Varhaisessa asemassa oleva kolorektaalisyöpä: havainnollinen retrospektiivinen ja mahdollinen monikeskustutkimus (HEBE)

Klinikopatologiset piirteet ja eloonjäämistiedot ovat pseudo-nimettömiä ja kerätään jokaisen osallistuvan keskuksen omistaman RedCap-tietokannan kautta.

Kolibaktiiniarviointi - FFPE -näytteet stratifioidaan kolibaktiinipositiivisten ja negatiivisten näytteiden välillä käyttämällä päätepisteen PCR: ää. Käytämme alukkeita, jotka reunustavat kolibaktiini-genomisaaren useita alueita (erityisesti kblo 5'-end, CLBI keskellä ja Clbb 3'-end), koska toiminnallisen toksiini 13: n tuottamiseksi tarvitaan täysin ehjä sekvenssi. Ampliconit ovat noin 100 bp: n pituisia (enintään 150 bp), joka perustuu plasmasta johdetun DNA: n fragmenttikokoon, ja PCR: t suoritetaan kosketusprotokollan jälkeen. Toisessa lähestymistavassa suoritetaan kvantitatiivinen polymeraasiketjureaktio (QPCR) kvantitatiivisemman korrelaation aikaansaamiseksi kolibaktiinin ja kliinisesti merkityksellisten potilaiden tulosten välillä. Vapistamme amplikonit samoilla alueilla, joita käytetään yllä kuvattuihin päätepisteiden PCR: iin, ja käytämme bakteerien 16S -sekvenssiä reunustavia alukkeita bakteeri -DNA -pitoisuuden arvioimiseksi plasmassa.

Proteogenominen arviointi-50 VEO-CRC: n ja 50: n SO-CRC: n alkujoukot tekevät täydellisen proteomisen arvioinnin massaspektrometrialla ja kokonaisella genomisekvensoinnilla (WGS). Tämän potilaiden alkuperäisen osajoukon potentiaaliset havainnot validoidaan sitten immunohistokemialla, polymeraasiketjureaktiolla (PCR), seuraavan sukupolven sekvensointi (NGS) tai in situ -bridisaatio (ISH). Nämä translaatioanalyysit suoritetaan Grande Ospedale Metropolitano Niguardassa, Torinon yliopistossa, Istituto Nazionale DI Genetica Medica (INGM) Milan Andifom-Etsissä, joka on tämän hankkeen prekliiniset kumppanit.

Milanon pääkaupunkiseudun Azienda Territoriale -sanitarian (ATS) yhteistyön ansiosta meillä on pääsy epidemiologisiin tietoihin, jotka koskevat VEO CRC: n todellista esiintyvyyttä ajan kuluessa.

Kiinteän kudoksen proteogenomisten havaintojen nestemäisen biopsian validointi - jos saatavana on, 4 ml plasmaa kerätään takautuvasti nestemäisen biopsian kautta ja varastoidaan osallistumiskeskuksiin, voidaan arvioida, voidaanko veressä tunnistaa genomiset vai proteomiset muutokset.

Ensisijainen tavoite:

1. satunnaisen VEO-CRC: n kohortin (n = 300) ryhmän kliinisen ospatologisten piirteiden analysoimiseksi verrattuna tasavertaiseen ryhmään standardi-alkavia (NO-CRC) potilaita, jotka on diagnosoitu 60 vuotta tai myöhemmin;
2. Analysoida yleinen eloonjääminen ja vaste satunnaisen VEO-CRC: n (n = 300) kohortin hoidon standardi-hoidoille verrattuna yhtä suureen ryhmään standardi-alkavia (NO-CRC) potilaita, jotka on diagnosoitu 60 vuotta tai myöhemmin;

Toissijainen tavoite:

1. Kolibaktiinin esiintyvyyden arvioimiseksi satunnaisen VEO-CRC: n (n = 300) kohortissa verrattuna yhtä suureen ryhmään standardi-alkavia (NO-CRC) potilaita, jotka on diagnosoitu 60 vuotta tai myöhemmin;
2. satunnaisen VEO-CRC: n (n = 300) kohortin proteo-genomisen karakterisoinnin suorittamiseksi verrattuna yhtä suureen ryhmään standardi-alkavia (NO-CRC) potilaita, jotka on diagnosoitu 60 vuotta tai myöhemmin.

Tutkittava tavoite:

1. Arvioida, voidaanko VEO-CRC: n kolibaktiini ja potentiaaliset proteo-genomiset piirteet myös plasmassa nestemäisen biopsian kautta.