Wykrywanie oporności na leki przeciwretrowirusowe za pomocą ultraczułego pirosekwencjonowania genomu HIV-1 i odpowiedź wirusologiczna na ratunkowe leczenie przeciwretrowirusowe

Badanie oporności na leki przeciwretrowirusowe jest podstawowym narzędziem postępowania klinicznego z osobami zakażonymi ludzkim wirusem upośledzenia odporności (HIV-1) oraz nadzoru HIV w społeczności. W przypadku braku odpowiedniego leczenia zakażenie HIV-1 prowadzi do załamania układu odpornościowego i śmierci większości osób zakażonych HIV-1. Odpowiednie leczenie antyretrowirusowe zwykle odwraca ten proces. Niemniej jednak HIV-1 łatwo rozwija oporność na leczenie poprzez akumulację mutacji w swoim genomie. Powoduje to niepowodzenie leczenia i konieczność stosowania coraz bardziej złożonych, toksycznych i kosztownych terapii. Odporne wirusy mogą być przenoszone na inne osoby. Ponad 10% osób zakażonych wirusem HIV-1 w Hiszpanii zaraża się wirusami, które są już odporne na co najmniej jeden lek antyretrowirusowy. Schematy leczenia antyretrowirusowego opracowane na podstawie informacji o lekooporności są bardziej skuteczne, efektywne i wydajne.

Jednak pomimo ich znaczenia klinicznego, konwencjonalne testy oporności są nieczułe i niedoszacowane oporności na leki przeciwretrowirusowe. Dzięki nowym ultraczułym testom oporności możliwe jest wykrycie opornych wirusów w populacjach mniejszościowych, które pozostają niewykryte przez konwencjonalne testy genotypowe. Ultraczułe testy oporności podwajają lub potrajają liczbę pacjentów, u których wykryto oporność na leki przeciwretrowirusowe. Należy podkreślić, że wykrycie opornych mutantów mniejszościowych u pacjentów nieleczonych wcześniej lekami przeciwretrowirusowymi zwiększa ponad trzykrotnie ryzyko niepowodzenia wirusologicznego. Kliniczny wpływ wykrywania opornych wariantów mniejszościowych u wcześniej leczonych pacjentów z niepowodzeniem terapeutycznym pozostaje nieznany.

Niedawno opracowane techniki równoległego sekwencjonowania emulsyjnego tysięcy klonów amplikonów (Ultra deep Sequencing (UDS), Roche Diagnostics/454 Life Sciences) zwiększają czułość wykrywania polimorfizmów i mutacji w wysoce zmiennych genomach, takich jak HIV-1, o kilka rzędów wielkości . Ponadto technika ta pozwala na ustalenie powiązań genetycznych takich mutacji i polimorfizmów w tysiącach klonalnych sekwencji HIV-1 dla każdego pacjenta i punktu obserwacji. Stwarza to bezprecedensową możliwość dogłębnego scharakteryzowania natury zmienności HIV-1 i fizjopatologii oporności na leki przeciwretrowirusowe. Ultraczułe testy oporności obiecują poprawę postępowania klinicznego z pacjentami seropozytywnymi HIV-1, unikanie niepotrzebnych toksyczności, poprawę szacunków epidemiologicznych oporności na leki przeciwretrowirusowe, poprawę wiedzy na temat patogenezy zakażenia HIV-1 i oporności na leki przeciwretrowirusowe oraz poprawę efektywności kosztowej kosztów leków związanych z HIV.

To badanie ma na celu analizę związku między podstawowym wykrywaniem mutacji oporności przez UDS a wirusologicznym wynikiem ratującej terapii przeciwretrowirusowej, w porównaniu z konwencjonalnymi testami oporności genotypowej. Na podstawie danych wygenerowanych w ramach tego badania opracowane zostaną nowe narzędzia i algorytmy interpretacji oporności w celu poprawy przewidywania wyników terapii przeciwretrowirusowej. Ostatecznym celem badania jest poprawa opieki klinicznej nad pacjentami zakażonymi wirusem HIV-1 poprzez włączenie do praktyki klinicznej udoskonalonych nowych testów oporności na leki przeciwretrowirusowe.