Tidlig-begynnende tykktarmskreft: En observasjonell retrospektiv og prospektiv multisenterstudie (HEBE)

Klinikopatologiske funksjoner og overlevelsesdata vil bli pseudo-anonymisert og samlet gjennom en dedikert REDCAP-database av hvert deltakende senter.

Colibactin Assessment - FFPE -prøver vil bli lagdelt mellom colibactin -positive og negative som bruker endepunkt PCR. Vi vil bruke primere som flankerer flere regioner av colibactin genomiske øy (spesielt CLBO på 5'-ende, CLBI i midten og CLBB på 3'-ende), siden en fullt intakt sekvens er nødvendig for å produsere et funksjonelt toksin 13. Amplikoner vil være rundt 100 bp i lengde (150 bp maksimum) basert på fragmentstørrelse av plasma-avledet DNA, og PCR-er vil bli utført etter en touchdown-protokoll. I en andre tilnærming vil kvantitativ polymerasekjedereaksjon (qPCR) bli utført for å gi mer kvantitativ korrelasjon mellom colibactin og klinisk relevante pasientresultater. Vi vil forsterke amplikoner på de samme regionene som ble brukt for endepunkt -PCR -er beskrevet ovenfor, og vi vil bruke primere som flankerer bakteriell 16S -sekvens for å estimere bakteriell DNA -innhold i plasma.

Proteogenomisk vurdering-En innledende delmengde av 50 VEO-CRC og 50 SO-CRC vil gjennomgå full proteomisk vurdering ved massespektrometri og hele genomsekvensering (WGS). Potensielle funn på denne innledende delmengden av pasienter vil deretter bli validert ved immunhistokjemi, polymerasekjedereaksjon (PCR), neste generasjons sekvensering (NGS) eller in-situ ibridisering (ISH). Disse translasjonsanalysene vil bli utført på Grande Ospedale Metropolitano Niguarda, University of Torino, Istituto Nazionale di Genetica Medica (INGM) i Milano Andifom-ETS som vil være de forhåndsdyktige partnerne i dette prosjektet.

Takket være samarbeidet med Azienda Territoriale Sanitaria (ATS) i Metropolitan -området i Milan, vil vi ha tilgang til epidemiologiske data angående den virkelige forekomsten av VEO CRC over tiden.

Flytende biopsi validering av proteogenomiske funn fra fast vev - hvis tilgjengelig, vil 4 ml plasma retrospektivt samlet gjennom flytende biopsi og lagres i deltakende sentre bli spurt for å vurdere om genomiske eller proteomiske endringer kan identifiseres i blod.

Hovedmål:

1. for å analysere klinikopatologiske trekk ved en kohort av sporadisk VEO-CRC (n = 300), sammenlignet med en lik kohort av standard-begynnende (SO-CRC) pasienter diagnostisert etter 60 år eller senere;
2. for å analysere total overlevelse og respons på standardbehandlingsbehandlinger av en kohort av sporadisk Veo-CRC (n = 300), sammenlignet med en lik kohort av standard-begynnende (SO-CRC) pasienter diagnostisert etter 60 år eller senere;

Sekundært mål:

1. for å vurdere forekomsten av colibactin i en kohort av sporadisk VEO-CRC (n = 300), sammenlignet med en lik kohort av standard-begynnende (SO-CRC) pasienter diagnostisert etter 60 år eller senere;
2. For å utføre en proteo-genomisk karakterisering av en kohort av sporadisk Veo-CRC (n = 300), sammenlignet med en lik kohort av standard-begynnende (SO-CRC) pasienter diagnostisert etter 60 år eller senere.

Utforskende mål:

1. For å vurdere om colibactin og potensielle proteo-genomiske trekk ved VEO-CRC også kan fanges opp på plasma gjennom flytende biopsi.