Oporność i odpowiedź immunologiczna na palbociclib w raku piersi

Badacze proponują przeprowadzenie badania biomarkerów i profilowania molekularnego w podłużnie sparowanych biopsjach guza i surowicy od pacjentów z przerzutowym rakiem piersi (HR+) z dodatnim receptorem hormonalnym (HR+) leczonych Palbocyklibem (Palbo) w połączeniu z terapiami hormonalnymi.

Badacze planują pobrać biopsję guza i próbki krwi, pobrane zarówno przed leczeniem, jak i po progresji, od 40 pacjentów, u których rozwinie się nabyta oporność na skojarzone leczenie hormonalne Palbo i hormonalne. Wszystkie testy zostaną przeprowadzone równolegle na próbkach przed i po leczeniu, aby zidentyfikować różnice, które mogą odpowiadać za nabytą oporność. Poziomy cyklin E1 i E2 zostaną ocenione przez IHC na biopsjach guza. Poziomy nereguliny-1 będą oceniane za pomocą testu ELISA na surowicy. Biopsje guzów będą dalej profilowane przy użyciu sekwencjonowania całego egzomu (WES) i sekwencjonowania całego transkryptomu (RNA-Seq). Dopasowane próbki krwi zostaną poddane WES, aby ułatwić wykrywanie mutacji somatycznych. Sparowane biopsje guza zostaną poddane analizie immunohistochemicznej (IHC) markerów TIL w celu oceny zmian wywołanych przez Palbo. Na koniec zastosujemy wewnętrzny test DNA krążącego nowotworu (ctDNA), który wykorzystuje specjalnie zaprojektowany panel do badania oporności nabytej przez Palbo, w celu analizy 40 par próbek osocza. Niestandardowy panel ctDNA zostanie rozszerzony o dodatkowe mutacje zidentyfikowane w tym badaniu, które nadają oporność nabytą.

Aby dokładniej ocenić wpływ leczenia Palbo na TIL wewnątrz guza, badacze planują pobrać sparowane biopsje guza i dopasowane próbki krwi, na początku badania iw dwóch punktach czasowych (6 tygodni, 12 tygodni) w trakcie leczenia Palbo, od 20 pacjentów. Wybiorą także pacjentów z rakiem piersi z przerzutami, którzy wykazują stabilną chorobę (SD) w odpowiedzi na Palbo do biopsji guza, zanim dowiedzą się, czy biopsja post-progresyjna będzie dostępna. Biopsje guzów zostaną poddane analizom WES, RNA-Seq i IHC. Ponadto badacze planują ilościowe określenie liczebności subpopulacji komórek odpornościowych w dobranych próbkach krwi za pomocą cytometrii przepływowej (FACS) w celu oceny wpływu leczenia Palbo na systematyczną odporność.

Podczas gdy próbki w trakcie leczenia można pobrać po 6 tygodniach i 12 tygodniach od rozpoczęcia leczenia Palbo, u pacjentów leczonych początkowo z późnym stadium raka piersi HR+ rozwinięcie nabytej oporności zajmuje średnio około 18 miesięcy. Tylko szacunkowo 40% przypadków nawrotu będzie miało pomyślne biopsje z powodu braku zgody lub trudnych do wykonania biopsji, takich jak przerzuty tylko do kości. W związku z tym badacze planują zgromadzić biopsje przed leczeniem i próbki krwi od około 100 pacjentów do drugiego kwartału 2018 r., aby zebrać 40 biopsji po progresji jako dopasowane pary w ciągu 2 lat. Szkiełka FFPE zostaną wykonane ze wszystkich biopsji guza, w tym 100 przypadków na początku badania, i poddane barwieniu H&E. Badacze będą wykrywać i oceniać ilościowo TIL poprzez uczenie maszynowe i analizę obrazowania cyfrowego danych H&E.