Identificação de Biomarcadores Prognósticos para Progressão de Carcinoma Espinocelular Invasivo

O estudo utilizará coleta de dados retrospectiva e prospectiva de pacientes que já fizeram broncoscopia e ressecção pulmonar ou farão broncoscopia e ressecção pulmonar para carcinoma de células escamosas. Os investigadores planejam coletar prospectivamente 5 biópsias broncoscópicas, 10 ml de sangue e um tumor e amostras normais adjacentes de 200 pacientes qualificados que atendem aos critérios do estudo. Se um paciente já fez uma broncoscopia e consentiu em ter amostras armazenadas para pesquisa na Mayo Clinic Rochester, nós as acessaremos para o estudo de pesquisa, se disponível. Caso contrário, se o paciente já foi submetido a uma cirurgia e o tecido não foi armazenado para pesquisa, os investigadores consentirão que os pacientes usem suas amostras clínicas para o estudo de pesquisa. Os investigadores irão, então, extrair DNA de seções de tecido e sangue e usar um painel de sequenciamento direcionado personalizado de 23 genes causadores de câncer com mutações significativas em carcinoma de células escamosas que eles desenvolveram para encontrar os biomarcadores prognósticos. O DNA será usado em uma reação de PCR para gerar amplicons para preparação de biblioteca usando o protocolo de preparação de biblioteca Illumina Nextera XT e sequenciamento direcionado no sequenciador Illumina Hiseq. As leituras serão alinhadas ao HG19 usando o alinhador BWA e a detecção de variantes executada com as ferramentas analíticas Agilent SureCall e GATK.