Lipa-geenimutaatio PED-LIPIGENissa (FH-lapsipotilaat)
Lipa-geenin esiintyvyys ja mutaationopeus LIPIGEN-potilailla, joilla on kliininen FH-diagnoosi
Familiaalinen hyperkolesterolemia (FH) on monogeeninen autosomaalinen hallitseva sairaus, joka tunnetaan myös nimellä Autosomal Dominant Hyperkolesterolemia (ADH), joka johtaa dramaattisesti kohonneisiin matalatiheyksisten lipoproteiinien (LDL) ja kokonaiskolesterolin tasoihin, jotka liittyvät jänteen ksantoomiin, ksanthelasmaan, sarveiskalvon kaareen, ennenaikaiseen ateroskleroosiin ja ateroskleroosiin. lisääntynyt sepelvaltimotaudin (CAD) ja sydäninfarktin riski.
FH johtuu pääasiassa mutaatioista geeneissä, jotka koodaavat proteiineja, jotka vaikuttavat maksan LDL-kolesterolin ottoon, mukaan lukien LDL-reseptorigeeni (LDLR) tai geeni, joka koodaa LDL:n ainoaa apolipoproteiinia, apolipoproteiini B (APOB), tai geeni, joka koodaa LDLR-tasoja säätelevää proteaasia. solukalvolla Lysosomal Acid Lipase A (LIPA) -geeni koodaa lysosomaalihappolipaasi (LAL) -entsyymiä, joka vastaa lysosomeihin kuljetettavien kolesteroliestereiden ja triglyseridien hydrolysoinnista. LIPA:n mutaatiot, jotka inaktivoivat LAL:n kokonaan, ovat molekulaarinen syy Wolmanin taudille, joka on nopeasti tappava pikkulapsen sairaus, kun taas LIPA:n mutaatiot, jotka johtavat LAL:n jäännösentsymaattiseen aktiivisuuteen, ovat vastuussa häiriöstä, jolle on tunnusomaista vähemmän vakava fenotyyppi, joka tunnetaan nimellä kolesteroliestereiden varastointisairaus. (CESD). CESD-potilailla on yleensä fenotyyppi, jolle on tunnusomaista maksasairaus ja sekoitettu hyperlipidemia, johon liittyy kohonneita LDL-kolesteroli- ja triglyseridien (TG) tasoja ja alentuneita HDL-kolesterolitasoja.
Laajempi fenotyyppinen esitys funktiomutaatioiden menetyksestä LIPA:ssa viittaa siihen, että LIPA-mutaatioita voidaan harkita potilailla, joilla on ilmeisen monogeeninen FH ja joilla ei ole havaittavissa mutaatioita tunnetuissa ehdokasgeeneissä.
Hankkeen tavoitteena on arvioida LIPA-geenin esiintyvyyttä ja mutaationopeutta henkilöillä, joilla on kliininen FH-diagnoosi ja joille on jo geneettisesti karakterisoitu ja joilla ei ole tunnistettu patogeenisiä mutaatioita tunnetuissa ehdokasgeeneissä. Analyysi suoritetaan noin 250 FH-lapsipotilaalla, ja oletetut syy-mutaatiot testataan myös yhteissegregaation varalta käytettävissä olevissa perheissä sairastuneiden ja sairaiden jäsenten osalta.
Tutkimuksen yleiskatsaus
Tila
Interventio / Hoito
Yksityiskohtainen kuvaus
Lysosomaalista happolipaasia (LAL) koodaa LIPA-geeni, joka sijaitsee kromosomissa 10q23.3-q23 ja koostuu 10 eksonista. LIPA-mRNA (lähettiläs RiboNucleic Acid) (GenBank-talletusnumero NM_000235) on 2782 bp pitkä ja koodaa 375 tähteen kypsää proteiinia (GenBank-talletusnumero NP_000226). LIPA-geenin kaikkien 10 eksonin sekvensointi koostuu 10 PCR (polymerase Chain Reaction) -amplifikaatioreaktiosta (10 eksonille ja proksimaaliselle promoottorille), joita seuraa 20 sekvenssireaktiota (eteenpäin ja käänteinen sekvensointi) sopivilla alukkeilla, jotka on suunniteltu sisältämään introni - eksonien rajat. Tämä analyysi tehdään noin 250 FH-lastenpotilaalle hankkeen kuvauksen mukaisesti.
Sekvensointityössä hyödynnetään kahta automatisoitua 8 kapillaarin automatisoitua DNA-sekvensoria (3500 Genetic Analyzer, Thermo Fisher Scientific, Monza, Italia), jotka ovat tällä hetkellä saatavilla hankkeessa mukana olevien yksiköiden laboratoriossa.
Ilmoittamattomien sekvenssivarianttien tunnistamisen tapauksessa näiden mutaatioiden esiintyminen arvioidaan populaation vähintään 100 normolipideemisen koehenkilön otoksessa, jotta voidaan määrittää, ovatko nukleotidimuutokset harvinaisia sekvenssimuunnelmia (jolla on oletettu toiminnallinen vaikutus) tai edustavat yleisiä polymorfismeja. Jos koodausalueilta löytyy harvinaisia variantteja, suoritetaan in silico -analyysi käyttämällä kahta eri ohjelmistoa (Polyphen, http://genetics.bwh.harvard.edu/pph/ ja Panther, http://www.pantherdb.org/) ennustaakseen mutaatioiden oletettua haitallista roolia proteiinissa. Intronisten varianttien tapauksessa käytetään erityisesti suunniteltua ohjelmistoa Automated Splice Site Analysis (https://www.splice.uwo.ca/).
Oletettuja kausaalisia mutaatioita testataan myös yhteissegregaation varalta käytettävissä olevissa perheissä sairastuneissa ja sairastumattomissa jäsenissä.
Varianttien vaikutuksen entsyymiaktiivisuuteen testaamiseksi LAL-aktiivisuus määritetään kuivaveren täplä (DBS) -tekniikalla käyttäen inhibiittoreita Lalistaatti 2 näiden saatavilla oleviin sukulaisiin kuuluvien mutaatioiden kantajissa ja ei-kantajissa.
Opintotyyppi
Ilmoittautuminen (Odotettu)
Yhteystiedot ja paikat
Opiskeluyhteys
- Nimi: Alberico L Catapano
- Sähköposti: alberico.catapano@unimi.it
Tutki yhteystietojen varmuuskopiointi
- Nimi: Alessia Tincani
- Puhelinnumero: +39026173276
- Sähköposti: catapano.centroatero@gmail.com
Opiskelupaikat
-
-
-
Modena, Italia
- Rekrytointi
- Laboratorio di biochimica delle lipoproteine - DIPARTIMENTO DI SCIENZE BIOMEDICHE
-
Ottaa yhteyttä:
- Patrizia M. Tarugi
- Sähköposti: patriziamaria.tarugi@unimore.it
-
Palermo, Italia
- Rekrytointi
- Centro Di Riferimento Regionale Per La Prevenzione, Diagnosi E Cura Delle Malattie Rare Del Metabolismo
-
Ottaa yhteyttä:
- Maurizio Averna
- Sähköposti: maurizio.averna@unipa.it
-
Roma, Italia
- Rekrytointi
- Centro Per L'Arteriosclerosi Dipartimento Di Medicina Interna E Specialità Mediche
-
Ottaa yhteyttä:
- Marcello Arca
- Sähköposti: marcello.arca@uniroma1.it
-
-
Mi
-
Cinisello Balsamo, Mi, Italia
- Rekrytointi
- CENTRO PER LO STUDIO DELL'ATEROSCLEROSI - Ospedale Bassini
-
Ottaa yhteyttä:
- Alberico L Catapano
- Sähköposti: alberico.catapano@unimi.it
-
-
Osallistumiskriteerit
Kelpoisuusvaatimukset
Opintokelpoiset iät
Hyväksyy terveitä vapaaehtoisia
Sukupuolet, jotka voivat opiskella
Näytteenottomenetelmä
Tutkimusväestö
Kuvaus
Sisällyttämiskriteerit:
- Lapset (alle 18-vuotiaat), joilla on kliininen FH-diagnoosi ja joilla ei ole tunnistettuja patogeenisiä mutaatioita tunnetuissa ehdokasgeeneissä.
Poissulkemiskriteerit:
- Potilaat, joilla on kliininen FH-diagnoosi ja tunnistettu patogeenisiä mutaatioita tunnetuissa ehdokasgeeneissä.
Opintosuunnitelma
Miten tutkimus on suunniteltu?
Suunnittelun yksityiskohdat
- Havaintomallit: Muut
- Aikanäkymät: Takautuva
Kohortit ja interventiot
Ryhmä/Kohortti |
Interventio / Hoito |
|---|---|
|
FH-lapsipotilaat
1000 kliinisesti diagnosoitua FH-lapsipotilasta (ikä alle 18 vuotta), jotka sisältyvät LIPIGEN (Lipid TransPort Disorders Italian Genetic Network) -tietokantaan
|
Havainnointitutkimus: Ei interventiota.
|
Mitä tutkimuksessa mitataan?
Ensisijaiset tulostoimenpiteet
Tulosmittaus |
Toimenpiteen kuvaus |
Aikaikkuna |
|---|---|---|
|
Potilaiden, joilla on LIPA-geenin mutaatioita, esiintyvyys kliinisesti diagnosoitujen FH-potilaiden joukossa
Aikaikkuna: 2 vuotta opintojen alkamisesta
|
Niiden potilaiden prosenttiosuus, joilla on vähintään yksi LIPA-geenin mutaatio kliinisesti diagnosoitujen FH-potilaiden joukossa "Dutch Lipid Clinic Network" -pistemäärän mukaan 6 tai enemmän
|
2 vuotta opintojen alkamisesta
|
Toissijaiset tulostoimenpiteet
Tulosmittaus |
Toimenpiteen kuvaus |
Aikaikkuna |
|---|---|---|
|
LIPA-geenin spesifisten mutaatioiden esiintymistiheys kliinisesti diagnosoitujen FH-potilaiden keskuudessa
Aikaikkuna: 2 vuotta opintojen alkamisesta
|
Niiden potilaiden lukumäärä, joilla on spesifisiä LIPA-geenin mutaatioita kliinisesti diagnosoitujen FH-potilaiden joukossa kunkin mutaation osalta, joka on tunnistettu sekvensoimalla LIPA-geenin kaikki 10 eksonia.
|
2 vuotta opintojen alkamisesta
|
Yhteistyökumppanit ja tutkijat
Tutkijat
- Opintojohtaja: Maurizio Averna, Fondazione SISA
Julkaisuja ja hyödyllisiä linkkejä
Yleiset julkaisut
- ABRAMOV A, SCHORR S, WOLMAN M. Generalized xanthomatosis with calcified adrenals. AMA J Dis Child. 1956 Mar;91(3):282-6. doi: 10.1001/archpedi.1956.02060020284010. No abstract available.
- Bernstein DL, Hulkova H, Bialer MG, Desnick RJ. Cholesteryl ester storage disease: review of the findings in 135 reported patients with an underdiagnosed disease. J Hepatol. 2013 Jun;58(6):1230-43. doi: 10.1016/j.jhep.2013.02.014. Epub 2013 Feb 26.
- Bertolini S, Pisciotta L, Rabacchi C, Cefalu AB, Noto D, Fasano T, Signori A, Fresa R, Averna M, Calandra S. Spectrum of mutations and phenotypic expression in patients with autosomal dominant hypercholesterolemia identified in Italy. Atherosclerosis. 2013 Apr;227(2):342-8. doi: 10.1016/j.atherosclerosis.2013.01.007. Epub 2013 Jan 19.
- Burke JA, Schubert WK. Deficient activity of hepatic acid lipase in cholesterol ester storage disease. Science. 1972 Apr 21;176(4032):309-10. doi: 10.1126/science.176.4032.309.
- Futema M, Plagnol V, Li K, Whittall RA, Neil HA, Seed M; Simon Broome Consortium, Bertolini S, Calandra S, Descamps OS, Graham CA, Hegele RA, Karpe F, Durst R, Leitersdorf E, Lench N, Nair DR, Soran H, Van Bockxmeer FM; UK10K Consortium, Humphries SE. Whole exome sequencing of familial hypercholesterolaemia patients negative for LDLR/APOB/PCSK9 mutations. J Med Genet. 2014 Aug;51(8):537-44. doi: 10.1136/jmedgenet-2014-102405. Epub 2014 Jul 1.
- Hamilton J, Jones I, Srivastava R, Galloway P. A new method for the measurement of lysosomal acid lipase in dried blood spots using the inhibitor Lalistat 2. Clin Chim Acta. 2012 Aug 16;413(15-16):1207-10. doi: 10.1016/j.cca.2012.03.019. Epub 2012 Mar 29.
- Hopkins PN, Toth PP, Ballantyne CM, Rader DJ; National Lipid Association Expert Panel on Familial Hypercholesterolemia. Familial hypercholesterolemias: prevalence, genetics, diagnosis and screening recommendations from the National Lipid Association Expert Panel on Familial Hypercholesterolemia. J Clin Lipidol. 2011 Jun;5(3 Suppl):S9-17. doi: 10.1016/j.jacl.2011.03.452. Epub 2011 Apr 3. No abstract available.
- Nordestgaard BG, Chapman MJ, Humphries SE, Ginsberg HN, Masana L, Descamps OS, Wiklund O, Hegele RA, Raal FJ, Defesche JC, Wiegman A, Santos RD, Watts GF, Parhofer KG, Hovingh GK, Kovanen PT, Boileau C, Averna M, Boren J, Bruckert E, Catapano AL, Kuivenhoven JA, Pajukanta P, Ray K, Stalenhoef AF, Stroes E, Taskinen MR, Tybjaerg-Hansen A; European Atherosclerosis Society Consensus Panel. Familial hypercholesterolaemia is underdiagnosed and undertreated in the general population: guidance for clinicians to prevent coronary heart disease: consensus statement of the European Atherosclerosis Society. Eur Heart J. 2013 Dec;34(45):3478-90a. doi: 10.1093/eurheartj/eht273. Epub 2013 Aug 15. Erratum In: Eur Heart J. 2020 Dec 14;41(47):4517.
- Patrick AD, Lake BD. Deficiency of an acid lipase in Wolman's disease. Nature. 1969 Jun 14;222(5198):1067-8. doi: 10.1038/2221067a0. No abstract available.
- Risk of fatal coronary heart disease in familial hypercholesterolaemia. Scientific Steering Committee on behalf of the Simon Broome Register Group. BMJ. 1991 Oct 12;303(6807):893-6. doi: 10.1136/bmj.303.6807.893.
- Stitziel NO, Fouchier SW, Sjouke B, Peloso GM, Moscoso AM, Auer PL, Goel A, Gigante B, Barnes TA, Melander O, Orho-Melander M, Duga S, Sivapalaratnam S, Nikpay M, Martinelli N, Girelli D, Jackson RD, Kooperberg C, Lange LA, Ardissino D, McPherson R, Farrall M, Watkins H, Reilly MP, Rader DJ, de Faire U, Schunkert H, Erdmann J, Samani NJ, Charnas L, Altshuler D, Gabriel S, Kastelein JJ, Defesche JC, Nederveen AJ, Kathiresan S, Hovingh GK; National Heart, Lung, and Blood Institute GO Exome Sequencing Project. Exome sequencing and directed clinical phenotyping diagnose cholesterol ester storage disease presenting as autosomal recessive hypercholesterolemia. Arterioscler Thromb Vasc Biol. 2013 Dec;33(12):2909-14. doi: 10.1161/ATVBAHA.113.302426. Epub 2013 Sep 26.
- Talmud PJ, Futema M, Humphries SE. The genetic architecture of the familial hyperlipidaemia syndromes: rare mutations and common variants in multiple genes. Curr Opin Lipidol. 2014 Aug;25(4):274-81. doi: 10.1097/MOL.0000000000000090.
- Williams RR, Hunt SC, Schumacher MC, Hegele RA, Leppert MF, Ludwig EH, Hopkins PN. Diagnosing heterozygous familial hypercholesterolemia using new practical criteria validated by molecular genetics. Am J Cardiol. 1993 Jul 15;72(2):171-6. doi: 10.1016/0002-9149(93)90155-6.
Opintojen ennätyspäivät
Opi tärkeimmät päivämäärät
Opiskelun aloitus (Todellinen)
Ensisijainen valmistuminen (Odotettu)
Opintojen valmistuminen (Odotettu)
Opintoihin ilmoittautumispäivät
Ensimmäinen lähetetty
Ensimmäinen toimitettu, joka täytti QC-kriteerit
Ensimmäinen Lähetetty (Todellinen)
Tutkimustietojen päivitykset
Viimeisin päivitys julkaistu (Todellinen)
Viimeisin lähetetty päivitys, joka täytti QC-kriteerit
Viimeksi vahvistettu
Lisää tietoa
Tähän tutkimukseen liittyvät termit
Avainsanat
Muita asiaankuuluvia MeSH-ehtoja
Muut tutkimustunnusnumerot
- LIPIGEN-002
Yksittäisten osallistujien tietojen suunnitelma (IPD)
Aiotko jakaa yksittäisten osallistujien tietoja (IPD)?
IPD-suunnitelman kuvaus
IPD-jaon aikakehys
IPD-jaon käyttöoikeuskriteerit
IPD-jakamista tukeva tietotyyppi
- Tutkimuspöytäkirja
- Tilastollinen analyysisuunnitelma (SAP)
- Ilmoitettu suostumuslomake (ICF)
- Kliinisen tutkimuksen raportti (CSR)
- Analyyttinen koodi
Lääke- ja laitetiedot, tutkimusasiakirjat
Tutkii yhdysvaltalaista FDA sääntelemää lääkevalmistetta
Tutkii yhdysvaltalaista FDA sääntelemää laitetuotetta
Nämä tiedot haettiin suoraan verkkosivustolta clinicaltrials.gov ilman muutoksia. Jos sinulla on pyyntöjä muuttaa, poistaa tai päivittää tutkimustietojasi, ota yhteyttä register@clinicaltrials.gov. Heti kun muutos on otettu käyttöön osoitteessa clinicaltrials.gov, se päivitetään automaattisesti myös verkkosivustollemme .