Tidlig begyndende kolorektal kræft: En observationsmæssig retrospektiv og potentiel multicenterundersøgelse (HEBE)

Klinikopatologiske træk og overlevelsesdata vil blive pseudo-anonymiseret og indsamlet gennem en dedikeret REDCAP-database af hvert deltagende center.

Colibactin -vurdering - FFPE -prøver vil blive stratificeret mellem colibactin -positive og negative ved anvendelse af Endpoint PCR. Vi vil bruge primere, der flankerer flere regioner på den colibactin genomiske ø (især clbo på 5'-enden, clbi i midten og clbb på 3'-enden), da en fuldt intakt sekvens kræves for at producere et funktionelt toksin 13. Amplikoner vil være omkring 100 bp i længde (150bp maksimum) baseret på fragmentstørrelse af plasma-afledt DNA, og PCR'er udføres efter en touchdown-protokol. I en anden tilgang udføres kvantitativ polymerasekædereaktion (qPCR) for at tilvejebringe mere kvantitativ sammenhæng mellem colibactin og klinisk relevante patientresultater. Vi vil amplificere amplikoner på de samme regioner, der blev anvendt til det ovenfor beskrevne slutpunkt, der er beskrevet ovenfor, og vi vil bruge primere, der flankerer bakteriel 16S -sekvens til at estimere bakterie -DNA -indhold i plasma.

Proteogenomisk vurdering-En indledende undergruppe på 50 VEO-CRC og 50 SO-CRC vil gennemgå fuld proteomisk vurdering ved massespektrometri og helgenomsekventering (WGS). Potentielle fund på denne indledende undergruppe af patienter vil derefter blive valideret ved immunohistokemi, polymerasekædereaktion (PCR), næste generations sekventering (NGS) eller in-situ Ibridization (ISH). Disse translationelle analyser vil blive udført på Grande Ospedale Metropolitano Niguarda, University of Turin, Istituto Nazionale Di Genetica Medica (INGM) i Milano Andifom-ETS, som vil være de prækliniske partnere i dette projekt.

Takket være samarbejdet med Azienda Territoriale Sanitaria (ATS) i Metropolitan Area of ​​Milan vil vi have adgang til epidemiologiske data vedrørende den reelle forekomst af VEO CRC i løbet af tiden.

Flydende biopsi -validering af proteogenomiske fund fra fast væv - hvis det er tilgængeligt, vil 4 ml plasma -retrospektivt indsamlet gennem flydende biopsi og opbevares i deltagende centre blive spurgt for at vurdere, om genomiske eller proteomiske ændringer kan identificeres i blod.

Primært mål:

1. At analysere klinikopatologiske træk ved en kohort af sporadisk VEO-CRC (n = 300) sammenlignet med en lige kohort af standardindsats (SO-CRC) patienter, der blev diagnosticeret til 60 år eller senere;
2. At analysere samlet overlevelse og respons på behandlingsbehandlinger af en kohort af sporadisk VEO-CRC (n = 300) sammenlignet med en lige kohort af standardindsats (SO-CRC) patienter, der blev diagnosticeret til 60 år eller senere;

Sekundært mål:

1. For at vurdere forekomsten af ​​colibactin i en kohort af sporadisk VEO-CRC (n = 300) sammenlignet med en lige kohort af standard-begynd (SO-CRC) patienter, der blev diagnosticeret efter 60 år eller senere;
2. At udføre en proteo-genomisk karakterisering af en kohort af sporadisk VEO-CRC (n = 300) sammenlignet med en lige kohort af standard-begynd (SO-CRC) patienter, der blev diagnosticeret til 60 år eller senere.

Udforskende mål:

1. For at vurdere, om colibactin og potentielle proteo-genomiske træk ved VEO-CRC også kan indfanges på plasma gennem flydende biopsi.