Câncer colorretal de início precoce: um estudo retrospectivo observacional e prospectivo multicêntrico (HEBE)

Características clínico-patológicas e dados de sobrevivência serão pseudo-anonimizados e coletados por meio de um banco de dados RedCap dedicado por cada centro participante.

Avaliação da colibactina - As amostras de FFPE serão estratificadas entre as positivas para colibactina e as negativas usando o PCR endpoint. Usaremos os iniciadores que flanqueiam várias regiões da ilha genômica da colibactina (em particular o clbo na extremidade 5'-end, o clbi no meio e o CLBB no final do 3'), uma vez que uma sequência totalmente intacta é necessária para produzir uma toxina funcional 13. Os amplicons terão cerca de 100 pbp de comprimento (máximo de 150 pb) com base no tamanho do fragmento do DNA derivado de plasma, e os PCRs serão realizados após um protocolo de touchdown. Em uma segunda abordagem, a reação em cadeia da polimerase quantitativa (qPCR) será realizada para fornecer mais correlação quantitativa entre colibactina e resultados clinicamente relevantes do paciente. Amplificaremos os amplicons nas mesmas regiões usadas para os PCRs de extremidade descritos acima, e usaremos os iniciadores que flanqueiam a sequência 16S bacteriana para estimar o teor de DNA bacteriano no plasma.

Avaliação Proteogenômica-Um subconjunto inicial de 50 VEO-CRC e 50 SO-CRC passam por avaliação proteômica completa por espectrometria de massa e sequenciamento de genoma inteiro (WGS). Os achados potenciais nesse subconjunto inicial de pacientes serão então validados por imuno-histoquímica, reação em cadeia da polimerase (PCR), sequenciamento de próxima geração (NGS) ou ibridização in situ (ISH). Essas análises de tradução serão realizadas na Grande Oscedale Metropolitano Niguarda, Universidade de Turim, Istituto Nazionale di Genetica Medica (IngM) em Milão e, que serão os parceiros pré-clínicos deste projeto.

Graças à colaboração com a Azienda Territoriale Sanitaria (ATS) da área metropolitana de Milão, teremos acesso a dados epidemiológicos sobre a incidência real da VEO CRC ao longo do tempo.

A validação de biópsia líquida de achados proteogenômicos do tecido sólido - se disponível, 4 ml de plasma coletados retrospectivamente através da biópsia líquida e armazenados nos centros participantes serão consultados para avaliar se alterações genômicas ou proteômicas podem ser identificadas no sangue.

Objetivo Primário:

1. Analisar as características clínico-patológicas de uma coorte de veo-CRC esporádica (n = 300), em comparação com uma coorte igual de pacientes com início padrão (SO-CRC) diagnosticados em 60 anos ou posterior;
2. Analisar a sobrevida global e a resposta aos tratamentos padrão de atendimento a uma coorte de veo-CRC esporádico (n = 300), em comparação com uma coorte igual de pacientes com início padrão (SO-CRC) diagnosticados em 60 anos ou mais tarde;

Objetivo secundário:

1. Avaliar a prevalência de colibactina em uma coorte de veo-CRC esporádico (n = 300), em comparação com uma coorte igual de pacientes com início padrão (SO-CRC) diagnosticados em 60 anos ou mais tarde;
2. Realizar uma caracterização proteocergenômica de uma coorte de veo-CRC esporádico (n = 300), em comparação com uma coorte igual de pacientes com início padrão (SO-CRC) diagnosticados em 60 anos ou mais tarde.

Objetivo exploratório:

1. Avaliar se a colibactina e as possíveis características proteocomices do veo-CRC também podem ser capturadas no plasma através da biópsia líquida.