Antiretroviraalisen resistenssin havaitseminen HIV-1-genomin ultrasensitiivisellä pyrosekvensoinnilla ja virologinen vaste antiretroviraaliseen pelastushoitoon

Antiretroviraalinen resistenssitestaus on olennainen työkalu ihmisen immuunikatovirus (HIV-1) -tartunnan saaneiden henkilöiden kliinisen hallinnan ja HIV-valvonnan kannalta yhteisössä. Ilman asianmukaista hoitoa HIV-1-infektio johtaa immuunijärjestelmän romahtamiseen ja useimpien HIV-1-tartunnan saaneiden ihmisten kuolemaan. Riittävä antiretroviraalinen hoito yleensä kumoaa tämän prosessin. Siitä huolimatta HIV-1 kehittää helposti hoitoresistenssiä keräämällä mutaatioita sen genomiin. Tämä aiheuttaa hoidon epäonnistumisen ja yhä monimutkaisempien, myrkyllisempien ja kalliimpien hoitojen tarpeen. Resistentit virukset voivat tarttua muihin ihmisiin. Yli 10 % HIV-1-positiivisista Espanjassa saa tartunnan viruksilla, jotka ovat jo resistenttejä ainakin yhdelle antiretroviraaliselle lääkkeelle. Lääkeresistenssitietojen perusteella suunnitellut antiretroviraaliset hoito-ohjelmat ovat tehokkaampia, tehokkaampia ja tehokkaampia.

Kliinisestä merkityksestään huolimatta tavanomaiset resistenssitestit ovat kuitenkin herkkiä ja aliarvioivat antiretroviraalista resistenssiä. Uusien ultraherkkien resistenssitestien avulla on mahdollista havaita resistenttejä viruksia vähemmistöpopulaatioista, jotka jäävät havaitsematta tavanomaisilla genotyyppitesteillä. Ultrasensitiiviset resistenssitestit siis kaksin- tai kolminkertaistavat niiden potilaiden määrän, joilla todetaan antiretroviraalinen resistenssi. On tärkeää korostaa, että vähemmistöresistenttien mutanttien havaitseminen potilailla, jotka eivät ole aiemmin saaneet antiretroviruslääkitystä, lisää yli kolminkertaistaa virologisen epäonnistumisen riskiä. Vähemmistölle vastustuskykyisten varianttien havaitsemisen kliininen vaikutus hoitoa saaneilla potilailla, joiden hoito on epäonnistunut, on edelleen tuntematon.

Äskettäin kehitetyt tekniikat tuhansien amplikonikloonien rinnakkaisemulsiosekvensoimiseksi (Ultra deep Sequencing (UDS), Roche Diagnostics/454 Life Sciences) lisäävät herkkyyttä havaita polymorfismeja ja mutaatioita erittäin vaihtelevissa genomeissa, kuten HIV-1:ssä useissa suuruusluokissa. . Lisäksi tämä tekniikka mahdollistaa tällaisten mutaatioiden ja polymorfismien geneettisen kytkennän vakiinnuttamisen tuhansissa HIV-1-klonaalisissa sekvensseissä jokaista potilasta ja seurantakohtaa kohden. Tämä luo ennennäkemättömän mahdollisuuden karakterisoida perusteellisesti HIV-1:n vaihtelun luonnetta ja antiretroviraalisen resistenssin fysiopatologiaa. Ultraherkkien resistenssitestien lupaus parantaa HIV-1-seropositiivisten potilaiden kliinistä hoitoa, välttää tarpeettomia toksisuuksia, parantaa antiretroviraalisen resistenssin epidemiologisia arvioita, parantaa tietämystä HIV-1-infektion ja antiretroviraalisen resistenssin patogeneesistä ja parantaa kustannustehokkuutta. HI-virukseen liittyvistä lääkekustannuksista.

Tämän tutkimuksen tarkoituksena on analysoida UDS:n kautta tapahtuvan resistenssimutaatioiden perustason havaitsemisen ja pelastavan antiretroviraalisen hoidon virologisten tulosten välistä yhteyttä verrattuna perinteisiin genotyyppiresistenssitesteihin. Tässä tutkimuksessa tuotetun tiedon perusteella kehitetään uusia resistenssin tulkintatyökaluja ja algoritmeja parantamaan antiretroviraalisen hoidon tulosten ennustamista. Tutkimuksen lopullisena tavoitteena on parantaa HIV-1-tartunnan saaneiden potilaiden kliinistä hoitoa ottamalla käyttöön parannettuja uusia antiretroviraaliresistenssitestejä kliiniseen käytäntöön.