Rakovina kolorektálního kolorektálu: Observační retrospektivní a prospektivní multicentrická studie (HEBE)

Klinickopatologické rysy a údaje o přežití budou pseudoanonymizovány a shromažďovány prostřednictvím vyhrazené databáze RedCap v každém zúčastněném centru.

Hodnocení kolibaktinu - Vzorky FFPE budou stratifikovány mezi kolibaktinem pozitivními a negativními vzorky pomocí koncového bodu PCR. Budeme používat primery lemující více oblastí genomického ostrova kolibaktinu (zejména CLBO na 5'-endu, CLBI uprostřed a CLBB na 3'-endu), protože k vytvoření funkčního toxinu 13 je nutná plně neporušená sekvence. Amplikony budou mít asi 100 bp na délku (maximum 150 bp) na základě velikosti fragmentu DNA odvozené z plazmy a PCR budou provedeny podle přistávacího protokolu. Ve druhém přístupu bude provedena kvantitativní polymerázová řetězová reakce (qPCR), aby se poskytla kvantitativní korelaci mezi kolibaktinem a klinicky relevantními výsledky pacienta. Amplifikujeme amplikony ve stejných oblastech použitých pro výše uvedené PCR koncového bodu a použijeme primery lemující sekvenci bakteriálních 16S k odhadu obsahu bakteriální DNA v plazmě.

Proteogenomické hodnocení-Počáteční podskupina 50 VEO-CRC a 50 SO-CRC bude podstoupit plné proteomické hodnocení hmotnostní spektrometrií a sekvenováním celého genomu (WGS). Potenciální nálezy o této počáteční podskupině pacientů budou poté validovány imunohistochemií, polymerázovou řetězovou reakcí (PCR), sekvenováním příští generace (NGS) nebo ibridizací in-situ (ISH). Tyto translační analýzy budou prováděny na Grande Ospedale Metropolitano Niguarda, University of Turín, Istituto Nazionale di Genetica Medica (INGM) v Miláně afom-ets, které budou předklinickými partnery tohoto projektu.

Díky spolupráci s Azienda Territoriale Sanitaria (ATS) metropolitní oblasti v Miláně budeme mít přístup k epidemiologickým údajům o skutečném výskytu VEO CRC v průběhu času.

Kapalná biopsie ověření proteogenomických nálezů z pevné tkáně - pokud je k dispozici, 4 ml plazmy retrospektivně shromážděné kapalinovou biopsií a uložených v zúčastněných centrech budou dotazovány, aby posoudily, zda lze v krvi identifikovat genomické nebo proteomické změny.

Primární cíl:

1. Pro analýzu klinickopatologických rysů kohorty sporadické VEO-CRC (n = 300) ve srovnání se stejnou skupinou pacientů s standardním nástupem (SO-CRC) diagnostikované v 60 letech nebo později;
2. Pro analýzu celkového přežití a reakce na standardní léčbu péče o kohortu sporadické VEO-CRC (n = 300), ve srovnání se stejnou skupinou pacientů s standardním nástupem (SO-CRC) diagnostikované po 60 letech nebo později;

Sekundární cíl:

1. Posoudit prevalenci kolibaktinu v kohortě sporadické VEO-CRC (n = 300), ve srovnání se stejnou skupinou pacientů s standardním nástupem (SO-CRC) diagnostikované po 60 letech nebo novějším;
2. Pro provedení proteogenomové charakterizace kohorty sporadické VEO-CRC (n = 300), ve srovnání se stejnou skupinou pacientů s standardním nástupem (SO-CRC) diagnostikovanou v 60 letech nebo později.

Průzkumný cíl:

1. Pro posouzení, zda kolibaktin a potenciální proteogenomické rysy VEO-CRC mohou být také zachyceny na plazmě prostřednictvím kapalné biopsie.