Mutace genu Lipa u PED-LIPIGEN (pediatričtí FH subjekty)
Prevalence a rychlost mutace genu Lipa u pacientů s LIPIGENEM s klinickou diagnózou FH
Familiární hypercholesterolémie (FH) je monogenně autozomálně dominantní onemocnění známé také jako autosomální dominantní hypercholesterolémie - ADH, které vede k dramaticky zvýšeným hladinám lipoproteinu s nízkou hustotou (LDL) a celkového cholesterolu spojeného s xantomy šlach, xantelasmaty, rohovkovým obloukem, předčasnou aterosklerózou a zvýšené riziko onemocnění koronárních tepen (CAD) a infarktu myokardu.
FH je způsobeno hlavně mutacemi v genech kódujících proteiny ovlivňující vychytávání LDL cholesterolu v játrech, včetně genu LDL receptoru (LDLR) nebo genu kódujícího jediný apolipoprotein LDL, apolipoproteinu B (APOB), nebo genu kódujícího proteázu regulující hladiny LDLR na buněčné membráně Gen lysozomální kyselé lipázy A (LIPA) kóduje enzym lysozomální kyselou lipázu (LAL) zodpovědný za hydrolýzu esterů cholesterolu a triglyceridů, které jsou dodávány do lysozomů. Mutace v LIPA, které zcela inaktivují LAL, jsou molekulární příčinou Wolmanovy choroby, rychle smrtelného onemocnění kojeneckého věku, zatímco mutace v LIPA, které vedou ke zbytkové enzymatické aktivitě LAL, jsou zodpovědné za poruchu charakterizovanou méně závažným fenotypem známým jako onemocnění z ukládání esterů cholesterolu. (CESD). Pacienti s CESD obvykle vykazují fenotyp charakterizovaný onemocněním jater a smíšenou hyperlipidémií se zvýšenými hladinami LDL-C a triglyceridů (TG) a sníženými hladinami HDL-C.
Širší fenotypová prezentace ztráty funkčních mutací u LIPA naznačuje, že mutace LIPA mohou být zvažovány u pacientů se zjevně monogenním FH, u kterých nejsou detekovatelné mutace ve známých kandidátních genech.
Projekt je zaměřen na hodnocení prevalence a rychlosti mutací genu LIPA u jedinců s klinickou diagnózou FH a již geneticky charakterizovaných, u kterých nebyly identifikovány patogenní mutace ve známých kandidátních genech. Analýza bude provedena u asi 250 pediatrických pacientů FH a budou také testovány domnělé kauzální mutace na ko-segregaci v dostupných rodinách u postižených a nepostižených členů.
Přehled studie
Postavení
Podmínky
Intervence / Léčba
Detailní popis
Lysozomální kyselá lipáza (LAL) je kódována genem LIPA umístěným na chromozomu 10q23.3-q23 a skládá se z 10 exonů. LIPA mRNA (messenger RiboNucleic Acid) (GenBank přírůstkové číslo NM_000235) je 2782 bp dlouhá a kóduje zralý protein s 375 zbytky (GenBank přírůstkové číslo NP_000226). Sekvenování všech 10 exonů genu LIPA se bude skládat z 10 amplifikačních reakcí PCR (polymerázová řetězová reakce) (pro 10 exonů a proximálního promotoru) následovaných 20 sekvenčními reakcemi (dopředné a zpětné sekvenování) s vhodnými primery navrženými tak, aby zahrnovaly intron - hranice exonu. Tato analýza bude provedena u cca 250 dětských pacientů FH, jak je uvedeno v popisu projektu.
Práce na sekvenování budou prováděny s využitím 2 automatizovaných 8 kapilárních automatizovaných sekvenátorů DNA (3500 Genetic Analyzer, Thermo Fisher Scientific, Monza, Itálie), které jsou v současné době k dispozici v laboratoři jednotek zapojených do projektu.
V případě identifikace nenahlášených sekvenčních variant bude přítomnost těchto mutací posouzena ve vzorku alespoň 100 normolipidemických subjektů populace, aby bylo možné definovat, zda změny nukleotidů jsou vzácné sekvenční variace (s domnělým funkčním účinkem) nebo představují běžné polymorfismy. V případě nalezení vzácných variant v kódujících oblastech bude provedena in silico analýza pomocí dvou různých softwarů (Polyphen, http://genetics.bwh.harvard.edu/pph/ a Panther, http://www.pantherdb.org/) k předpovědi domnělé škodlivé role mutací na proteinu. V případě intronic variant bude použit speciálně navržený software Automated Splice Site Analysis (https://www.splice.uwo.ca/).
Předpokládané kauzální mutace budou také testovány na ko-segregaci v dostupných rodinách u postižených a nepostižených členů.
Za účelem testování vlivu variant na enzymatickou aktivitu bude aktivita LAL testována technikou dry blood spot (DBS) s použitím inhibitorů Lalistat 2 v nosičích a nenosičích těchto mutací patřících do dostupného rodu.
Typ studie
Zápis (Očekávaný)
Kontakty a umístění
Studijní kontakt
- Jméno: Alberico L Catapano
- E-mail: alberico.catapano@unimi.it
Studijní záloha kontaktů
- Jméno: Alessia Tincani
- Telefonní číslo: +39026173276
- E-mail: catapano.centroatero@gmail.com
Studijní místa
-
-
-
Modena, Itálie
- Nábor
- Laboratorio di biochimica delle lipoproteine - DIPARTIMENTO DI SCIENZE BIOMEDICHE
-
Kontakt:
- Patrizia M. Tarugi
- E-mail: patriziamaria.tarugi@unimore.it
-
Palermo, Itálie
- Nábor
- Centro Di Riferimento Regionale Per La Prevenzione, Diagnosi E Cura Delle Malattie Rare Del Metabolismo
-
Kontakt:
- Maurizio Averna
- E-mail: maurizio.averna@unipa.it
-
Roma, Itálie
- Nábor
- Centro Per L'Arteriosclerosi Dipartimento Di Medicina Interna E Specialità Mediche
-
Kontakt:
- Marcello Arca
- E-mail: marcello.arca@uniroma1.it
-
-
Mi
-
Cinisello Balsamo, Mi, Itálie
- Nábor
- CENTRO PER LO STUDIO DELL'ATEROSCLEROSI - Ospedale Bassini
-
Kontakt:
- Alberico L Catapano
- E-mail: alberico.catapano@unimi.it
-
-
Kritéria účasti
Kritéria způsobilosti
Věk způsobilý ke studiu
Přijímá zdravé dobrovolníky
Pohlaví způsobilá ke studiu
Metoda odběru vzorků
Studijní populace
Popis
Kritéria pro zařazení:
- Pediatričtí jedinci (<18 let) s klinickou diagnózou FH a bez identifikovaných patogenních mutací ve známých kandidátních genech.
Kritéria vyloučení:
- Subjekty s klinickou diagnózou FH s identifikovanými patogenními mutacemi ve známých kandidátních genech.
Studijní plán
Jak je studie koncipována?
Detaily designu
- Observační modely: Jiný
- Časové perspektivy: Retrospektivní
Kohorty a intervence
Skupina / kohorta |
Intervence / Léčba |
|---|---|
|
Dětští pacienti FH
1000 klinicky diagnostikovaných dětských pacientů s FH (věk <18 let) zařazených do databáze LIPIGEN (Lipid TransPort Disorders italian Genetic Network)
|
Observační studie: Neexistuje žádný zásah.
|
Co je měření studie?
Primární výstupní opatření
Měření výsledku |
Popis opatření |
Časové okno |
|---|---|---|
|
Prevalence pacientů s mutacemi genu LIPA mezi klinicky diagnostikovanými FH subjekty
Časové okno: 2 roky od zahájení studia
|
Procento pacientů s alespoň jednou mutací genu LIPA mezi klinicky diagnostikovanými subjekty FH podle skóre „Dutch Lipid Clinic Network“ 6 nebo vyšší
|
2 roky od zahájení studia
|
Sekundární výstupní opatření
Měření výsledku |
Popis opatření |
Časové okno |
|---|---|---|
|
Frekvence specifických mutací genu LIPA mezi klinicky diagnostikovanými FH subjekty
Časové okno: 2 roky od zahájení studia
|
Počet pacientů nesoucích specifické mutace genu LIPA mezi klinicky diagnostikovanými subjekty FH pro každou mutaci identifikovanou sekvenováním všech 10 exonů genu LIPA.
|
2 roky od zahájení studia
|
Spolupracovníci a vyšetřovatelé
Vyšetřovatelé
- Ředitel studie: Maurizio Averna, Fondazione SISA
Publikace a užitečné odkazy
Obecné publikace
- ABRAMOV A, SCHORR S, WOLMAN M. Generalized xanthomatosis with calcified adrenals. AMA J Dis Child. 1956 Mar;91(3):282-6. doi: 10.1001/archpedi.1956.02060020284010. No abstract available.
- Bernstein DL, Hulkova H, Bialer MG, Desnick RJ. Cholesteryl ester storage disease: review of the findings in 135 reported patients with an underdiagnosed disease. J Hepatol. 2013 Jun;58(6):1230-43. doi: 10.1016/j.jhep.2013.02.014. Epub 2013 Feb 26.
- Bertolini S, Pisciotta L, Rabacchi C, Cefalu AB, Noto D, Fasano T, Signori A, Fresa R, Averna M, Calandra S. Spectrum of mutations and phenotypic expression in patients with autosomal dominant hypercholesterolemia identified in Italy. Atherosclerosis. 2013 Apr;227(2):342-8. doi: 10.1016/j.atherosclerosis.2013.01.007. Epub 2013 Jan 19.
- Burke JA, Schubert WK. Deficient activity of hepatic acid lipase in cholesterol ester storage disease. Science. 1972 Apr 21;176(4032):309-10. doi: 10.1126/science.176.4032.309.
- Futema M, Plagnol V, Li K, Whittall RA, Neil HA, Seed M; Simon Broome Consortium, Bertolini S, Calandra S, Descamps OS, Graham CA, Hegele RA, Karpe F, Durst R, Leitersdorf E, Lench N, Nair DR, Soran H, Van Bockxmeer FM; UK10K Consortium, Humphries SE. Whole exome sequencing of familial hypercholesterolaemia patients negative for LDLR/APOB/PCSK9 mutations. J Med Genet. 2014 Aug;51(8):537-44. doi: 10.1136/jmedgenet-2014-102405. Epub 2014 Jul 1.
- Hamilton J, Jones I, Srivastava R, Galloway P. A new method for the measurement of lysosomal acid lipase in dried blood spots using the inhibitor Lalistat 2. Clin Chim Acta. 2012 Aug 16;413(15-16):1207-10. doi: 10.1016/j.cca.2012.03.019. Epub 2012 Mar 29.
- Hopkins PN, Toth PP, Ballantyne CM, Rader DJ; National Lipid Association Expert Panel on Familial Hypercholesterolemia. Familial hypercholesterolemias: prevalence, genetics, diagnosis and screening recommendations from the National Lipid Association Expert Panel on Familial Hypercholesterolemia. J Clin Lipidol. 2011 Jun;5(3 Suppl):S9-17. doi: 10.1016/j.jacl.2011.03.452. Epub 2011 Apr 3. No abstract available.
- Nordestgaard BG, Chapman MJ, Humphries SE, Ginsberg HN, Masana L, Descamps OS, Wiklund O, Hegele RA, Raal FJ, Defesche JC, Wiegman A, Santos RD, Watts GF, Parhofer KG, Hovingh GK, Kovanen PT, Boileau C, Averna M, Boren J, Bruckert E, Catapano AL, Kuivenhoven JA, Pajukanta P, Ray K, Stalenhoef AF, Stroes E, Taskinen MR, Tybjaerg-Hansen A; European Atherosclerosis Society Consensus Panel. Familial hypercholesterolaemia is underdiagnosed and undertreated in the general population: guidance for clinicians to prevent coronary heart disease: consensus statement of the European Atherosclerosis Society. Eur Heart J. 2013 Dec;34(45):3478-90a. doi: 10.1093/eurheartj/eht273. Epub 2013 Aug 15. Erratum In: Eur Heart J. 2020 Dec 14;41(47):4517.
- Patrick AD, Lake BD. Deficiency of an acid lipase in Wolman's disease. Nature. 1969 Jun 14;222(5198):1067-8. doi: 10.1038/2221067a0. No abstract available.
- Risk of fatal coronary heart disease in familial hypercholesterolaemia. Scientific Steering Committee on behalf of the Simon Broome Register Group. BMJ. 1991 Oct 12;303(6807):893-6. doi: 10.1136/bmj.303.6807.893.
- Stitziel NO, Fouchier SW, Sjouke B, Peloso GM, Moscoso AM, Auer PL, Goel A, Gigante B, Barnes TA, Melander O, Orho-Melander M, Duga S, Sivapalaratnam S, Nikpay M, Martinelli N, Girelli D, Jackson RD, Kooperberg C, Lange LA, Ardissino D, McPherson R, Farrall M, Watkins H, Reilly MP, Rader DJ, de Faire U, Schunkert H, Erdmann J, Samani NJ, Charnas L, Altshuler D, Gabriel S, Kastelein JJ, Defesche JC, Nederveen AJ, Kathiresan S, Hovingh GK; National Heart, Lung, and Blood Institute GO Exome Sequencing Project. Exome sequencing and directed clinical phenotyping diagnose cholesterol ester storage disease presenting as autosomal recessive hypercholesterolemia. Arterioscler Thromb Vasc Biol. 2013 Dec;33(12):2909-14. doi: 10.1161/ATVBAHA.113.302426. Epub 2013 Sep 26.
- Talmud PJ, Futema M, Humphries SE. The genetic architecture of the familial hyperlipidaemia syndromes: rare mutations and common variants in multiple genes. Curr Opin Lipidol. 2014 Aug;25(4):274-81. doi: 10.1097/MOL.0000000000000090.
- Williams RR, Hunt SC, Schumacher MC, Hegele RA, Leppert MF, Ludwig EH, Hopkins PN. Diagnosing heterozygous familial hypercholesterolemia using new practical criteria validated by molecular genetics. Am J Cardiol. 1993 Jul 15;72(2):171-6. doi: 10.1016/0002-9149(93)90155-6.
Termíny studijních záznamů
Hlavní termíny studia
Začátek studia (Aktuální)
Primární dokončení (Očekávaný)
Dokončení studie (Očekávaný)
Termíny zápisu do studia
První předloženo
První předloženo, které splnilo kritéria kontroly kvality
První zveřejněno (Aktuální)
Aktualizace studijních záznamů
Poslední zveřejněná aktualizace (Aktuální)
Odeslaná poslední aktualizace, která splnila kritéria kontroly kvality
Naposledy ověřeno
Více informací
Termíny související s touto studií
Klíčová slova
Další relevantní podmínky MeSH
Další identifikační čísla studie
- LIPIGEN-002
Plán pro data jednotlivých účastníků (IPD)
Plánujete sdílet data jednotlivých účastníků (IPD)?
Popis plánu IPD
Časový rámec sdílení IPD
Kritéria přístupu pro sdílení IPD
Typ podpůrných informací pro sdílení IPD
- Protokol studie
- Plán statistické analýzy (SAP)
- Formulář informovaného souhlasu (ICF)
- Zpráva o klinické studii (CSR)
- Analytický kód
Informace o lécích a zařízeních, studijní dokumenty
Studuje lékový produkt regulovaný americkým FDA
Studuje produkt zařízení regulovaný americkým úřadem FDA
Tyto informace byly beze změn načteny přímo z webu clinicaltrials.gov. Máte-li jakékoli požadavky na změnu, odstranění nebo aktualizaci podrobností studie, kontaktujte prosím register@clinicaltrials.gov. Jakmile bude změna implementována na clinicaltrials.gov, bude automaticky aktualizována i na našem webu .
Klinické studie na Observační studie
-
AstraZenecaDokončenoOnkologie a epidemiologie a rakovina plicAlžírsko
-
Mayo ClinicNábor
-
University of British ColumbiaCanadian Institutes of Health Research (CIHR); ITI International Team for Implantology... a další spolupracovníciAktivní, ne náborZubatá ústa | Ztráta zubů | Kompletní zubní protéza | Kompletní spodní zubní protézaKanada