Beitrag der optischen Genomkartierung (OGM) zur Diagnose multipler kongenitaler Fehlbildungen mit oder ohne intellektuelle Beeinträchtigung ohne genetische Anomalie (CARTOGEN-N)

Studienablauf

Präanalytische Phase

Die Teilnahme an der Studie wird allen Patienten angeboten, die die Ein- und Ausschlusskriterien erfüllen, durch einen Untersucher der Abteilung für Genetik während einer medizinischen Beratung, in der das nicht-beitragende Ergebnis der Ganzgenomsequenzierung (WGS) mitgeteilt wird (Abbildung 1). Informationen zu den Studienverfahren und -zielen werden zu diesem Zeitpunkt bereitgestellt. Das Informationsblatt und die Einwilligungserklärung werden dem Patienten (falls erwachsen) oder den Inhabern der elterlichen Sorge (falls der Patient minderjährig ist) ausgehändigt. Nach Erhalt der Einwilligung sowohl für die genetischen Untersuchungen als auch für die Teilnahme am Forschungsprojekt kann der Patient in die Studie aufgenommen werden. Die für die Studie erforderlichen Blutproben werden entnommen, ins Labor überführt und gemäß folgendem Protokoll für die Analyse gesichert:

Patient > 20 kg:

2 × 5 mL EDTA-Blutröhrchen

1. × 5 mL heparinisiertes Blutröhrchen

   Patient 12–20 kg:

2. × 5 mL EDTA-Blutröhrchen

Patient 5–12 kg:

1 × 5 mL EDTA-Blutröhrchen

Die Proben werden an die Abteilung für Zytogenetik geschickt, wo sie pseudonymisiert und gesichert werden. Mindestens drei Aliquots von 1,5 mL EDTA-Blut und das verbleibende Volumen werden bei -80 °C eingefroren, um DNA-Extraktion und Extraktion von Langfragment-DNA durchzuführen. Es wird auch eine Zellkultur (periphere Blutlymphozyten) angelegt, um aus dem heparinisierten Röhrchen, falls verfügbar, ein fixiertes Chromosomenpellet zu gewinnen. Wenn die heparinisierten Proben nicht verfügbar sind und die Ergebnisse der optischen Genomkartierung eine Bestätigung einer chromosomalen Anomalie durch Karyotyp oder FISH erfordern (d.h., ein beitragendes Ergebnis), wird während der klinischen Ergebnisrückgabeberatung eine zweite Blutentnahme vorgeschlagen.

Analyse Eingefrorene Proben aus der Zytogenetikabteilung des Universitätsklinikums Clermont-Ferrand (eine pro Patient) werden per TSE an die Genetikabteilung des Universitätsklinikums Reims überführt, die für die Durchführung der optischen Genomkartierung bestimmt ist, während die Installation des Saphyr-Scanners am Universitätsklinikum Clermont-Ferrand abgewartet wird (Bewerbung DAN 2025).

Extraktion, Markierung und Bildgebung langer DNA-Moleküle werden mit den Herstellerkits gemäß den bereitgestellten Anweisungen durchgeführt.

Ergebnisse und Interpretation

Die Rohdaten werden von Zytogenetikern des Universitätsklinikums Reims mit Bionano Access und Solve® Software analysiert und validiert. Die Daten werden auch sicher mit dem Projektleiter geteilt, der für Folgendes verantwortlich ist:

Durchführung einer zweiten unabhängigen Analyse (mit Bionano Access und Solve, verfügbar in der Zytogenetikabteilung), unter Nutzung der durch die Teilnahme an früheren Projekten erworbenen Expertise.

Bereitstellung der endgültigen Interpretation der Ergebnisse und Verbreitung klinisch relevanter Befunde für das Patientenmanagement.

Jede Probe profitiert somit von einer doppelten Überprüfung und doppelten Expertise, was die Zuverlässigkeit der Ergebnisse gewährleistet.

Elterliche Segregationsstudien können vorgeschlagen werden, um die biologische Interpretation zu erleichtern. Bei Bedarf werden die Sammlung von Elternproben und Einwilligungsverfahren von der Abteilung für Medizinische Genetik am Universitätsklinikum Clermont-Ferrand koordiniert. Schlüssige Ergebnisse werden dem Kliniker mitgeteilt, der die WGS für das Patientenmanagement und die genetische Beratung veranlasst hat.