Geeniekspression profilointi PBMC:issä työkaluna infliksimabivasteen ennustamiseen nivelreumassa

Tutkimuksen tavoitteena on tunnistaa ja validoida infliksimabiresponsiivisuuden ennustavat markkerit nivelreumapotilailla kahdella tavalla: i) mittaamalla biokemiallisia, immunologisia ja luumarkkereita seerumeista, koska ne osallistuvat patogeenisiin mekanismeihin; ii) geenin ilmentymisen allekirjoitusten tunnistaminen PBMC:issä transkriptomisen analyysin avulla.

Potilaille, joilla oli aktiivinen RA (ACR-kriteerit), annettiin i.v. 3 mg/kg infliksimabia yhdistettynä metotreksaattiin viikoilla 0, 2, 6 ja joka 8. viikko. Infliksimabin tehoa arvioitiin viikolla 14 käyttäen EULAR-vastekriteereitä.

1. Juuri ennen infliksimabihoidon aloittamista seerumeista mitattiin seuraavat parametrit: i) immunologiset testit: reumatekijä (IgA, IgG, IgM), anti-CCP, autoAb, joka tunnistaa 27 C-terminaalisen fragmentin (ACAST-C27) ja kalpastatiinin domeeni I (ACAST-DI), anti-G6PI, anti-a-enolaasi, anti-keratiini ja anti-perinukleaarinen tekijä; ii) biokemialliset markkerit: CRP, MMP-1, MMP-3, TIMP-1, TIMP-2; luun resorption markkerit: pyridinoliini, deoksipyridinoliini, osteoprotegeriini, sRANKL, COMP. Kunkin parametrin ennustearvo vasteelle/ei-vasteelle infliksimabiin analysoitiin käyttämällä Fischerin tarkkoja Mann-Whitney- ja Chi2-testejä.
2. Verinäyte kerättiin juuri ennen infliksimabihoidon aloittamista ja kokonais-RNA:t uutettiin perifeerisen veren mononukleaarisoluista. [33P]-radioleimatut mRNA:t hybridisoitiin (kaksoiskappale tai kolminkertainen) 10 000 ihmisen cDNA-koettimen sarjan yli, jotka täplitettiin suurella tiheydellä nailonkalvoilla. Tiedot normalisoitiin ja suodatettiin RNA-näytteiden vertailun mahdollistamiseksi. Tilastolliset analyysit suoritettiin R-ohjelmistolla ja hierarkkinen klusterointi Cluster- ja Tree View -ohjelmistoilla.