HYPOCHOL: Geneettisesti perustuva strategia uusien kohteiden tunnistamiseksi kolesteroliaineenvaihdunnassa (HYPOCHOL)

Tavoitteena on rekrytoida 400 koehenkilöä: 200 aikuista koehenkilöä, joilla on familiaalinen hypobetalipoproteinemia (FHBL) (indeksitapaukset) sekä 200 muuta samankaltaista henkilöä vähintään 10 suuressa informatiivisessa FHBL-perheessä, joissa FHBL-geeneissä ei ole tunnettua mutaatiota.

Potilaan hoitoa muutetaan: potilaalla on sairaalan ahdistuneisuus ja masennus (HAD) kyselylomake (painopiste masennusoireyhtymässä), ruokapäiväkirja ja lisäverianalyysi (mukaan lukien geneettinen analyysi).

Yksi FHBL-potilaiden rekrytoinnin tärkeimmistä ongelmista on se, että he ovat oireettomia ja että yleislääkärit eivät tunnista FHBL:ää vakavaksi sairaudeksi.

Vaihe 1. Mutaatioiden poissulkeminen valituissa ehdokasgeeneissä Ensimmäisenä tapana seuloa kandidaattigeenejä ja sulkea pois potilaita, joilla on tunnettuja mutaatioita, tutkijat kehittivät Haloplex™-tekniikkaan (Agilent® Technologies) perustuvan mukautetun suunnittelun suorittaakseen 10:n koodaavien alueiden korkean suorituskyvyn sekvensoinnin. geenit, mukaan lukien ne, jotka on aiemmin kuvattu FHBL:ssä (apolipoproteiini B (APOB), proproteiinikonvertaasi subtilisiini/keksiini tyyppi 9 (PCSK9)), mikrosomaalinen triglyseridisiirtoproteiini (MTP tai ABL), kylomikroniretentio-sairaus (CMRD), eritykseen liittyvä, Ras-sukuinen GTPaasi (SARA2-geeni), sekä 6 muuta ehdokasgeeniä kolesteroliaineenvaihdunnassa (LDLR), Sortilin (SORT1), LDL-reseptorin indusoituva hajottaja (IDOL), kolesteryyliesterin siirtoproteiini (CETP), apolipoproteiini E ( ApoE) ja angiopoietiinin kaltainen proteiini 3 (ANGTPL3)). Kaikki rekrytoidut indeksitapaukset (n = 200) genotyypitetään, jotta voidaan valita vain ne, joilla ei ole mutaatioita aiemmin kuvatuissa geeneissä, mikä on noin 50 % indeksitapauskohortistamme.

Vaihe-2. Informatiivisten perheiden tunnistaminen ja eksomien sekvensointi Potilailla, joilla ei ole tunnistettuja mutaatioita, tutkijat tekevät perheseulonnan tunnistaakseen muita FHBL-tapauksia proband-sukulaisten keskuudessa. Paastoplasman lipidiparametrien analyysi (kokonaiskolesteroli (TC), korkeatiheyksinen lipoproteiinikolesteroli (HDL-C), matalatiheyksiset lipoproteiinit (LDL-C) ja triglyseridit (TG)) suoritetaan jokaiselle sukulaiselle. Sairastuneiden potilaiden spontaani LDL-C < 80 mg/dl ja/tai apoB < 50 mg/dl. Sitä vastoin potilailla, joilla ei ole tautia, LDL-C > 80 mg/dl ja/tai apoB > 50 mg/dl.

Suurille perheille tutkijat yhdistävät sitten koko eksomin sekvensoinnin ja kytkentäanalyysin tunnistaakseen minkä tahansa uuden geneettisen muunnelman, joka todennäköisesti selittää FHBL:n. Perheen sukutaulusta riippuen koko eksomin sekvensointi (WES) suoritetaan 2–5 potilaalle perhettä kohden. Kaikille sukulaisille tehdään genotyyppi kytkentäanalyysiä varten.

Tämän geneettisen lähestymistavan rinnalla suoritetaan alueellinen epidemiologinen analyysi joidenkin maantieteellisten klustereiden tunnistamiseksi, joissa tauti esiintyy paljon, kuten VaCarme-nimisessä hankkeessa kehitettiin (verisuoni- ja sydän-, hengitys- ja aineenvaihduntasairauksille).

Lisätavoitteena, joka perustuu FHBL-potilaiden kattavaan fenotyyppiin, on tutkia erittäin alhaisen LDL-kolesterolin turvallisuutta ja tehdä genotyyppi-fenotyyppikorrelaatioita potilailla, joilla on FHBL-populaatio."