Rilevamento della resistenza antiretrovirale mediante pirosequenziamento ultrasensibile del genoma dell'HIV-1 e risposta virologica al trattamento antiretrovirale di salvataggio

Il test di resistenza antiretrovirale è uno strumento essenziale per la gestione clinica delle persone con infezione da virus dell'immunodeficienza umana (HIV-1) e per la sorveglianza dell'HIV nella comunità. In assenza di un trattamento appropriato, l'infezione da HIV-1 porta al collasso del sistema immunitario e alla morte della maggior parte delle persone con infezione da HIV-1. Un adeguato trattamento antiretrovirale di solito inverte questo processo. Tuttavia, l'HIV-1 sviluppa facilmente resistenza al trattamento attraverso l'accumulo di mutazioni nel suo genoma. Ciò causa il fallimento del trattamento e la necessità di trattamenti sempre più complessi, tossici e costosi. I virus resistenti possono essere trasmessi ad altre persone. Più del 10% delle persone sieropositive in Spagna viene infettato da virus che sono già resistenti ad almeno un farmaco antiretrovirale. I regimi di trattamento antiretrovirale progettati sulla base delle informazioni sulla resistenza ai farmaci sono più efficaci, efficaci ed efficienti.

Nonostante la loro rilevanza clinica, tuttavia, i test di resistenza convenzionali sono insensibili e sottostimano la resistenza antiretrovirale. Per mezzo di nuovi test di resistenza ultrasensibili è possibile rilevare virus resistenti in popolazioni minoritarie che non vengono rilevate dai test genotipici convenzionali. I test di resistenza ultrasensibile raddoppiano o triplicano quindi il numero di pazienti in cui viene rilevata resistenza antiretrovirale. È importante sottolineare che il rilevamento di mutanti resistenti di minoranza nei pazienti naïve agli antiretrovirali aumenta di oltre il triplo il rischio di fallimento virologico. L'impatto clinico del rilevamento di varianti resistenti di minoranza in pazienti con esperienza di trattamento con fallimento terapeutico rimane sconosciuto.

Tecniche recentemente sviluppate di sequenziamento in emulsione parallela di migliaia di cloni di ampliconi (Ultra deep Sequencing (UDS), Roche Diagnostics/454 Life Sciences) aumentano la sensibilità per rilevare polimorfismi e mutazioni in genomi altamente variabili come nell'HIV-1 in diversi ordini di grandezza . Inoltre, questa tecnica consente di stabilire il legame genetico di tali mutazioni e polimorfismi in migliaia di sequenze clonali di HIV-1 per ogni paziente e punto di follow-up. Ciò genera un'opportunità senza precedenti per caratterizzare in profondità la natura della variabilità dell'HIV-1 e la fisiopatologia della resistenza antiretrovirale. I test di resistenza ultrasensibile promettono di migliorare la gestione clinica dei pazienti sieropositivi HIV-1, evitando inutili tossicità, migliorando le stime epidemiologiche della resistenza antiretrovirale, migliorando la conoscenza della patogenesi dell'infezione da HIV-1 e della resistenza antiretrovirale e migliorando l'efficienza in termini di costi dei costi farmaceutici correlati all'HIV.

Questo studio si propone di analizzare l'associazione tra il rilevamento di base delle mutazioni di resistenza attraverso UDS e l'esito virologico della terapia antiretrovirale di salvataggio, rispetto ai test di resistenza genotipica convenzionali. Sulla base dei dati generati in questo studio, saranno sviluppati nuovi strumenti e algoritmi di interpretazione della resistenza per migliorare la previsione dei risultati della terapia antiretrovirale. L'obiettivo finale dello studio è quello di migliorare la cura clinica dei pazienti con infezione da HIV-1 attraverso l'incorporazione di nuovi test migliorati di resistenza antiretrovirale nella pratica clinica.