Resistens og immunrespons mod Palbociclib i brystkræft

Efterforskerne foreslår at udføre et biomarkør- og molekylær profileringsstudie i longitudinelt parrede tumorbiopsier og serum fra patienter med hormonreceptorpositiv (HR+) metastatisk brystkræft (BC) behandlet med Palbociclib(Palbo) i kombination med endokrine terapier.

Efterforskerne planlægger at indhente tumorbiopsi og blodprøver, taget både før- og efter-progression, fra 40 patienter, som udvikler erhvervet resistens over for Palbo+ endokrin kombinationsbehandling. Alle assays vil blive udført parallelt på prøver både før og efter behandling for at identificere forskelle, der kan forklare erhvervet resistens. Cyclin E1 og E2 niveauer vil blive vurderet af IHC på tumorbiopsier. Neuregulin-1 niveauer vil blive vurderet ved ELISA assay på serum. Tumorbiopsier vil blive yderligere profileret ved hjælp af hel-eksom-sekventering (WES) og hel-transkriptom-sekventering (RNA-Seq). Matchede blodprøver vil blive underlagt WES for at lette påvisning af somatisk mutation. Parrede tumorbiopsier vil gennemgå immunhistokemi (IHC) analyse af TIL-markører for at vurdere Palbo-inducerede ændringer. Endelig vil vi anvende det interne cirkulerende tumor DNA (ctDNA) assay, som anvender et specialdesignet panel til at studere Palbo erhvervet resistens, til analyse af 40 par plasmaprøver. Det brugerdefinerede ctDNA-panel vil blive udvidet til at omfatte yderligere mutationer identificeret fra denne undersøgelse, som giver erhvervet resistens.

For yderligere at evaluere virkningerne af Palbo-behandling på intratumorale TIL'er planlægger efterforskerne at tage parret tumorbiopsi og matchede blodprøver ved baseline og to tidspunkter (6 uger, 12 uger) i løbet af Palbo-behandlingen fra 20 patienter. Og de vil udvælge metastatiske BC-patienter, som udviser stabile sygdomme (SD) som svar på Palbo til tumorbiopsier, forud for viden om, hvorvidt post-progressionsbiopsi ville være tilgængelig. Tumorbiopsier vil blive genstand for WES-, RNA-Seq- og IHC-analyser. Yderligere planlægger efterforskerne at kvantificere mængden af ​​immuncellesubpopulationer i de matchede blodprøver ved hjælp af flowcytometri (FACS) for at vurdere Palbo-behandlingseffekter på systematisk immunitet.

Mens prøver under behandling kan indsamles efter 6 uger og 12 uger efter påbegyndelse af Palbo-behandling, tager det i gennemsnit cirka 18 måneder for initialt behandlede patienter med sent stadium af HR+ brystkræft at udvikle erhvervet resistens. Kun estimeret 40 % af tilbagefaldende tilfælde vil have vellykkede biopsier på grund af manglende samtykke eller vanskelige at operere biopsier såsom knoglemetastaser. Derfor planlægger efterforskerne at samle biopsier før behandling og blodprøver fra omkring 100 patienter i 2. kvartal 2018 for at indsamle 40 post-progressionsbiopsier som matchede par inden for den 2-årige tidsramme. FFPE-objektglas vil blive lavet fra alle tumorbiopsier, inklusive de 100 tilfælde ved baseline, og underlagt H&E-farvning. Efterforskerne vil opdage og kvantificere TIL'er gennem maskinlæring og digital billedanalyse af H&E-data.