Composition and Collection Feasibility of Gut Microbiota in Children With and Without Obesity
Descripción general del estudio
Estado
Estado
Condiciones
Condiciones
Tipo de estudio
Tipo de estudio
Inscripción (Anticipado)
Inscripción
Contactos y Ubicaciones
Ubicaciones de estudio
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Illinois
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Peoria, Illinois, Estados Unidos, 61637
- University of Illinois College of Medicine at Peoria
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Criterios de participación
Criterio de elegibilidad
Criterio de elegibilidad
Edades elegibles para estudiar
Acepta Voluntarios Saludables
Géneros elegibles para el estudio
Método de muestreo
Población de estudio
Descripción
Inclusion Criteria:
1) patients aged 5-12 years
Exclusion Criteria:
- patient who have received either oral or parenteral antibiotics in the last 3 months
- patients who have a diagnosed immunodeficiency
- patients who are on medications that modulate the immune system including systemic prednisone and biologics
- patients who have a gastrointestinal condition which is known to alter the gut flora such as inflammatory bowel disease, chronic diarrhea, celiac disease and eosinophilic gastroenteritis diseases
- patients who have taken proton pump inhibitors in the last 3 months
- patients who have taken probiotics in the last 6 months.
Plan de estudios
¿Cómo está diseñado el estudio?
Detalles de diseño
Número de grupos/cohortes
Cohortes e Intervenciones
Grupo / CohorteGrupo / Cohorte |
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Healthy Weight
Participants with BMI < 95th percentile
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Obese
Participants with BMI > or = 95th percentile
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¿Qué mide el estudio?
Medidas de resultado primarias
Medidas de resultado primarias
Medida de resultado |
Medida Descripción |
Periodo de tiempo |
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Microbiota Composition
Periodo de tiempo: Over 2 years
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High-throughput sequencing targeting the 16S rRNA gene will be used to detect and identify bacteria in fecal samples.
DNA extraction and library preparation will be performed at the University of Illinois College of Medicine at Peoria, and libraries will be subjected to 16S rDNA sequencing (approximately 10k reads will be obtained per sample) on a MiSeq instrument.
Using 10k reads per sample provides stable patterns for human stool microbiota.
The 16S data will provide information about the presence and abundance of bacteria, and will be analyzed with Qiime, an open source bioinformatics package.
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Over 2 years
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Short Chain Fatty Acid Content
Periodo de tiempo: Over 2 years
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Gas Chromatography will be used to measure SCFA amounts, specifically acetate, butyrate, proprionate.
Preserved aliquot samples will be analyzed on Agilent GC/MS system (6890GC/5973 MS with 7683B autosampler) with gas chromatography performed on a ZB-WAX (30 m×0.32 mm I.D., 0.25um film thickness) capillary column (Phenomenex, Torrance, CA).
The inlet and MSD interface temperatures will both be 250°C, with the ion source temperature adjusted to 230°C.
The helium carrier gas will be kept at a constant flow rate of 3.2 ml/min.
The temperature program is: initial 2-min isothermal heating at 80°C, followed by an oven temperature increase of 20°C/min to 110°C, then 10°C/min to 130°C, and then 35°C/min to 255°C.
Mass spectra will again be recorded in the m/z 50-300 scanning range.
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Over 2 years
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Specimen Quality
Periodo de tiempo: Over 2 years
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Technical factors, which may affect microbial compositions (such as times of specimen collection, home freezer storage removal, shipping, and arrival) will be recorded as independent variables.
To estimate and minimize the effect of technical variables, principal component analysis will be used and the study will follow the International Human Microbiome Standards
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Over 2 years
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Colaboradores e Investigadores
Patrocinador
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Fechas de registro del estudio
Fechas importantes del estudio
Inicio del estudio (Actual)
Inicio del estudio
Finalización primaria (Actual)
Finalización primaria
Finalización del estudio (Anticipado)
Finalización del estudio
Fechas de registro del estudio
Enviado por primera vez
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Primero enviado que cumplió con los criterios de control de calidad
Primero enviado que cumplió con los criterios de control de calidad
Publicado por primera vez (Actual)
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Última actualización publicada
Última actualización enviada que cumplió con los criterios de control de calidad
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Última verificación
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Más información
Términos relacionados con este estudio
Términos MeSH relevantes adicionales
Otros números de identificación del estudio
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- 1001223
Información sobre medicamentos y dispositivos, documentos del estudio
Estudia un producto farmacéutico regulado por la FDA de EE. UU.
Estudia un producto de dispositivo regulado por la FDA de EE. UU.
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