Detekce antiretrovirové rezistence ultrasenzitivním pyrosekvenováním genomu HIV-1 a virologická odpověď na antiretrovirovou záchrannou léčbu

Testování antiretrovirové rezistence je základním nástrojem pro klinickou léčbu osob infikovaných virem lidské imunodeficience (HIV-1) a sledování HIV v komunitě. Při absenci vhodné léčby vede infekce HIV-1 ke kolapsu imunitního systému a smrti většiny osob infikovaných HIV-1. Adekvátní antiretrovirová léčba obvykle tento proces zvráti. Přesto si HIV-1 snadno vyvine rezistenci na léčbu akumulací mutací ve svém genomu. To způsobuje selhání léčby a požadavek na stále složitější, toxičtější a nákladnější léčbu. Rezistentní viry se mohou přenést na další osoby. Více než 10 % HIV-1-pozitivních osob ve Španělsku se nakazí viry, které jsou již rezistentní na alespoň jeden antiretrovirový lék. Antiretrovirové léčebné režimy navržené na základě informací o lékové rezistenci jsou účinnější, účinnější a účinnější.

Navzdory jejich klinické relevanci jsou však konvenční testy rezistence necitlivé a podceňují antiretrovirovou rezistenci. Pomocí nových ultrasenzitivních testů rezistence je možné detekovat rezistentní viry v menšinových populacích, které zůstávají běžnými genotypovými testy nedetekovány. Ultrasenzitivní testy rezistence tak zdvojnásobují nebo ztrojnásobují počet pacientů, u kterých je zjištěna antiretrovirová rezistence. Je důležité zdůraznit, že detekce minoritních rezistentních mutantů u pacientů dosud neléčených antiretrovirotiky zvyšuje riziko virologického selhání více než trojnásobně. Klinický dopad detekce variant rezistentních vůči menšinám u již léčených pacientů s terapeutickým selháním zůstává neznámý.

Nedávno vyvinuté techniky paralelního emulzního sekvenování tisíců amplikonových klonů (Ultra deep Sequencing (UDS), Roche Diagnostics/454 Life Sciences) zvyšují citlivost k detekci polymorfismů a mutací ve vysoce variabilních genomech, jako je HIV-1, v několika řádech. . Kromě toho tato technika umožňuje vytvoření genetické vazby takových mutací a polymorfismů v tisících klonálních sekvencí HIV-1 pro každého pacienta a bod sledování. To vytváří bezprecedentní příležitost hloubkově charakterizovat povahu variability HIV-1 a fyziopatologii antiretrovirové rezistence. Ultrasenzitivní testy rezistence jsou příslibem zlepšení klinické léčby HIV-1 séropozitivních pacientů, zamezení zbytečným toxicitám, zlepšení epidemiologických odhadů antiretrovirové rezistence, zlepšení znalostí o patogenezi infekce HIV-1 a antiretrovirové rezistence a zlepšení nákladové efektivity farmaceutických nákladů souvisejících s HIV.

Tato studie si klade za cíl analyzovat souvislost mezi základní detekcí mutací rezistence prostřednictvím UDS a virologickým výsledkem záchranné antiretrovirové terapie ve srovnání s konvenčními testy genotypové rezistence. Na základě dat získaných v této studii budou vyvinuty nové nástroje a algoritmy pro interpretaci rezistence ke zlepšení predikce výsledků antiretrovirové terapie. Konečným cílem studie je zlepšit klinickou péči o pacienty infikované HIV-1 začleněním vylepšených nových testů antiretrovirové rezistence do klinické praxe.