COG-UK Project Hospital-Onset COVID-19-infektioiden tutkimus (COG-UK HOCI)

Sairaalat tunnustetaan suureksi riskiksi infektioiden leviämiselle suojatoimenpiteiden saatavuudesta huolimatta. Normaaleissa olosuhteissa henkilökunta voi saada ja välittää infektioita, mutta sairaalainfektion terveysvaikutus on suurin haavoittuvassa asemassa olevilla potilailla. COVID-19:lle, kuten SARS-CoV-, MERS-CoV- ja Ebola-virukselle, sairaalainfektion leviämisen riski muodostaa ylimääräisen ja merkittävän terveysriskin terveydenhuollon työntekijöille (HCW). Epidemioiden aikana normaalia infektioiden ehkäisyä ja valvontaa (IPC) vaikeuttaa entisestään yhteiskunnan ja sairaalan aiheuttamien infektioiden erottamisen vaikeus. Tämä voi johtaa sairaalatartuntojen virheelliseen tunnistamiseen, mikä edellyttää tarpeettomia IPC-ponnisteluja, kun taas todelliset sairaalatartunnat jäävät väliin, mikä lisää potilaiden ja sairaanhoidon riskiä.

Nyt on olemassa hyviä todisteita siitä, että epidemiavirusten genomin sekvensointi yhdessä standardin IPC:n kanssa sulkee paremmin pois sairaalan leviämisen ja tunnistaa viruksesta riippuen paremmin tartuntareitit kuin IPC yksinään1-3. Tähän mennessä kaikki tutkimukset ovat olleet retrospektiivisia. Nopeiden nanohuokosekvensointimenetelmien kehittäminen mahdollistaa kuitenkin potentiaalisesti toisiinsa liittyvien tai linkittymättömien virusten tunnistamisen 24–48 tunnissa: tämä aika on riittävän lyhyt, jotta kliinisiä IPC-päätöksiä voidaan tehdä lähes reaaliajassa. Vaikka COVID-19:llä on alhainen mutaatioaste, jonka arvioidaan olevan noin 2,5 muutosta genomia kohden kuukaudessa, yleisesti ollaan yhtä mieltä siitä, että virusten monimuotoisuus on nyt riittävä tunnistamaan, missä ajassa ja tilassa ilmeisesti ryhmittyneet potilaiden ja henkilökunnan infektiot johtuvat erilaiset COVID-19-genotyypit4. Tällaiset tiedot sulkisivat nopeasti pois sairaalan leviämisen klusterin aiheuttajana, vähentäisivät IPC-interventioiden tarvetta ja antaisivat terveydenhuollon työntekijöille vakuutuksen siitä, että IPC-toimenpiteitä, mukaan lukien henkilökohtaiset suojavarusteet (PPE), ei ole rikottu. Kuitenkin COVID-19-tartunnan vahvistaminen potilaille ja terveydenhuollon työntekijöille voi olla vaikeampaa, jos yksi havaittu mutaatio kahden genomin välillä edustaa mitä tahansa yhdestä kymmeneen tartuntaa. Identtiset genomit eivät välttämättä tarjoa todisteita kahden tapauksen välisestä yhteydestä. Sijoittamalla havaitut genotyypit kaikkien sairaalaympäristössä, ympäröivässä yhteisössä ja koko COG-UK:ssa havaittujen genotyyppien kehykseen voi kuitenkin olla mahdollista olettaa sairaalatartunta, jossa suhteellisen harvinaiset genotyypit ovat ilmeisesti yhteydessä toisiinsa tai klusteroituvat ajassa ja tilassa. .

COG-UK-aloite, jonka tavoitteena on sekvensoida mahdollisimman monta COVID-19-virusta kaikkialla Yhdistyneessä kuningaskunnassa, tarjoaa siten tärkeän ja ainutlaatuisen mahdollisuuden testata, tuotetaanko virussekvenssidataa lähes reaaliajassa, sen lisäksi, että se tarjoaa arvokasta tietoa yleisölle. terveyssuunnittelu voisi myös vähentää epävarmuutta sairaalan tartuntatapahtumien suhteen, kohdentaa paremmin IPC-työtä, parantaa sairaaloiden toimintaa ja vähentää sairaaloiden roolia infektion lähteenä yhteisölle.

Tämän ratkaisemiseksi tutkijat ehdottavat lisätutkimusta, COG-UK HOCI. COG-UK HOCI hyödyntää COG-UK-suunnittelua, jossa on sekoitettu malli pienistä sekvensointikeskuksista, jotka sijaitsevat lähellä sairaaloita ja suuri keskitetty keskus, joka sekvensoi useimmat virukset. aikakriittistä tämä saattaa olla; Keskittimen sekvenssidatan läpimenoajat ovat todennäköisesti pidemmät (5–7 päivää) kuin paikallisista sekvensointikeskittymistä (<48 tuntia).

COG-UK HOCI määrittelee ja raportoi COVID-19-genotyyppitiheydet osallistuvissa sairaaloissaan verrattuna laajemman yhteisön sairaaloihin, ja se pystyy myös voittamaan joitakin luontaisia ​​esteitä HOCI:n todennäköisten lähteiden tunnistamiselle. Luodut tiedot antavat mahdollisimman tarkan kuvan viruksen geneettisen monimuotoisuuden rajoitukset huomioon ottaen sairaalassa leviävien COVID-19-infektioiden määrästä ja siitä, missä näitä tartuntoja tapahtuu. COG-UK toimittaa tietoja virusgenomiikan hyödyllisyydestä kansalliseen kansanterveyssuunnitteluun, kun taas COG-UK HOCI kvantifioi samojen tietojen hyödyllisyyden sairaalainfektion paikallisessa hoidossa, ovatko havaitut hyödyt ajasta riippuvaisia ​​ja tarjoavatko parhaat arviot kuinka virussekvenssitietoja voidaan käyttää HOCI:n kvantifiointiin.

COG-UK HOCI:n tulokset antavat lisätietoa päätöksistä virusgenomin sekvensoinnin todennäköisestä tulevasta käytöstä epidemioiden ja pandemioiden hallintaan ja siitä, miten se voitaisiin parhaiten organisoida, keskittää tai monipuolistaa maksimaalisen vaikutuksen saavuttamiseksi.

Tämän tutkimuksen yleisenä tavoitteena on määrittää koko genomin sekvensoinnin hyödyllisyys, jotta saadaan lisätietoa sairaalassa alkavista COVID-19-infektioista (HOCI), jotka puolestaan ​​voivat optimoida IPC-mittauksia. Lisäksi hankkeen tavoitteena on tarjota varhaista tietoa HOCI-tapahtumien ja niiden esiintymispaikkojen kvantifioimiseksi. Nämä auttavat paikallisen luottamustason suunnittelussa ja ymmärtämään HOCI:iden roolia COVID-19:n tulosten ja leviämisen edistämisessä.

Erityisesti tutkimuksessa määritetään COVID-19-sekvenssidatan reaaliaikaisen saatavuuden rooli:

• Yhdessä rutiininomaisten IPC-tietojen kanssa HOCI:n tunnistamiseen ja karakterisointiin
• Tunnistaa ja karakterisoida HOCI:tä, jota ei ole aiemmin tunnistettu rutiininomaisilla IPC-tiedoilla
• Luoda arvioitu HOCI-määrä ja missä niitä esiintyy
• Tunnistaa toisiinsa liittyvät HOCI- ja sairaalaepidemiat
• Tunnistaa tapoja vähentää HOCI:n ilmaantuvuutta
• IPC-toimintojen optimoinnissa mm. vähentämällä ylimääräisen siivouksen, osaston sulkemisen jne. tarvetta, jos sairaalaepidemia ei ole mahdollista
• Vaihtelevassa työmäärässä mm. vähentämällä ylimääräisen siivouksen, osaston sulkemisen jne. tarvetta, jos sairaalaepidemian puhkeaminen on poissuljettua. Näitä lähestymistapoja tehostamalla tutkijat mittaavat, vaikuttaako edellä mainittuihin aika, jolloin datan tulos on järjestettävä.

COG-UK HOCI on vaiheen III prospektiivinen, interventio-, kohortti-, paremmuustutkimus.

Jako joko nopeaan paikalliseen sekvensointiin (n. 24-48 h) tai nopean paikallisen sekvensoinnin puuttumiseen (eli Wellcome Sanger Instituten kautta > 96 h) riippuu tutkimuksen ajankohdasta (katso aikajanat).

Opintojen ehdotettu kesto: 12 kuukautta; joka sisältää 6 kuukautta käyttöönottoa, perustietojen keräämistä, interventiotietojen keräämistä) ja enintään 6 kuukautta tietojen puhdistamista, tietojen analysointia ja raportointia.