Cáncer colorrectal de inicio temprano: un estudio de observación retrospectivo y multicéntrico prospectivo (HEBE)

Las características clinicopatológicas y los datos de supervivencia serán pseudoanonimizados y recopilados a través de una base de datos REDCAP dedicada por cada centro participante.

Evaluación de colibactina: las muestras de FFPE se estratificarán entre las colibactina positivas y las negativas utilizando PCR de punto final. Usaremos cebadores que flanquean múltiples regiones de la isla genómica de Colibactina (en particular, CLBO en el extremo 5 ', CLBI en el medio y CLBB en el extremo 3'), ya que se requiere una secuencia completamente intacta para producir una toxina 13 funcional 13. Los amplicones tendrán alrededor de 100 pb de longitud (máximo de 150 pb) según el tamaño del fragmento del ADN derivado del plasma, y ​​las PCR se realizarán después de un protocolo de touchdown. En un segundo enfoque, se realizará una reacción cuantitativa en cadena de la polimerasa (QPCR) para proporcionar una correlación más cuantitativa entre la colibactina y los resultados clínicamente relevantes del paciente. Amplificaremos amplicones en las mismas regiones utilizadas para las PCR de punto final descritos anteriormente, y utilizaremos cebadores que flanquean la secuencia bacteriana 16S para estimar el contenido de ADN bacteriano en plasma.

Evaluación proteogenómica: un subconjunto inicial de 50 VEO-CRC y 50 SO-CRC se someterá a una evaluación proteómica completa por espectrometría de masas y secuenciación completa del genoma (WGS). Los hallazgos potenciales en este subconjunto inicial de pacientes serán validados por inmunohistoquímica, reacción en cadena de la polimerasa (PCR), secuenciación de próxima generación (NGS) o ibridación in situ (ISH). Estos análisis traslacionales se realizarán en Grande Ospedale Metropolitano Niguarda, Universidad de Turín, Istituto nazionale di genica Medica (Ingm) en Milán y etapes que serán los socios preclínicos de este proyecto.

Gracias a la colaboración con Azienda Territorialle Sanitaria (ATS) del área metropolitana de Milán tendremos acceso a datos epidemiológicos sobre la incidencia real de VEO CRC durante el tiempo.

La validación de la biopsia líquida de los hallazgos proteogenómicos del tejido sólido: si está disponible, se consultarán 4 ml de plasma recolectado retrospectivamente a través de la biopsia líquida y almacenados en los centros participantes para evaluar si las alteraciones genómicas o proteómicas se pueden identificar en la sangre.

Objetivo principal:

1. Analizar las características clinicopatológicas de una cohorte de VEO-CRC esporádicos (n = 300), en comparación con una cohorte igual de pacientes con inicio estándar (SO-CRC) diagnosticados a los 60 años o posteriores;
2. Analizar la supervivencia general y la respuesta a los tratamientos estándar de atención de una cohorte de VEO-CRC esporádicos (n = 300), en comparación con una cohorte igual de pacientes de inicio estándar (SO-CRC) diagnosticados a los 60 años o posteriores;

Objetivo secundario:

1. para evaluar la prevalencia de colibactina en una cohorte de VEO-CRC esporádicos (n = 300), en comparación con una cohorte igual de pacientes de inicio estándar (SO-CRC) diagnosticados a los 60 años o más tarde;
2. Para realizar una caracterización proteo genómica de una cohorte de VEO-CRC esporádicos (n = 300), en comparación con una cohorte igual de pacientes de inicio estándar (SO-CRC) diagnosticados a los 60 años o más tarde.

Objetivo exploratorio:

1. Evaluar si la colibactina y las posibles características proteo genómicas de VEO-CRC también pueden capturarse en plasma a través de la biopsia líquida.