Colorektal cancer i tidig början: En observations retrospektiv och prospektiv multicenterstudie (HEBE)

Klinikopatologiska funktioner och överlevnadsdata kommer att pseudo-anonymiseras och samlas in via en dedikerad REDCAP-databas av varje deltagande centrum.

Colibactin -bedömning - FFPE -prover kommer att stratifieras mellan colibactin -positiva och negativa med användning av slutpunkt PCR. Vi kommer att använda primrar som flankerar flera regioner på Colibactin Genomic Island (i synnerhet CLBO på 5'-änden, CLBI i mitten och CLBB på 3'-änden), eftersom en helt intakt sekvens krävs för att producera ett funktionellt toxin 13. Amplikoner kommer att vara cirka 100 bp i längd (150 bp maximalt) baserat på fragmentstorleken av plasma-härledt DNA, och PCR: er kommer att utföras efter ett touchdown-protokoll. I ett andra tillvägagångssätt kommer kvantitativ polymeraskedjereaktion (qPCR) att utföras för att ge mer kvantitativ korrelation mellan colibactin och kliniskt relevanta patientresultat. Vi kommer att amplifiera amplikoner på samma regioner som används för de slutliga PCR: erna som beskrivs ovan, och vi kommer att använda primrar som flankerar bakteriell 16S -sekvens för att uppskatta bakteriet DNA -innehåll i plasma.

Proteogenomisk bedömning-En initial delmängd av 50 VEO-CRC och 50 SO-CRC kommer att genomgå full proteomisk bedömning med masspektrometri och hela genomsekvensering (WGS). Potentiella fynd på denna initiala delmängd av patienter kommer sedan att valideras genom immunohistokemi, polymeraskedjereaktion (PCR), nästa generations sekvensering (NGS) eller in-Situ ibridisering (ISH). Dessa translationella analyser kommer att utföras på Grande Ospedale Metropolitano Niguarda, University of Turin, Istituto Nazionale di Genetica Medica (INGM) i Milano Andifom-ETS som kommer att vara de prekliniska partnerna för detta projekt.

Tack vare samarbetet med Azienda Territoriale Sanitaria (ATS) från Metropolitan Area i Milan kommer vi att ha tillgång till epidemiologiska data om den verkliga förekomsten av VEO CRC under tiden.

Vätfull biopsi -validering av proteogenomiska fynd från fast vävnad - om det är tillgängligt kommer 4 ml plasma retrospektivt samlat in genom flytande biopsi och lagras i deltagande centra kommer att frågas för att bedöma om genomiska eller proteomiska förändringar kan identifieras i blod.

Primärt mål:

1. För att analysera klinikopatologiska egenskaper hos en kohort av sporadisk VEO-CRC (n = 300), jämfört med en lika kohort av standardinställda (SO-CRC) patienter som diagnostiserats vid 60 år eller senare;
2. För att analysera överlevnad och svar på standard-för-vårdbehandlingar av en kohort av sporadisk VEO-CRC (n = 300), jämfört med en lika kohort av standard-start (SO-CRC) patienter som diagnostiserats vid 60 år eller senare;

Sekundärt mål:

1. för att bedöma förekomsten av colibactin hos en kohort av sporadisk VEO-CRC (n = 300), jämfört med en lika kohort av standardinledande (SO-CRC) patienter som diagnostiserats vid 60 år eller senare;
2. För att utföra en proteo-genomisk karakterisering av en kohort av sporadisk VEO-CRC (n = 300), jämfört med en lika kohort av standard-start (SO-CRC) -patienter som diagnostiserats vid 60 år eller senare.

Utforskande mål:

1. För att bedöma om colibactin och potentiella proteo-genomiska egenskaper hos VEO-CRC kan också fångas på plasma genom flytande biopsi.