Cancer colorectal précoce: une étude multicentrique rétrospective observationnelle et prospective (HEBE)

Les caractéristiques clinicopathologiques et les données de survie seront pseudo-anonymisées et collectées via une base de données RedCap dédiée par chaque centre participant.

Évaluation de la colibactine - Les échantillons FFPE seront stratifiés entre les colibactine positifs et négatifs en utilisant la PCR du point final. Nous utiliserons des amorces flanquant plusieurs régions de l'île génomique de la colibactine (en particulier, CLBO sur l'extrémité 5', CLBI au milieu et CLBB sur l'extrémité 3'), car une séquence entièrement intacte est nécessaire pour produire une toxine fonctionnelle 13. Les amplicons auront environ 100 pb de longueur (150 pb Dans une deuxième approche, la réaction en chaîne de polymérase quantitative (qPCR) sera réalisée pour fournir une corrélation plus quantitative entre la colibactine et les résultats des patients cliniquement pertinents. Nous allons amplifier les amplicons sur les mêmes régions utilisées pour les PCR de point final décrites ci-dessus, et nous utiliserons les amorces flanquant la séquence bactérienne 16S pour estimer la teneur en ADN bactérien dans le plasma.

Évaluation protéogénomique - Un sous-ensemble initial de 50 VEO-CRC et 50 So-CRC subira une évaluation protéomique complète par spectrométrie de masse et séquençage du génome entier (WGS). Les résultats potentiels sur ce sous-ensemble initial de patients seront ensuite validés par immunohistochimie, réaction en chaîne par polymérase (PCR), séquençage de prochaine génération (NGS) ou ibridation in situ (ISH). Ces analyses de translation seront effectuées à Grande Ospedale Metropolitano Niguarda, Université de Turin, Istituto Nazionale di Genetica Medica (INGM) dans Milan Antifom-Ets qui seront les partenaires précliniques de ce projet.

Grâce à la collaboration avec Azienda Territoriale Sanitaria (ATS) de la région métropolitaine de Milan, nous aurons accès à des données épidémiologiques concernant l'incidence réelle de VEO CRC au cours de la période.

La validation de la biopsie des liquides des résultats protéogénomiques à partir de tissu solide - si disponible, 4 ml de plasma rétrospectivement collecté par biopsie liquide et stockés dans les centres participants seront interrogés pour évaluer si des altérations génomiques ou protéomiques peuvent être identifiées dans le sang.

Objectif principal:

1. Pour analyser les caractéristiques clinicopathologiques d'une cohorte de VEO sporadique (n = 300), par rapport à une cohorte égale de patients standard (SO-CRC) diagnostiqués à 60 ans ou plus tard;
2. Pour analyser la survie globale et la réponse aux traitements de la norme de soins d'une cohorte de VEO sporadique (n = 300), par rapport à une cohorte égale de patients standard (SO-CRC) diagnostiqués à 60 ans ou plus tard;

Objectif secondaire:

1. Évaluer la prévalence de la colibactine dans une cohorte de VEO sporadique (n = 300), par rapport à une cohorte égale de patients standard (SO-CRC) diagnostiqués à 60 ans ou plus tard;
2. Pour effectuer une caractérisation protéo-génomique d'une cohorte de VeO-CRC sporadique (n = 300), par rapport à une cohorte égale de patients à l'apparition standard (SO-CRC) diagnostiqués à 60 ans ou plus tard.

Objectif exploratoire:

1. Pour évaluer si la colibactine et les caractéristiques protéo-génomiques potentielles du VEO-CRC peuvent également être capturées sur le plasma par biopsie liquide.