares tomadas como parte del tratamiento. Las bibliotecas RNASEQ estarán secuenciadas por la Plataforma Genómica y Bioinformática (GBIM) en Marsella Medical Genetics (MMG, U1251, AMU). La secuenciación se realizará en el sistema de extremo pareado (2*100 pb) en el sistema NovaseQ 6000 de Illumina (50 millones de grupos por muestra, lecturas de extremo emparejado de 100 m) y luego analizado por bioinformática. |
¿Qué mide el estudio?
Medidas de resultado primarias
Medida de resultado |
Medida Descripción |
Periodo de tiempo |
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tasa de diagnósticos positivos utilizando el enfoque RNASEQ
Periodo de tiempo: Desde la inscripción hasta el final del estudio a los 24 meses
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Para determinar la tasa de diagnósticos positivos realizados con el enfoque RNaseQ en pacientes con enfermedades musculares que aún no han sido diagnosticadas.
Se considera que un paciente está en el limbo de diagnóstico si la secuenciación de ADN de 200 genes responsables de las enfermedades musculares no ha identificado variantes patógenas responsables del fenotipo del paciente.
Los investigadores van a utilizar el análisis transcriptómico (secuenciación de ARN) en combinación con herramientas bioinformáticas innovadoras para identificar variantes con un efecto perjudicial a nivel de ARN en pacientes con enfermedades musculares no diagnosticadas.
Esto permitirá establecer un diagnóstico molecular y poner fin al diagnóstico erróneo en muchos pacientes.
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Desde la inscripción hasta el final del estudio a los 24 meses
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Medidas de resultado secundarias
Medida de resultado |
Medida Descripción |
Periodo de tiempo |
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Identificación de características genómicas
Periodo de tiempo: Desde la inscripción hasta el final del estudio a los 24 meses
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Identifique las características genómicas de las variantes patógenas identificadas por el enfoque RNASEQ.
Este análisis podría descubrir ciertas características específicas de este tipo de variante, lo que hace posible sugerir su presencia en otros pacientes no diagnosticados en el futuro.
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Desde la inscripción hasta el final del estudio a los 24 meses
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Colaboradores e Investigadores
Patrocinador
Fechas de registro del estudio
Fechas importantes del estudio
Inicio del estudio (Estimado)
Finalización primaria (Estimado)
Finalización del estudio (Estimado)
Fechas de registro del estudio
Enviado por primera vez
Primero enviado que cumplió con los criterios de control de calidad
Publicado por primera vez (Actual)
Actualizaciones de registros de estudio
Última actualización publicada (Actual)
Última actualización enviada que cumplió con los criterios de control de calidad
Última verificación
Más información
Términos relacionados con este estudio
Términos MeSH relevantes adicionales
- Enfermedades musculoesqueléticas
- Enfermedades Cerebrales
- Enfermedades del Sistema Nervioso Central
- Enfermedades del Sistema Nervioso
- Enfermedades Neuromusculares
- Metabolismo, errores congénitos
- Enfermedades Genéticas Congénitas
- Enfermedades metabólicas
- Enfermedades Genéticas, Ligadas al X
- Trastornos Musculares Atróficos
- Metabolismo de carbohidratos, errores congénitos
- Enfermedades de almacenamiento lisosomal
- Enfermedades Cerebrales Metabólicas Congénitas
- Enfermedades Cerebrales Metabólicas
- Enfermedades de almacenamiento lisosomal, sistema nervioso
- Enfermedad por almacenamiento de glucógeno
- Distrofias Musculares
- Enfermedades Musculares
- Distrofia Muscular, Duchenne
- Enfermedad por almacenamiento de glucógeno tipo II
Otros números de identificación del estudio
- RCAPHM22_0420
- 2024-A01079-38 (Otro identificador: RCB)
Información sobre medicamentos y dispositivos, documentos del estudio
Estudia un producto farmacéutico regulado por la FDA de EE. UU.
Estudia un producto de dispositivo regulado por la FDA de EE. UU.
Esta información se obtuvo directamente del sitio web clinicaltrials.gov sin cambios. Si tiene alguna solicitud para cambiar, eliminar o actualizar los detalles de su estudio, comuníquese con register@clinicaltrials.gov. Tan pronto como se implemente un cambio en clinicaltrials.gov, también se actualizará automáticamente en nuestro sitio web. .