Frühem Darmkrebs: Eine beobachtende retrospektive und prospektive multizentrische Studie (HEBE)

Klinikopathologische Merkmale und Überlebensdaten werden von jedem teilnehmenden Zentrum pseudoanonymisiert und über eine dedizierte Redcap-Datenbank gesammelt.

Colibactin -Bewertung - FFPE -Proben werden zwischen colibactin -positiven und negativen unter Verwendung von Endpoint -PCR geschichtet. Wir werden Primer verwenden, die mehrere Regionen der Colibactin Genomic Island (insbesondere Clbo auf dem 5'-Ende, CLBI in der Mitte und CLBB auf dem 3'-Ende) flankieren, da eine vollständig intakte Sequenz erforderlich ist, um ein funktionelles Toxin 13 zu erzeugen. Amplikons sind eine Länge von etwa 100 bp (maximal 150 bp) basierend auf der Fragmentgröße der Plasma-abgeleiteten DNA, und PCRs werden nach einem Touchdown-Protokoll durchgeführt. In einem zweiten Ansatz wird eine quantitative Polymerasekettenreaktion (qPCR) durchgeführt, um eine quantitativere Korrelation zwischen Colibactin und klinisch relevanten Patientenergebnissen zu erzielen. Wir werden Amplikons in den gleichen Regionen amplifizieren, die für die oben beschriebenen Endpunkt -PCRs verwendet werden, und wir werden Primer -Flanking -Bakterien -16S -Sequenz verwenden, um den bakteriellen DNA -Gehalt im Plasma zu schätzen.

Proteogenomische Bewertung-Eine anfängliche Teilmenge von 50 VEO-CRC und 50 SO-CRC wird eine vollständige proteomische Bewertung durch Massenspektrometrie und Ganzgenomsequenzierung (WGS) unterzogen. Mögliche Ergebnisse zu dieser anfänglichen Untergruppe von Patienten werden dann durch Immunhistochemie, Polymerasekettenreaktion (PCR), Sequenzierung der nächsten Generation (NGS) oder In-situ-Ibridisierung (ISH) validiert. Diese translationalen Analysen werden in Grande Ospedale Metropolitano Niguarda, Universität Turin, Istituto Nazionale di Genetica Medica (INGM) in Mailand- und IFOM-ETs durchgeführt, was die präklinischen Partner dieses Projekts sein wird.

Dank der Zusammenarbeit mit Azienda Territoriale Sanitaria (ATS) des Metropolengebiets von Mailand haben wir Zugang zu epidemiologischen Daten zur tatsächlichen Inzidenz von Veo CRC im Laufe der Zeit.

Flüssige Biopsie -Validierung proteogenomischer Befunde aus festem Gewebe - falls verfügbar, werden 4 ml retrospektiv durch flüssige Biopsie gesammelt und in teilnehmenden Zentren gespeichert, um zu bewerten, ob genomische oder proteomische Veränderungen im Blut identifiziert werden können.

Hauptziel:

1. Analyse der klinisch-pathologischen Merkmale einer Kohorte sporadischer VEO-CRC (n = 300) im Vergleich zu einer gleichen Kohorte von Patienten mit Standard-aufwesendem (SO-CRC), die nach 60 Jahren oder später diagnostiziert wurden;
2. Analyse des Gesamtüberlebens und der Reaktion auf Behandlungen für die Sorge der Pflege einer Kohorte von sporadischen VEO-CRC (n = 300) im Vergleich zu einer gleichmäßigen Kohorte von Standard-auf-auf-aufwesenden (SO-CRC) -Patienten, die nach 60 Jahren oder später diagnostiziert wurden;

Sekundäres Ziel:

1. Beurteilung der Prävalenz von Colibactin in einer Kohorte sporadischer VEO-CRC (n = 300) im Vergleich zu einer gleichen Kohorte von Patienten mit standardmäßiger Standard (SO-CRC), die nach 60 Jahren oder später diagnostiziert wurden;
2. Um eine proteogenomische Charakterisierung einer Kohorte sporadischer VEO-CRC (n = 300) im Vergleich zu einer gleichen Kohorte von Patienten mit Standard-aufwesendem (SO-CRC) durch 60 Jahre oder später zu diagnostizieren.

Erkundungsziel:

1. Um zu beurteilen, ob Colibactin und potenzielle proteogenomische Merkmale von VEO-CRC auch durch flüssige Biopsie auf Plasma erfasst werden können.