Cancro del colon-retto ad esordio precoce: uno studio multicentrico retrospettivo e prospettico osservativo (HEBE)

Le caratteristiche clinicopatologiche e i dati di sopravvivenza saranno pseudo-anonimi e raccolti attraverso un database RedCap dedicato da ciascun centro partecipante.

Valutazione della colibattina - I campioni FFPE saranno stratificati tra colibattina positivi e negativi usando la PCR endpoint. Useremo i primer che fiancheggiano più regioni dell'isola genomica di colibattina (in particolare, Clbo sulla fine 5'-end, CLBI nel mezzo e CLBB sulla fine 3'), poiché è necessaria una sequenza completamente intatta per produrre una tossina funzionale 13. Gli ampliconi avranno una lunghezza di circa 100 bp di lunghezza (massimo 150 bp) in base alla dimensione del frammento di DNA derivato dal plasma e le PCR saranno eseguite a seguito di un protocollo di touchdown. In un secondo approccio, la reazione quantitativa a catena della polimerasi (QPCR) verrà eseguita per fornire una più correlazione quantitativa tra colibattina e risultati clinicamente rilevanti per i pazienti. Amplificheremo gli ampliconi nelle stesse regioni utilizzate per le PCR endpoint descritte sopra e useremo i primer che fiancheggiano la sequenza batterica 16S per stimare il contenuto batterico del DNA nel plasma.

Valutazione proteogenomica-Un sottoinsieme iniziale di 50 VEO-CRC e 50 SO-CRC sottoposti a una valutazione proteomica completa mediante spettrometria di massa e sequenziamento del genoma intero (WGS). I potenziali risultati su questo sottoinsieme iniziale di pazienti saranno quindi validati mediante immunoistochimica, reazione a catena della polimerasi (PCR), sequenziamento di prossima generazione (NGS) o ibridazione in situ (ISH). Queste analisi traslazionali saranno eseguite presso la Grande Ospedale Metropolitano Niguarda, Università di Torino, Istituto Nazioniale di Genetica Medica (INGM) a Milano ANDIFOM-ETS che saranno i partner preclinici di questo progetto.

Grazie alla collaborazione con Azienda Territoriale Sanitaria (ATS) dell'area metropolitana di Milano, avremo accesso a dati epidemiologici per quanto riguarda la vera incidenza di Veo CRC nel tempo.

Convalida della biopsia liquida di risultati proteogenomici dal tessuto solido - se disponibile, 4 ml di plasma raccolti retrospettivamente attraverso la biopsia liquida e immagazzinati nei centri partecipanti saranno interrogati per valutare se le alterazioni genomiche o proteomiche possono essere identificate nel sangue.

Obiettivo primario:

1. per analizzare le caratteristiche clinicopatologiche di una coorte di VEO-CRC sporadico (n = 300), rispetto a una coorte uguale di pazienti con insorgenza standard (SO-CRC) diagnosticata a 60 anni o successive;
2. per analizzare la sopravvivenza globale e la risposta ai trattamenti standard di cura di una coorte di VEO-CRC sporadico (n = 300), rispetto a una coorte uguale di pazienti con insorgenza standard (SO-CRC) diagnosticata a 60 anni o successive;

Obiettivo secondario:

1. Per valutare la prevalenza della colibattina in una coorte di VEO-CRC sporadico (n = 300), rispetto a una coorte uguale di pazienti con insorgenza standard (SO-CRC) diagnosticata a 60 anni o successive;
2. Per eseguire una caratterizzazione proteo-genomica di una coorte di VEO-CRC sporadico (n = 300), rispetto a una coorte uguale di pazienti con insorgenza standard (SO-CRC) diagnosticati a 60 anni o successivi.

Obiettivo esplorativo:

1. Per valutare se la colibattina e le potenziali caratteristiche proteo-genomiche del VEO-CRC possono anche essere catturate sul plasma attraverso la biopsia liquida.