Detecção de resistência antirretroviral por pirosequenciamento ultrassensível do genoma do HIV-1 e resposta virológica ao tratamento antirretroviral de resgate

O teste de resistência antirretroviral é uma ferramenta essencial para o manejo clínico de pessoas infectadas pelo Vírus da Imunodeficiência Humana (HIV-1) e vigilância do HIV na comunidade. Na ausência de tratamento adequado, a infecção pelo HIV-1 leva ao colapso do sistema imunológico e à morte da maioria das pessoas infectadas pelo HIV-1. O tratamento antirretroviral adequado geralmente reverte esse processo. No entanto, o HIV-1 desenvolve facilmente resistência ao tratamento por meio do acúmulo de mutações em seu genoma. Isso causa falha no tratamento e a necessidade de tratamentos cada vez mais complexos, tóxicos e caros. Os vírus resistentes podem ser transmitidos a outras pessoas. Mais de 10% das pessoas HIV-1 positivas na Espanha são infectadas com vírus que já são resistentes a pelo menos um medicamento antirretroviral. Os regimes de tratamento anti-retroviral concebidos com base na informação sobre a resistência aos medicamentos são mais eficazes, eficazes e eficientes.

Apesar de sua relevância clínica, no entanto, os testes de resistência convencionais são insensíveis e subestimam a resistência antirretroviral. Por meio de novos testes de resistência ultrassensíveis, é possível detectar vírus resistentes em populações minoritárias que permanecem indetectáveis ​​por testes genotípicos convencionais. Os testes de resistência ultrassensíveis dobram ou triplicam o número de pacientes nos quais a resistência antirretroviral é detectada. É importante enfatizar que a detecção de mutantes resistentes minoritários em pacientes virgens de antirretrovirais aumenta mais do que o triplo do risco de falha virológica. O impacto clínico da detecção de variantes resistentes minoritárias em pacientes com experiência de tratamento com falha terapêutica permanece desconhecido.

Técnicas recentemente desenvolvidas de sequenciamento de emulsões paralelas de milhares de clones de amplicon (Ultra deep Sequencing (UDS), Roche Diagnostics/454 Life Sciences) aumentam a sensibilidade para detectar polimorfismos e mutações em genomas altamente variáveis ​​como no HIV-1 em várias ordens de grandeza . Além disso, esta técnica permite estabelecer ligação genética de tais mutações e polimorfismos em milhares de seqüências clonais do HIV-1 para cada paciente e ponto de acompanhamento. Isso gera uma oportunidade sem precedentes para caracterizar em profundidade a natureza da variabilidade do HIV-1 e a fisiopatologia da resistência aos antirretrovirais. Testes de resistência ultrassensíveis prometem melhorar o manejo clínico de pacientes soropositivos para HIV-1, evitando toxicidades desnecessárias, melhorando estimativas epidemiológicas de resistência antirretroviral, melhorando o conhecimento da patogênese da infecção por HIV-1 e resistência antirretroviral e melhorando a relação custo-benefício de custos farmacêuticos relacionados ao HIV.

Este estudo tem como objetivo analisar a associação entre a detecção inicial de mutações de resistência por UDS e o resultado virológico da terapia antirretroviral de resgate, em comparação com testes de resistência genotípica convencionais. Com base nos dados gerados neste estudo, novas ferramentas e algoritmos de interpretação de resistência serão desenvolvidos para melhorar a previsão dos resultados da terapia antirretroviral. O objetivo final do estudo é melhorar o atendimento clínico de pacientes infectados pelo HIV-1 através da incorporação de novos testes de resistência anti-retroviral aprimorados na prática clínica.