Vroege colorectale kanker: een observationele retrospectieve en prospectieve multicenter-studie (HEBE)

Klinische kenmerken en overlevingsgegevens worden door elk deelnemende centrum pseudo-geanonimiseerd en verzameld via een speciale RedCap-database.

Colibactine -beoordeling - FFPE -monsters zullen worden gestratificeerd tussen colibactine -positieve en negatieve met behulp van eindpunt -PCR. We zullen primers gebruiken die meerdere gebieden van het colibactine-genomische eiland flankeren (in het bijzonder CLBO op de 5'-end, clbi in het midden en CLBB aan de 3'-uiteinde), omdat een volledig intacte sequentie nodig is om een ​​functioneel toxine te produceren 13. Amplicons zullen ongeveer 100 bp in lengte (maximaal 150 bp) zijn op basis van fragmentgrootte van van plasma afgeleide DNA en PCR's worden uitgevoerd volgens een touchdown-protocol. In een tweede benadering zal kwantitatieve polymerasekettingreactie (QPCR) worden uitgevoerd om meer kwantitatieve correlatie te bieden tussen colibactine en klinisch relevante patiëntresultaten. We zullen amplicons versterken op dezelfde gebieden die worden gebruikt voor de hierboven beschreven eindpunt -PCR's, en we zullen primers gebruiken die bacteriële 16S -sequentie flankeren om het bacteriële DNA -gehalte in plasma te schatten.

Proteogenomische beoordeling-Een initiële subset van 50 Veo-CRC en 50 SO-CRC zal volledige proteomische beoordeling ondergaan door massaspectrometrie en hele genoomsequencing (WGS). Potentiële bevindingen op deze eerste subset van patiënten zullen vervolgens worden gevalideerd door immunohistochemie, polymerasekettingreactie (PCR), Next Generation Sequencing (NGS) of in-situ ibridisatie (ISH). Deze translationele analyses zullen worden uitgevoerd in Grande Ospedale Metropolitano Niguarda, Universiteit van Turijn, Istituto Nazionale di Genetica Medica (INGM) in Milaan Andifom-Eets die de preklinische partners van dit project zullen zijn.

Dankzij de samenwerking met Azienda Territoriale Sanitaria (ATS) van het grootstedelijke gebied van Milaan hebben we in de loop van de tijd toegang tot epidemiologische gegevens over de echte incidentie van VEO CRC.

Vloeibare biopsie -validatie van proteogenomische bevindingen uit vast weefsel - Indien beschikbaar, kan 4 ml plasma achteraf verzameld door vloeibare biopsie en opgeslagen in deelnemende centra worden opgevraagd om te beoordelen of genomische of proteomische veranderingen in bloed kunnen worden geïdentificeerd.

Primair doelstelling:

1. om klinisch-pathologische kenmerken van een cohort van sporadische Veo-CRC (n = 300) te analyseren, vergeleken met een gelijk cohort van standaard-aanv-aanv-aanvang (SO-CRC) -patiënten gediagnosticeerd na 60 jaar of later;
2. Om de algehele overleving en respons op standaard van zorgbehandelingen van een cohort van sporadische Veo-CRC (n = 300) te analyseren, vergeleken met een gelijk cohort van standaard-aanv-aanvang (SO-CRC) -patiënten gediagnosticeerd op 60 jaar of later;

Secundaire doelstelling:

1. om de prevalentie van colibactine in een cohort sporadische Veo-CRC (n = 300) te beoordelen, vergeleken met een gelijk cohort van standaard-aanv-aanv-aanv-aanv-percen (SO-CRC) -patiënten gediagnosticeerd na 60 jaar of later;
2. Om een ​​proteo-genomische karakterisering uit te voeren van een cohort sporadische Veo-CRC (n = 300), vergeleken met een gelijk cohort van standaard-aanv-aanv-aanv-aanv-aanval (SO-CRC) -patiënten gediagnosticeerd op 60 jaar of later.

Verkennende doelstelling:

1. Om te beoordelen of colibactine en potentiële proteo-genomische kenmerken van Veo-CRC ook op plasma kunnen worden vastgelegd door vloeibare biopsie.