Prognostisten biomarkkerien tunnistaminen invasiivisen okasolusyövän etenemistä varten

Tutkimuksessa hyödynnetään sekä retrospektiivistä että prospektiivista tiedonkeruuta potilailta, joille on jo tehty bronkoskoopia ja keuhkojen resektio tai joille tehdään bronkoskoopia ja keuhkojen resektio okasolusyövän vuoksi. Tutkijat aikovat kerätä 5 bronkoskooppista biopsiaa, 10 ml verta ja yhden kasvaimen ja viereisen normaalin näytteen 200 pätevältä potilaalta, jotka täyttävät tutkimuksen kriteerit. Jos potilaalle on jo tehty bronkoskopia ja hän on suostunut näytteiden säilyttämiseen tutkimusta varten Mayo Clinic Rochesterissa, käytämme niitä tutkimusta varten, jos mahdollista. Muussa tapauksessa, jos potilaalle on jo tehty leikkaus eikä kudosta ole säilytetty tutkimusta varten, tutkijat antavat potilaille luvan käyttää kliinisiä näytteitään tutkimustutkimuksessa. Tämän jälkeen tutkijat erottavat DNA:ta kudosleikkeistä ja verestä ja käyttävät räätälöityä, kohdennettua sekvensointipaneelia, jossa on 23 syöpää aiheuttavaa geeniä, joilla on merkittäviä mutaatioita okasolusyöpään ja jotka he ovat kehittäneet löytääkseen prognostisia biomarkkereita. DNA:ta käytetään PCR-reaktiossa amplikonien muodostamiseksi kirjaston valmistusta varten käyttämällä Illumina Nextera XT -kirjaston valmistusprotokollaa ja kohdennettua sekvensointia Illumina Hiseq -sekvensoijalla. Lukemat kohdistetaan HG19:ään käyttämällä BWA-suuntaajaa ja muunnelmien havaitsemista Agilent SureCall- ja GATK-analyyttisilla työkaluilla.