Détection de la résistance aux antirétroviraux par pyroséquençage ultrasensible du génome du VIH-1 et réponse virologique au traitement antirétroviral de secours

Le test de résistance aux antirétroviraux est un outil essentiel pour la prise en charge clinique des personnes infectées par le virus de l'immunodéficience humaine (VIH-1) et la surveillance du VIH dans la communauté. En l'absence de traitement approprié, l'infection par le VIH-1 entraîne l'effondrement du système immunitaire et la mort de la plupart des personnes infectées par le VIH-1. Un traitement antirétroviral adéquat inverse généralement ce processus. Néanmoins, le VIH-1 développe facilement une résistance au traitement par l'accumulation de mutations dans son génome. Cela entraîne des échecs thérapeutiques et la nécessité de traitements de plus en plus complexes, toxiques et coûteux. Les virus résistants peuvent être transmis à d'autres personnes. Plus de 10 % des personnes séropositives pour le VIH-1 en Espagne sont infectées par des virus déjà résistants à au moins un médicament antirétroviral. Les schémas thérapeutiques antirétroviraux conçus sur la base des informations sur la résistance aux médicaments sont plus efficaces, efficaces et efficients.

Cependant, malgré leur pertinence clinique, les tests de résistance conventionnels sont insensibles et sous-estiment la résistance aux antirétroviraux. Grâce à de nouveaux tests de résistance ultrasensibles, il est possible de détecter des virus résistants dans des populations minoritaires qui ne sont pas détectés par les tests génotypiques conventionnels. Les tests de résistance ultrasensibles doublent ou triplent ainsi le nombre de patients chez qui une résistance aux antirétroviraux est détectée. Il est important de souligner que la détection de mutants minoritaires résistants chez les patients naïfs d'antirétroviraux multiplie par plus de trois le risque d'échec virologique. L'impact clinique de la détection de variants minoritaires résistants chez les patients prétraités en échec thérapeutique reste inconnu.

Des techniques récemment développées de séquençage en émulsion parallèle de milliers de clones d'amplicons (Ultra deep Sequencing (UDS), Roche Diagnostics/454 Life Sciences) augmentent la sensibilité pour détecter des polymorphismes et des mutations dans des génomes hautement variables comme dans le VIH-1 dans plusieurs ordres de grandeur . De plus, cette technique permet d'établir une liaison génétique de ces mutations et polymorphismes dans des milliers de séquences clonales du VIH-1 pour chaque patient et point de suivi. Cela génère une opportunité sans précédent de caractériser en profondeur la nature de la variabilité du VIH-1 et la physiopathologie de la résistance aux antirétroviraux. Les tests de résistance ultrasensibles promettent d'améliorer la prise en charge clinique des patients séropositifs au VIH-1, d'éviter les toxicités inutiles, d'améliorer les estimations épidémiologiques de la résistance aux antirétroviraux, d'améliorer la connaissance de la pathogenèse de l'infection par le VIH-1 et de la résistance aux antirétroviraux, et d'améliorer le rapport coût-efficacité des coûts pharmaceutiques liés au VIH.

Cette étude vise à analyser l'association entre la détection de base des mutations de résistance par UDS et le résultat virologique de la thérapie antirétrovirale de sauvetage, en comparaison avec les tests de résistance génotypique conventionnels. Sur la base des données générées dans cette étude, de nouveaux outils et algorithmes d'interprétation de la résistance seront développés pour améliorer la prédiction des résultats du traitement antirétroviral. L'objectif final de l'étude est d'améliorer les soins cliniques des patients infectés par le VIH-1 grâce à l'incorporation de nouveaux tests améliorés de résistance aux antirétroviraux dans la pratique clinique.