Резистентность и иммунный ответ на палбоциклиб при раке молочной железы

Исследователи предлагают провести исследование биомаркеров и молекулярного профилирования в продольно парных биоптатах опухолей и сыворотке пациентов с метастатическим раком молочной железы (РМЖ) с положительной реакцией на гормональные рецепторы (HR+), получавших палбоциклиб (Palbo) в сочетании с эндокринной терапией.

Исследователи планируют получить биопсию опухоли и образцы крови, взятые как до лечения, так и после прогрессирования, у 40 пациентов, у которых развилась приобретенная резистентность к комбинированному лечению Палбо + эндокринной системы. Все анализы будут проводиться параллельно на образцах до и после лечения, чтобы выявить различия, которые могут объяснить приобретенную резистентность. Уровни циклина E1 и E2 будут оцениваться с помощью IHC при биопсии опухоли. Уровни нейрегулина-1 будут оцениваться с помощью анализа ELISA в сыворотке. Биопсия опухоли будет дополнительно профилирована с использованием секвенирования всего экзома (WES) и секвенирования всего транскриптома (RNA-Seq). Совпадающие образцы крови будут подвергнуты WES для облегчения обнаружения соматических мутаций. Биопсия парных опухолей будет подвергнута иммуногистохимическому (ИГХ) анализу маркеров TIL для оценки изменений, вызванных Пальбо. Наконец, мы применим собственный анализ циркулирующей опухолевой ДНК (цДНК), в котором используется специально разработанная панель для изучения приобретенной резистентности Палбо к анализу 40 пар образцов плазмы. Пользовательская панель ctDNA будет расширена за счет включения дополнительных мутаций, выявленных в этом исследовании, которые придают приобретенную устойчивость.

Чтобы дополнительно оценить влияние лечения Palbo на внутриопухолевые TIL, исследователи планируют получить парную биопсию опухоли и соответствующие образцы крови на исходном уровне и в двух временных точках (6 недель, 12 недель) в течение курса лечения Palbo у 20 пациентов. И они будут выбирать пациентов с метастатическим BC, у которых наблюдаются стабильные заболевания (SD) в ответ на Palbo для биопсии опухоли, до того, как станет известно, будет ли доступна биопсия после прогрессирования. Биопсия опухоли будет подвергаться анализам WES, RNA-Seq и IHC. Кроме того, исследователи планируют количественно определить количество субпопуляций иммунных клеток в соответствующих образцах крови с помощью проточной цитометрии (FACS), чтобы оценить влияние лечения Палбо на систематический иммунитет.

В то время как образцы во время лечения могут быть собраны через 6 недель и 12 недель после начала лечения Palbo, в среднем у пациентов с поздней стадией рака молочной железы HR + требуется около 18 месяцев для развития приобретенной устойчивости. По оценкам, только в 40% случаев рецидива биопсия будет успешной из-за отсутствия согласия или трудно оперируемых биопсий, таких как метастазы только в кости. Следовательно, исследователи планируют собрать биоптаты до лечения и образцы крови примерно от 100 пациентов ко второму кварталу 2018 года, чтобы собрать 40 биопсий после прогрессирования в виде соответствующих пар в течение 2 лет. Слайды FFPE будут изготовлены из биопсий всех опухолей, включая 100 исходных случаев, и подвергнуты окрашиванию гематоксилин-эозином. Исследователи будут обнаруживать и количественно определять TIL с помощью машинного обучения и анализа цифровых изображений данных H&E.