Mutacja genu Lipa w PED-LIPIGEN (dzieci z FH)
Częstość występowania i wskaźnik mutacji genu Lipa u pacjentów LIPIGEN z kliniczną diagnozą FH
Hipercholesterolemia rodzinna (FH) jest monogeniczną, autosomalną dominującą chorobą, znaną również jako autosomalna dominująca hipercholesterolemia (ADH), która prowadzi do dramatycznego wzrostu poziomu lipoprotein o małej gęstości (LDL) i cholesterolu całkowitego związanego z żółtakami ścięgien, żółtakami, łukiem rogówki, przedwczesną miażdżycą tętnic i zwiększone ryzyko choroby niedokrwiennej serca (CAD) i zawału mięśnia sercowego.
FH jest spowodowana głównie mutacjami genów kodujących białka wpływające na wychwyt cholesterolu LDL przez wątrobę, w tym genu receptora LDL (LDLR) lub genu kodującego jedyną apolipoproteinę LDL, apolipoproteinę B (APOB) lub genu kodującego proteazę regulującą poziom LDLR na błonie komórkowej gen lizosomalnej kwaśnej lipazy A (LIPA) koduje enzym lipazy kwaśnej lizosomalnej (LAL), odpowiedzialny za hydrolizę estrów cholesterolu i trójglicerydów dostarczanych do lizosomów. Mutacje w LIPA, które całkowicie inaktywują LAL, są molekularną przyczyną choroby Wolmana, szybko śmiertelnej choroby niemowlęcej, podczas gdy mutacje w LIPA, które powodują resztkową aktywność enzymatyczną LAL, są odpowiedzialne za zaburzenie charakteryzujące się mniej poważnym fenotypem znanym jako choroba spichrzeniowa estrów cholesterolu (CESD). Pacjenci z CESD zwykle wykazują fenotyp charakteryzujący się chorobą wątroby i mieszaną hiperlipidemią z podwyższonym stężeniem LDL-C i triglicerydów (TG) oraz obniżonym stężeniem HDL-C.
Szersza prezentacja fenotypowa mutacji utraty funkcji w LIPA sugeruje, że mutacje LIPA można rozważyć u pacjentów z pozornie monogenową FH, u których mutacje w znanych genach kandydujących nie są wykrywalne.
Celem projektu jest ocena rozpowszechnienia i tempa mutacji genu LIPA u osób z rozpoznaniem klinicznym FH i już scharakteryzowanych genetycznie, u których nie zidentyfikowano patogennych mutacji w znanych genach kandydujących. Analiza zostanie przeprowadzona u około 250 pacjentów pediatrycznych z FH, a przypuszczalne mutacje przyczynowe zostaną również przetestowane pod kątem kosegregacji w dostępnych rodzinach u członków dotkniętych i nie dotkniętych chorobą.
Przegląd badań
Status
Interwencja / Leczenie
Szczegółowy opis
Lizosomalna kwaśna lipaza (LAL) jest kodowana przez gen LIPA zlokalizowany na chromosomie 10q23.3-q23 i składa się z 10 egzonów. LIPA mRNA (kwas rybonukleinowy posłańca) (numer dostępu w GenBank NM_000235) ma długość 2782 bp i koduje dojrzałe białko o 375 resztach (numer dostępu w GenBank NP_000226). Sekwencjonowanie wszystkich 10 eksonów genu LIPA będzie się składać z 10 reakcji amplifikacji PCR (reakcja łańcuchowa polimerazy) (dla 10 eksonów i proksymalnego promotora), po których nastąpi 20 reakcji sekwencjonowania (sekwencjonowanie w przód i w tył) z odpowiednimi starterami zaprojektowanymi tak, aby zawierały intron - granice eksonów. Analiza ta zostanie przeprowadzona u około 250 pacjentów pediatrycznych z FH, jak określono w opisie projektu.
Sekwencjonowanie zostanie przeprowadzone z wykorzystaniem 2 zautomatyzowanych 8-kapilarnych zautomatyzowanych sekwencerów DNA (3500 Genetic Analyzer, Thermo Fisher Scientific, Monza, Włochy) dostępnych obecnie w laboratorium Jednostek zaangażowanych w projekt.
W przypadku identyfikacji niezgłoszonych wariantów sekwencji, obecność tych mutacji zostanie oceniona na próbie co najmniej 100 osób z normolipidemią w populacji, w celu określenia, czy zmiany nukleotydów są rzadkimi zmianami sekwencji (o przypuszczalnym efekcie funkcjonalnym), czy też reprezentują wspólne polimorfizmy. W przypadku znalezienia rzadkich wariantów w regionach kodujących, zostanie przeprowadzona analiza in silico przy użyciu dwóch różnych programów (Polyphen, http://genetics.bwh.harvard.edu/pph/ i Panther, http://www.pantherdb.org/), aby przewidzieć przypuszczalną szkodliwą rolę mutacji w białku. W przypadku wariantów intronicznych zastosowane zostanie specjalnie zaprojektowane oprogramowanie Automated Splice Site Analysis (https://www.splice.uwo.ca/).
Domniemane mutacje przyczynowe zostaną również przetestowane pod kątem współsegregacji w dostępnych rodzinach u członków dotkniętych i nie dotkniętych chorobą.
W celu zbadania wpływu wariantów na aktywność enzymu, aktywność LAL zostanie oznaczona techniką suchej plamki krwi (DBS) z użyciem inhibitorów Lalistat 2 u nosicieli i niebędących nosicielami tych mutacji należących do dostępnych pokrewnych.
Typ studiów
Zapisy (Oczekiwany)
Kontakty i lokalizacje
Kontakt w sprawie studiów
- Nazwa: Alberico L Catapano
- E-mail: alberico.catapano@unimi.it
Kopia zapasowa kontaktu do badania
- Nazwa: Alessia Tincani
- Numer telefonu: +39026173276
- E-mail: catapano.centroatero@gmail.com
Lokalizacje studiów
-
-
-
Modena, Włochy
- Rekrutacyjny
- Laboratorio di biochimica delle lipoproteine - DIPARTIMENTO DI SCIENZE BIOMEDICHE
-
Kontakt:
- Patrizia M. Tarugi
- E-mail: patriziamaria.tarugi@unimore.it
-
Palermo, Włochy
- Rekrutacyjny
- Centro Di Riferimento Regionale Per La Prevenzione, Diagnosi E Cura Delle Malattie Rare Del Metabolismo
-
Kontakt:
- Maurizio Averna
- E-mail: maurizio.averna@unipa.it
-
Roma, Włochy
- Rekrutacyjny
- Centro Per L'Arteriosclerosi Dipartimento Di Medicina Interna E Specialità Mediche
-
Kontakt:
- Marcello Arca
- E-mail: marcello.arca@uniroma1.it
-
-
Mi
-
Cinisello Balsamo, Mi, Włochy
- Rekrutacyjny
- CENTRO PER LO STUDIO DELL'ATEROSCLEROSI - Ospedale Bassini
-
Kontakt:
- Alberico L Catapano
- E-mail: alberico.catapano@unimi.it
-
-
Kryteria uczestnictwa
Kryteria kwalifikacji
Wiek uprawniający do nauki
Akceptuje zdrowych ochotników
Płeć kwalifikująca się do nauki
Metoda próbkowania
Badana populacja
Opis
Kryteria przyjęcia:
- Pacjenci pediatryczni (<18 lat) z kliniczną diagnozą FH i bez zidentyfikowanych patogennych mutacji w znanych genach kandydujących.
Kryteria wyłączenia:
- Osoby z kliniczną diagnozą FH ze zidentyfikowanymi mutacjami patogennymi w znanych genach kandydujących.
Plan studiów
Jak projektuje się badanie?
Szczegóły projektu
- Modele obserwacyjne: Inny
- Perspektywy czasowe: Z mocą wsteczną
Kohorty i interwencje
Grupa / Kohorta |
Interwencja / Leczenie |
|---|---|
|
Pacjenci pediatryczni FH
1000 klinicznie zdiagnozowanych pacjentów pediatrycznych z FH (w wieku <18 lat) uwzględnionych w bazie danych LIPIGEN (Lipid TransPort Disorders italian Genetic Network)
|
Badanie obserwacyjne: Nie ma interwencji.
|
Co mierzy badanie?
Podstawowe miary wyniku
Miara wyniku |
Opis środka |
Ramy czasowe |
|---|---|---|
|
Rozpowszechnienie pacjentów z mutacjami genu LIPA wśród osób z rozpoznaną klinicznie FH
Ramy czasowe: 2 lata od rozpoczęcia studiów
|
Odsetek pacjentów z co najmniej jedną mutacją genu LIPA wśród osób z klinicznie zdiagnozowaną FH według oceny „Holenderskiej sieci klinik lipidowych” wynoszącej 6 lub więcej
|
2 lata od rozpoczęcia studiów
|
Miary wyników drugorzędnych
Miara wyniku |
Opis środka |
Ramy czasowe |
|---|---|---|
|
Częstość występowania specyficznych mutacji genu LIPA wśród osób z klinicznie rozpoznaną FH
Ramy czasowe: 2 lata od rozpoczęcia studiów
|
Liczba pacjentów z określonymi mutacjami genu LIPA wśród klinicznie zdiagnozowanych pacjentów z FH dla każdej mutacji zidentyfikowanej przez sekwencjonowanie wszystkich 10 eksonów genu LIPA.
|
2 lata od rozpoczęcia studiów
|
Współpracownicy i badacze
Śledczy
- Dyrektor Studium: Maurizio Averna, Fondazione SISA
Publikacje i pomocne linki
Publikacje ogólne
- ABRAMOV A, SCHORR S, WOLMAN M. Generalized xanthomatosis with calcified adrenals. AMA J Dis Child. 1956 Mar;91(3):282-6. doi: 10.1001/archpedi.1956.02060020284010. No abstract available.
- Bernstein DL, Hulkova H, Bialer MG, Desnick RJ. Cholesteryl ester storage disease: review of the findings in 135 reported patients with an underdiagnosed disease. J Hepatol. 2013 Jun;58(6):1230-43. doi: 10.1016/j.jhep.2013.02.014. Epub 2013 Feb 26.
- Bertolini S, Pisciotta L, Rabacchi C, Cefalu AB, Noto D, Fasano T, Signori A, Fresa R, Averna M, Calandra S. Spectrum of mutations and phenotypic expression in patients with autosomal dominant hypercholesterolemia identified in Italy. Atherosclerosis. 2013 Apr;227(2):342-8. doi: 10.1016/j.atherosclerosis.2013.01.007. Epub 2013 Jan 19.
- Burke JA, Schubert WK. Deficient activity of hepatic acid lipase in cholesterol ester storage disease. Science. 1972 Apr 21;176(4032):309-10. doi: 10.1126/science.176.4032.309.
- Futema M, Plagnol V, Li K, Whittall RA, Neil HA, Seed M; Simon Broome Consortium, Bertolini S, Calandra S, Descamps OS, Graham CA, Hegele RA, Karpe F, Durst R, Leitersdorf E, Lench N, Nair DR, Soran H, Van Bockxmeer FM; UK10K Consortium, Humphries SE. Whole exome sequencing of familial hypercholesterolaemia patients negative for LDLR/APOB/PCSK9 mutations. J Med Genet. 2014 Aug;51(8):537-44. doi: 10.1136/jmedgenet-2014-102405. Epub 2014 Jul 1.
- Hamilton J, Jones I, Srivastava R, Galloway P. A new method for the measurement of lysosomal acid lipase in dried blood spots using the inhibitor Lalistat 2. Clin Chim Acta. 2012 Aug 16;413(15-16):1207-10. doi: 10.1016/j.cca.2012.03.019. Epub 2012 Mar 29.
- Hopkins PN, Toth PP, Ballantyne CM, Rader DJ; National Lipid Association Expert Panel on Familial Hypercholesterolemia. Familial hypercholesterolemias: prevalence, genetics, diagnosis and screening recommendations from the National Lipid Association Expert Panel on Familial Hypercholesterolemia. J Clin Lipidol. 2011 Jun;5(3 Suppl):S9-17. doi: 10.1016/j.jacl.2011.03.452. Epub 2011 Apr 3. No abstract available.
- Nordestgaard BG, Chapman MJ, Humphries SE, Ginsberg HN, Masana L, Descamps OS, Wiklund O, Hegele RA, Raal FJ, Defesche JC, Wiegman A, Santos RD, Watts GF, Parhofer KG, Hovingh GK, Kovanen PT, Boileau C, Averna M, Boren J, Bruckert E, Catapano AL, Kuivenhoven JA, Pajukanta P, Ray K, Stalenhoef AF, Stroes E, Taskinen MR, Tybjaerg-Hansen A; European Atherosclerosis Society Consensus Panel. Familial hypercholesterolaemia is underdiagnosed and undertreated in the general population: guidance for clinicians to prevent coronary heart disease: consensus statement of the European Atherosclerosis Society. Eur Heart J. 2013 Dec;34(45):3478-90a. doi: 10.1093/eurheartj/eht273. Epub 2013 Aug 15. Erratum In: Eur Heart J. 2020 Dec 14;41(47):4517.
- Patrick AD, Lake BD. Deficiency of an acid lipase in Wolman's disease. Nature. 1969 Jun 14;222(5198):1067-8. doi: 10.1038/2221067a0. No abstract available.
- Risk of fatal coronary heart disease in familial hypercholesterolaemia. Scientific Steering Committee on behalf of the Simon Broome Register Group. BMJ. 1991 Oct 12;303(6807):893-6. doi: 10.1136/bmj.303.6807.893.
- Stitziel NO, Fouchier SW, Sjouke B, Peloso GM, Moscoso AM, Auer PL, Goel A, Gigante B, Barnes TA, Melander O, Orho-Melander M, Duga S, Sivapalaratnam S, Nikpay M, Martinelli N, Girelli D, Jackson RD, Kooperberg C, Lange LA, Ardissino D, McPherson R, Farrall M, Watkins H, Reilly MP, Rader DJ, de Faire U, Schunkert H, Erdmann J, Samani NJ, Charnas L, Altshuler D, Gabriel S, Kastelein JJ, Defesche JC, Nederveen AJ, Kathiresan S, Hovingh GK; National Heart, Lung, and Blood Institute GO Exome Sequencing Project. Exome sequencing and directed clinical phenotyping diagnose cholesterol ester storage disease presenting as autosomal recessive hypercholesterolemia. Arterioscler Thromb Vasc Biol. 2013 Dec;33(12):2909-14. doi: 10.1161/ATVBAHA.113.302426. Epub 2013 Sep 26.
- Talmud PJ, Futema M, Humphries SE. The genetic architecture of the familial hyperlipidaemia syndromes: rare mutations and common variants in multiple genes. Curr Opin Lipidol. 2014 Aug;25(4):274-81. doi: 10.1097/MOL.0000000000000090.
- Williams RR, Hunt SC, Schumacher MC, Hegele RA, Leppert MF, Ludwig EH, Hopkins PN. Diagnosing heterozygous familial hypercholesterolemia using new practical criteria validated by molecular genetics. Am J Cardiol. 1993 Jul 15;72(2):171-6. doi: 10.1016/0002-9149(93)90155-6.
Daty zapisu na studia
Główne daty studiów
Rozpoczęcie studiów (Rzeczywisty)
Zakończenie podstawowe (Oczekiwany)
Ukończenie studiów (Oczekiwany)
Daty rejestracji na studia
Pierwszy przesłany
Pierwszy przesłany, który spełnia kryteria kontroli jakości
Pierwszy wysłany (Rzeczywisty)
Aktualizacje rekordów badań
Ostatnia wysłana aktualizacja (Rzeczywisty)
Ostatnia przesłana aktualizacja, która spełniała kryteria kontroli jakości
Ostatnia weryfikacja
Więcej informacji
Terminy związane z tym badaniem
Słowa kluczowe
Dodatkowe istotne warunki MeSH
Inne numery identyfikacyjne badania
- LIPIGEN-002
Plan dla danych uczestnika indywidualnego (IPD)
Planujesz udostępniać dane poszczególnych uczestników (IPD)?
Opis planu IPD
Ramy czasowe udostępniania IPD
Kryteria dostępu do udostępniania IPD
Typ informacji pomocniczych dotyczących udostępniania IPD
- Protokół badania
- Plan analizy statystycznej (SAP)
- Formularz świadomej zgody (ICF)
- Raport z badania klinicznego (CSR)
- Kod analityczny
Informacje o lekach i urządzeniach, dokumenty badawcze
Bada produkt leczniczy regulowany przez amerykańską FDA
Bada produkt urządzenia regulowany przez amerykańską FDA
Te informacje zostały pobrane bezpośrednio ze strony internetowej clinicaltrials.gov bez żadnych zmian. Jeśli chcesz zmienić, usunąć lub zaktualizować dane swojego badania, skontaktuj się z register@clinicaltrials.gov. Gdy tylko zmiana zostanie wprowadzona na stronie clinicaltrials.gov, zostanie ona automatycznie zaktualizowana również na naszej stronie internetowej .