Ранний колоректальный рак: ретроспективное и проспективное многоцентровое исследование (HEBE)

Клиникопатологические особенности и данные о выживании будут псевдо-анонимизированы и собираются с помощью специальной базы данных REDCAP каждым участвующим центром.

Оценка колибактина - образцы FFPE будут стратифицированы между колибактин -позитивными и отрицательными с использованием ПЦР конечной точки. Мы будем использовать праймеры, которые фланкируют несколько областей геномного острова Колибактина (в частности, CLBO на 5'-END, CLBI в середине и CLBB на 3'-конце), поскольку для получения функционального токсина 13 требуется полностью неповрежденная последовательность. Amplicons будет иметь длину около 100 п.н. (максимум 150 п.н.) на основе размера фрагмента ДНК, полученной из плазмы, а ПЦР будет выполняться после протокола приземления. Во втором подходе будет проведена количественная полимеразная цепная реакция (КПЦР), чтобы обеспечить более количественную корреляцию между колибактином и клинически значимыми результатами пациента. Мы будем усиливать ампликоны в тех же областях, которые использовались для ПЦР конечной точки, описанной выше, и мы будем использовать праймеры, фланкирующие бактериальную последовательность 16S для оценки содержания бактериальной ДНК в плазме.

Протеогемная оценка-начальная подмножество 50 VEO-CRC и 50 SO CRC будет проходить полную протеомную оценку с помощью масс-спектрометрии и секвенирования целого генома (WGS). Потенциальные результаты этого первоначального подмножества пациентов будут затем подтверждены иммуногистохимией, полимеразной цепной реакцией (ПЦР), секвенированием следующего поколения (NGS) или имибридизацией на месте (ISH). Эти трансляционные анализы будут проведены в Гранде Эспедейл Метрополитано Нигуарда, Туринский университет, Istituto Nazionale Di Genetica Medica (INGM) в Милане и Ифоме-Этс, которые станут доклиническими партнерами этого проекта.

Благодаря сотрудничеству с Azienda Territoriale Sanitaria (ATS) столичного района Милана у нас будет доступ к эпидемиологическим данным, касающиеся реальной частоты VEO CRC в течение времени.

Проверка биопсии жидкости протеогейных результатов из твердой ткани - если доступно, 4 мл ретроспективно собранных плазменных с помощью биопсии жидкости и хранится в центрах участвующих центров, чтобы оценить, можно ли идентифицировать геномные или протеомные изменения в крови.

Основная цель:

1. проанализировать клинико-патологические особенности когорты спорадической Veo-CRC (n = 300) по сравнению с равной когортой пациентов с стандартной (SO-CRC), диагностированными в 60 лет или позже;
2. проанализировать общую выживаемость и реакцию на методы лечения стандартной медицинской помощи когорты спорадической VEO-CRC (n = 300) по сравнению с равной когортой пациентов с стандартным (SO CRC), диагностированными в 60 лет или позже;

Вторичная цель:

1. Оценить распространенность колибактина в когорте спорадического VEO-CRC (n = 300) по сравнению с равной когортой пациентов с стандартной (SO-CRC), диагностированными в 60 лет или позже;
2. Для выполнения протеогеномной характеристики когорты спорадической VEO-CRC (n = 300) по сравнению с равной когортой пациентов с стандартным (SO CRC), диагностированными в 60 лет или позже.

Исследовательская цель:

1. Чтобы оценить, могут ли также быть захвачены колибактин и потенциальные протеогеномные особенности VEO-CRC на плазме посредством биопсии жидкости.