Detección de resistencia antirretroviral mediante pirosecuenciación ultrasensible del genoma del VIH-1 y respuesta virológica al tratamiento antirretroviral de rescate

Las pruebas de resistencia a los antirretrovirales son una herramienta esencial para el manejo clínico de las personas infectadas por el Virus de la Inmunodeficiencia Humana (VIH-1) y la vigilancia del VIH en la comunidad. En ausencia de un tratamiento apropiado, la infección por VIH-1 conduce al colapso del sistema inmunológico y la muerte de la mayoría de las personas infectadas por VIH-1. El tratamiento antirretroviral adecuado suele revertir este proceso. Sin embargo, el VIH-1 desarrolla fácilmente resistencia al tratamiento a través de la acumulación de mutaciones en su genoma. Esto provoca el fracaso del tratamiento, y la necesidad de tratamientos cada vez más complejos, tóxicos y costosos. Los virus resistentes pueden transmitirse a otras personas. Más del 10 % de las personas VIH-1 positivas en España se infectan con virus que ya son resistentes al menos a un fármaco antirretroviral. Los regímenes de tratamiento antirretroviral diseñados sobre la base de la información sobre la resistencia a los medicamentos son más eficaces, efectivos y eficientes.

Sin embargo, a pesar de su relevancia clínica, las pruebas de resistencia convencionales son insensibles y subestiman la resistencia antirretroviral. Mediante nuevas pruebas de resistencia ultrasensibles es posible detectar virus resistentes en poblaciones minoritarias que permanecen sin ser detectados por las pruebas genotípicas convencionales. Las pruebas de resistencia ultrasensibles duplican o triplican el número de pacientes en los que se detecta resistencia a los antirretrovirales. Es importante enfatizar que la detección de mutantes resistentes minoritarios en pacientes sin tratamiento previo con antirretrovirales aumenta más del triple el riesgo de falla virológica. Se desconoce el impacto clínico de la detección de variantes resistentes minoritarias en pacientes con tratamiento previo y fracaso terapéutico.

Las técnicas recientemente desarrolladas de secuenciación de emulsión paralela de miles de clones de amplicón (Ultra deep Sequencing (UDS), Roche Diagnostics/454 Life Sciences) aumentan la sensibilidad para detectar polimorfismos y mutaciones en genomas altamente variables como el VIH-1 en varios órdenes de magnitud. . Además, esta técnica permite establecer el ligamiento genético de tales mutaciones y polimorfismos en miles de secuencias clonales de VIH-1 para cada paciente y punto de seguimiento. Esto genera una oportunidad sin precedentes para caracterizar en profundidad la naturaleza de la variabilidad del VIH-1 y la fisiopatología de la resistencia antirretroviral. Las pruebas de resistencia ultrasensibles prometen mejorar el manejo clínico de los pacientes VIH-1 seropositivos, evitando toxicidades innecesarias, mejorando las estimaciones epidemiológicas de la resistencia antirretroviral, mejorando el conocimiento de la patogenia de la infección por VIH-1 y la resistencia antirretroviral, y mejorando la rentabilidad del costo farmacéutico relacionado con el VIH.

Este estudio tiene como objetivo analizar la asociación entre la detección basal de mutaciones de resistencia a través de UDS y el resultado virológico de la terapia antirretroviral de rescate, en comparación con las pruebas de resistencia genotípica convencionales. Sobre la base de los datos generados en este estudio, se desarrollarán nuevas herramientas y algoritmos de interpretación de la resistencia para mejorar la predicción de los resultados de la terapia antirretroviral. El objetivo final del estudio es mejorar la atención clínica de los pacientes infectados por el VIH-1 mediante la incorporación en la práctica clínica de nuevos tests mejorados de resistencias a los antirretrovirales.