HYPOCHOL: Geneticky založená strategie k identifikaci nových cílů v metabolismu cholesterolu (HYPOCHOL)

Cílem je získat 400 subjektů: 200 dospělých subjektů s familiární hypobetalipoproteinémií (FHBL) (indexové případy) plus 200 dalších příbuzných subjektů v alespoň 10 velkých informativních rodinách FHBL, ve kterých není žádná známá mutace v genech FHBL.

Péče o pacienty je upravena: pacient bude mít dotazník Hospital Anxiety and Depression (HAD) (zaměřeno na depresivní syndrom), stravovací deník a některé další krevní analýzy (včetně genetické analýzy).

Jedním z hlavních problémů při náboru pacientů s FHBL je skutečnost, že jsou asymptomatičtí a že jejich praktičtí lékaři FHBL neidentifikují jako závažné onemocnění.

Krok 1. Vyloučení mutací ve vybraných kandidátských genech Jako první přístup ke screeningu kandidátských genů a vyloučení pacientů se známými mutacemi vyvinuli výzkumníci vlastní design založený na technologii Haloplex™ (Agilent® Technologies) k provádění vysoce výkonného sekvenování kódujících oblastí 10 geny, včetně těch dříve popsaných v FHBL (apolipoprotein B (APOB), proprotein konvertáza subtilisin/kexin typ 9 (PCSK9)), mikrosomální protein transferující triglyceridy (MTP nebo ABL), chylomikronové retenční onemocnění (CMRD), související se sekrecí, GTPáza související s Ras (SARA2 gen), stejně jako 6 dalších kandidátních genů v metabolismu cholesterolu (receptor pro lipoproteiny s nízkou hustotou (LDLR), Sortilin (SORT1), Inducible Degrader LDL receptoru (IDOL), Cholesteryl ester transfer protein (CETP), Apolipoprotein E ( ApoE) a protein podobný angiopoetinu 3 (ANGTPL3)). Všechny rekrutované indexové případy (n=200) budou genotypovány tak, aby byly vybrány pouze ty bez mutací v dříve popsaných genech, což je přibližně 50 % naší kohorty indexových případů.

Krok 2. Identifikace informativních rodin a sekvenování exomů U pacientů bez identifikovaných mutací provedou vyšetřovatelé familiární screening, aby identifikovali další případy FHBL mezi příbuznými probanda. Pro každý související bude provedena analýza parametrů plazmatických lipidů nalačno (celkový cholesterol (TC), cholesterol lipoproteinů s vysokou hustotou (HDL-C), lipoproteiny s nízkou hustotou (LDL-C) a triglyceridy (TG)). Postižené subjekty budou určeny spontánním LDL-C < 80 mg/dl a/nebo apoB < 50 mg/dl. Naproti tomu nepostižení jedinci budou vykazovat LDL-C > 80 mg/dl a/nebo apoB > 50 mg/dl.

U velkých rodin pak výzkumníci zkombinují sekvenování celého exomu a vazebnou analýzu, aby identifikovali jakoukoli novou genetickou variantu pravděpodobně vysvětlující FHBL. V závislosti na rodinném rodokmenu bude celoexomové sekvenování (WES) provedeno u 2 až 5 pacientů na rodinu. Všichni příbuzní budou genotypováni pro analýzu vazeb.

Paralelně s tímto genetickým přístupem bude provedena regionální epidemiologická analýza k identifikaci některých geografických shluků s vysokou prevalencí onemocnění, jak bylo vyvinuto v projektu s názvem VaCaRMe (pro vaskulární a srdeční, respirační a metabolické překonané nemoci)

Dalším cílem, založeným na vyčerpávajícím fenotypování pacientů s FHBL, je prozkoumat bezpečnost velmi nízkého LDL-C a provést některé korelace genotyp-fenotyp u pacientů s populací FHBL."